seq1 = pF1KE5733.tfa, 1926 bp
seq2 = pF1KE5733/gi568815579f_1260135.tfa (gi568815579f:1260135_1476573), 216439 bp

>pF1KE5733 1926
>gi568815579f:1260135_1476573 (Chr19)

6-907  (99999-100898)   99% ->
908-1009  (102116-102217)   100% ->
1010-1080  (104375-104445)   100% ->
1081-1157  (106171-106247)   100% ->
1158-1218  (107026-107086)   100% ->
1219-1294  (109131-109206)   100% ->
1295-1345  (109462-109512)   100% ->
1346-1782  (110508-110944)   100% ->
1783-1871  (112938-113026)   100% ->
1872-1926  (116385-116439)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      6 CAGTGCCTCACAGAATGAGGTTCCTGCGGCACCCCTGGAAGAACTGGCCT
        ||--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 CA  GCCTCACAGAATGAGGTTCCTGCGGCACCCCTGGAAGAACTGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 ACAGACGGTCGCTTCGCGTGGCTCTGGACGTTCTGAGCGAGGGCTCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 ACAGACGGTCGCTTCGCGTGGCTCTGGACGTTCTGAGCGAGGGCTCGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 TGGAGTCAAGAAAGCTCTGCAGGGACAGGTAGAGCTGACCGGTCTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 TGGAGTCAAGAAAGCTCTGCAGGGACAGGTAGAGCTGACCGGTCTCTGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156 AGGGAAGCCCATGGAGCATGTCTCCTCGCCCTGTGATTCGAACTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 AGGGAAGCCCATGGAGCATGTCTCCTCGCCCTGTGATTCGAACTCCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 CTCTTCCCCGCGGAGACGTGTTGGGCAGTTCCAGACCTCACAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100197 CTCTTCCCCGCGGAGACGTGTTGGGCAGTTCCAGACCTCACAGGAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    256 CCATGTGTGCAACAAAGCCTGTCAAGTTCGTTCACTTGTGAAAAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 CCATGTGTGCAACAAAGCCTGTCAAGTTCGTTCACTTGTGAAAAGGACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CGAGTGCAAAGTGGACCACAAGAAGGGGCTCAGGAAAAGTGAAAACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 CGAGTGCAAAGTGGACCACAAGAAGGGGCTCAGGAAAAGTGAAAACCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GAGGCCCGTTGGTCCTCCCAGCTGGAGGTGGTGCCCAAGATGAGAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 GAGGCCCGTTGGTCCTCCCAGCTGGAGGTGGTGCCCAAGATGAGAGTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCCAGAATCCACCACAAAAATTGGACTCTTGCAAGTAAGAGGGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100397 TCCAGAATCCACCACAAAAATTGGACTCTTGCAAGTAAGAGGGGAGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTCAGCGCAGAAGGCTAGCTTGTGCCTGAATGGATCTTCCCTTTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 CTCAGCGCAGAAGGCTAGCTTGTGCCTGAATGGATCTTCCCTTTCAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACGACACGGAGAGAGACATGGGGAGCAAAGGAGGCAGCTGGGCAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 ACGACACGGAGAGAGACATGGGGAGCAAAGGAGGCAGCTGGGCAGCCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCCTTGCCCTCCGGGGTCAGGGAGGACGATCCCTGTGCCAACGCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100547 TCCTTGCCCTCCGGGGTCAGGGAGGACGATCCCTGTGCCAACGCTGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACACGACCCCGGTCTGCCGTTGGGCAGCCTCACTGCGCCCCCAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100597 ACACGACCCCGGTCTGCCGTTGGGCAGCCTCACTGCGCCCCCAGCCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCCCTCGGCCTGCTCAGAGCCTGGAGAATGCCCTGCGAAAAAGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100647 AGCCCTCGGCCTGCTCAGAGCCTGGAGAATGCCCTGCGAAAAAGAGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCCTGGATGGCAGCCAAAGGCCGCCTGCCGTGCAGCTGGAGCCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 CGCCTGGATGGCAGCCAAAGGCCGCCTGCCGTGCAGCTGGAGCCCATGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCAGGGGCCGCACCATCCCCCGGGCCGGGGCCAGGGCCCAGAGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 AGCAGGGGCCGCACCATCCCCCGGGCCGGGGCCAGGGCCCAGAGAGTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGACCCCGCGCAGCACCGCCAGGCTGGGCCCGCCTCCCTCCCACGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 TGACCCCGCGCAGCACCGCCAGGCTGGGCCCGCCTCCCTCCCACGCCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCGGATGCAACCAGATGTCTTCCTTGCCCGGATTCCCAGAAGCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100847 GCGGATGCAACCAGATGTCTTCCTTGCCCGGATTCCCAGAAGCTGGAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AG         AGTGCCAGTCTTCCGAAGAGTCCATGGGGTCTAATTCCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100897 AGGTA...CAGAGTGCCAGTCTTCCGAAGAGTCCATGGGGTCTAATTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCGTTCTATCCTGGAGGAAGACGAGGAAGACGAGGAGCCACCAAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102155 TGCGTTCTATCCTGGAGGAAGACGAGGAAGACGAGGAGCCACCAAGAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTTTTATACCACG         AACCACGTTCGTTTGAAGTAGGAATGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102205 CTTTTATACCACGGTA...TAGAACCACGTTCGTTTGAAGTAGGAATGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGTCTGGCATAAACATAAAAAATACCCCTTCTGGCCAGCAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104403 AGTCTGGCATAAACATAAAAAATACCCCTTCTGGCCAGCAGTGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081   GTCAAAAGCGTCAGGCAGAGAGATAAGAAAGCAAGTGTGCTATACATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106169 AGGTCAAAAGCGTCAGGCAGAGAGATAAGAAAGCAAGTGTGCTATACATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGGACACATGAACCCGAAAATGAAAGG         TTTCACAGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106219 GAAGGACACATGAACCCGAAAATGAAAGGGTA...AAGTTTCACAGTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCTTAAAAGTTTAAAGCACTTTGATTGTAAAGAGAAACAGACGCTTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107038 TCTTAAAAGTTTAAAGCACTTTGATTGTAAAGAGAAACAGACGCTTCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219         AATCAAGCCAGGGAGGACTTCAACCAGGACATCGGCTGGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107088 TA...TAGAATCAAGCCAGGGAGGACTTCAACCAGGACATCGGCTGGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTCTCCCTCATCACCGACTACAGGGTCCGGTTAG         GCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109173 GTCTCCCTCATCACCGACTACAGGGTCCGGTTAGGTA...CAGGCTGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTCTTTTGCTGGCTCTTTCCTGGAATATTACGCGGCTGATATAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109469 GTCTTTTGCTGGCTCTTTCCTGGAATATTACGCGGCTGATATAAGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1346    GCTATCCTGTCCGAAAATCCATCCAGCAGGACGTCTTGGGGACCAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110505 CAGGCTATCCTGTCCGAAAATCCATCCAGCAGGACGTCTTGGGGACCAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTTCCTCAACTGAGCAAGGGGAGCCCCGAGGAGCCCGTGGTGGGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110555 CTTCCTCAACTGAGCAAGGGGAGCCCCGAGGAGCCCGTGGTGGGGTGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCTGGGGCAGAGGCAGCCCTGCCGGAAAATGCTCCCCGACCGCTCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110605 CCTGGGGCAGAGGCAGCCCTGCCGGAAAATGCTCCCCGACCGCTCGCGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCGCCCGGGACCGGGCCAACCAGAAGCTGGTGGAGTACATTGTGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110655 CCGCCCGGGACCGGGCCAACCAGAAGCTGGTGGAGTACATTGTGAAGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGGGCGCGGAGAGCCACCTGCGGGCCATCCTAAAGAGCAGGAAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110705 AAGGGCGCGGAGAGCCACCTGCGGGCCATCCTAAAGAGCAGGAAGCCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCGCTGGCTGCAGACCTTCCTGAGCTCCAGCCAGTACGTGACCTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110755 TCGCTGGCTGCAGACCTTCCTGAGCTCCAGCCAGTACGTGACCTGTGTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGACCTACCTGGAGGATGAGGGGCAGCTGGACCTGGTGGTGAAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110805 AGACCTACCTGGAGGATGAGGGGCAGCTGGACCTGGTGGTGAAGTACCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CAGGGCGTCTACCAGGAGGTGGGGGCCAAGGTGCTCCAGCGCACCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110855 CAGGGCGTCTACCAGGAGGTGGGGGCCAAGGTGCTCCAGCGCACCAACGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGACCGGATCCGGTTCATTCTGGACGTGCTTCTGCCCGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110905 CGACCGGATCCGGTTCATTCTGGACGTGCTTCTGCCCGAGGTG...CAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCATCATCTGTGCGATCTCTGCGGTGGACGAGGTGGACTACAAGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112939 CCATCATCTGTGCGATCTCTGCGGTGGACGAGGTGGACTACAAGACGGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAGGAGAAGTACATCAAGGGGCCTTCGCTGAGCTACCG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112989 GAGGAGAAGTACATCAAGGGGCCTTCGCTGAGCTACCGGTA...AAGGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AAAAGAAATATTTGACAACCAGCTCCTTGAAGAGCGGAACCGGCGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116388 AAAAGAAATATTTGACAACCAGCTCCTTGAAGAGCGGAACCGGCGCCGTC

   2000 
   1925 GG
        ||
 116438 GG