seq1 = pF1KE5724.tfa, 2322 bp
seq2 = pF1KE5724/gi568815597f_155177591.tfa (gi568815597f:155177591_155388460), 210870 bp

>pF1KE5724 2322
>gi568815597f:155177591_155388460 (Chr1)

1-278  (100001-100278)   100% ->
279-708  (104821-105250)   100% ->
709-870  (106384-106545)   100% ->
871-1089  (106949-107167)   100% ->
1090-1236  (107575-107721)   100% ->
1237-1477  (108134-108374)   100% ->
1478-1642  (109583-109747)   100% ->
1643-2322  (110191-110870)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCAGAGCAGCGGCCGGCGGCGGGGGCCAGCGAAGGGGCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCAGAGCAGCGGCCGGCGGCGGGGGCCAGCGAAGGGGCGACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGACTGGAGGCGGTGCCTCCCGTTGCTCCCCCGCCTGCGACCGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGACTGGAGGCGGTGCCTCCCGTTGCTCCCCCGCCTGCGACCGCGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGTCCGATCCCCAAATCTGGGCCTGAGCCTAAGAGGAGGCACCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTCCGATCCCCAAATCTGGGCCTGAGCCTAAGAGGAGGCACCTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCTGCTCCAGCCTACGGTCAACAAGTTCTCCCTTCGGGTGTTCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCTGCTCCAGCCTACGGTCAACAAGTTCTCCCTTCGGGTGTTCGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACAAAGCAGTGGAAATCGAGCAGGAGCGGGTGAAGTCAGCGGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACAAAGCAGTGGAAATCGAGCAGGAGCGGGTGAAGTCAGCGGGGGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGATCATCCACCCCTACAGCGACTTCCG         GTTTTACTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100251 GGATCATCCACCCCTACAGCGACTTCCGGTA...TAGGTTTTACTGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGATCATGCTGCTGCTGATGGTGGGGAACCTCATCGTCCTGCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 CTGATCATGCTGCTGCTGATGGTGGGGAACCTCATCGTCCTGCCTGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCACCTTCTTCAAGGAGGAGAACTCCCCGCCTTGGATCGTCTTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CATCACCTTCTTCAAGGAGGAGAACTCCCCGCCTTGGATCGTCTTCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TATTGTCTGATACTTTCTTCCTACTGGATCTGGTGCTCAACTTCCGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 TATTGTCTGATACTTTCTTCCTACTGGATCTGGTGCTCAACTTCCGAACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCATCGTGGTGGAGGAGGGTGCTGAGATCCTGCTGGCACCGCGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104984 GGCATCGTGGTGGAGGAGGGTGCTGAGATCCTGCTGGCACCGCGGGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGCACGCGCTACCTGCGCACCTGGTTCCTGGTTGACCTCATCTCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 CCGCACGCGCTACCTGCGCACCTGGTTCCTGGTTGACCTCATCTCTTCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCCTGTGGATTACATCTTCCTAGTGGTGGAGCTGGAGCCACGGTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105084 TCCCTGTGGATTACATCTTCCTAGTGGTGGAGCTGGAGCCACGGTTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCTGAGGTCTACAAAACGGCACGGGCCCTACGCATCGTTCGCTTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 GCTGAGGTCTACAAAACGGCACGGGCCCTACGCATCGTTCGCTTCACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GATCCTAAGCCTGCTGAGGCTGCTCCGCCTCTCCCGCCTCATCCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 GATCCTAAGCCTGCTGAGGCTGCTCCGCCTCTCCCGCCTCATCCGCTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TACACCAGTGGGAGGAG         ATCTTTCACATGACCTATGACCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105234 TACACCAGTGGGAGGAGGTG...CAGATCTTTCACATGACCTATGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCAGTGCTGTGGTTCGCATCTTCAACCTCATTGGGATGATGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106408 GCCAGTGCTGTGGTTCGCATCTTCAACCTCATTGGGATGATGCTGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATGTCACTGGGATGGCTGTCTGCAGTTCCTGGTGCCCATGCTGCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106458 ATGTCACTGGGATGGCTGTCTGCAGTTCCTGGTGCCCATGCTGCAGGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCCCTCCCGACTGCTGGGTCTCCATCAACCACATGGTG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106508 TCCCTCCCGACTGCTGGGTCTCCATCAACCACATGGTGGTG...CAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CACTCGTGGGGCCGCCAGTATTCCCATGCCCTGTTCAAGGCCATGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106952 CACTCGTGGGGCCGCCAGTATTCCCATGCCCTGTTCAAGGCCATGAGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CATGCTGTGCATTGGCTATGGGCAGCAGGCACCTGTAGGCATGCCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107002 CATGCTGTGCATTGGCTATGGGCAGCAGGCACCTGTAGGCATGCCCGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCTGGCTCACCATGCTCAGCATGATCGTAGGTGCCACATGCTACGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107052 TCTGGCTCACCATGCTCAGCATGATCGTAGGTGCCACATGCTACGCCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTCATCGGCCATGCCACGGCACTCATCCAGTCCCTGGACTCTTCCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107102 TTCATCGGCCATGCCACGGCACTCATCCAGTCCCTGGACTCTTCCCGGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCAGTACCAGGAGAAG         TACAAGCAGGTGGAGCAGTACATGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107152 TCAGTACCAGGAGAAGGTC...CAGTACAAGCAGGTGGAGCAGTACATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCTTCCACAAGCTGCCAGCAGACACGCGGCAGCGCATCCACGAGTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107600 CCTTCCACAAGCTGCCAGCAGACACGCGGCAGCGCATCCACGAGTACTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGCACCGCTACCAGGGCAAGATGTTCGATGAGGAAAGCATCCTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107650 GAGCACCGCTACCAGGGCAAGATGTTCGATGAGGAAAGCATCCTGGGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCTGAGCGAGCCGCTTCGCGAG         GAGATCATTAACTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107700 GCTGAGCGAGCCGCTTCGCGAGGTG...CAGGAGATCATTAACTTCACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GTCGGGGCCTGGTGGCCCACATGCCGCTGTTTGCCCATGCCGACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108153 GTCGGGGCCTGGTGGCCCACATGCCGCTGTTTGCCCATGCCGACCCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTCGTCACTGCAGTTCTCACCAAGCTGCGCTTTGAGGTCTTCCAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108203 TTCGTCACTGCAGTTCTCACCAAGCTGCGCTTTGAGGTCTTCCAGCCGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GGATCTCGTGGTGCGTGAGGGCTCCGTGGGGAGGAAGATGTACTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108253 GGATCTCGTGGTGCGTGAGGGCTCCGTGGGGAGGAAGATGTACTTCATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGCATGGGCTGCTCAGTGTGCTGGCCCGCGGCGCCCGGGACACACGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108303 AGCATGGGCTGCTCAGTGTGCTGGCCCGCGGCGCCCGGGACACACGCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ACCGATGGATCCTACTTTGGGG         AGATCTGCCTGCTAACTAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108353 ACCGATGGATCCTACTTTGGGGGTC...CAGAGATCTGCCTGCTAACTAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGGCCGGCGCACAGCCAGTGTTCGGGCTGACACCTACTGCCGCCTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109602 GGGCCGGCGCACAGCCAGTGTTCGGGCTGACACCTACTGCCGCCTTTACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CACTCAGCGTGGACCATTTCAATGCTGTGCTTGAGGAGTTCCCCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109652 CACTCAGCGTGGACCATTTCAATGCTGTGCTTGAGGAGTTCCCCATGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CGCCGGGCCTTTGAGACTGTGGCCATGGATCGGCTGCTCCGCATCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109702 CGCCGGGCCTTTGAGACTGTGGCCATGGATCGGCTGCTCCGCATCGGTG.

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643      GCAAGAAGAATTCCATACTGCAGCGGAAGCGCTCCGAGCCAAGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109752 ..TAGGCAAGAAGAATTCCATACTGCAGCGGAAGCGCTCCGAGCCAAGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CAGGCAGCAGTGGTGGCATCATGGAGCAGCACTTGGTGCAACATGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110236 CAGGCAGCAGTGGTGGCATCATGGAGCAGCACTTGGTGCAACATGACAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GACATGGCTCGGGGTGTTCGGGGTCGGGCCCCGAGCACAGGAGCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110286 GACATGGCTCGGGGTGTTCGGGGTCGGGCCCCGAGCACAGGAGCTCAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TAGTGGAAAGCCAGTACTGTGGGAGCCACTGGTACATGCGCCCCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110336 TAGTGGAAAGCCAGTACTGTGGGAGCCACTGGTACATGCGCCCCTTCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CAGCTGCTGTGACCTCCAATGTGGCCATTGCCCTGACTCATCAGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110386 CAGCTGCTGTGACCTCCAATGTGGCCATTGCCCTGACTCATCAGCGGGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CCTCTGCCCCTCTCCCCTGACTCTCCAGCCACCCTCCTTGCTCGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110436 CCTCTGCCCCTCTCCCCTGACTCTCCAGCCACCCTCCTTGCTCGCTCTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TTGGCGCTCAGCAGGCTCTCCAGCTTCCCCGCTGGTGCCCGTCCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110486 TTGGCGCTCAGCAGGCTCTCCAGCTTCCCCGCTGGTGCCCGTCCGAGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 GCCCATGGGCATCCACCTCCCGCCTGCCCGCCCCACCTGCCCGAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110536 GCCCATGGGCATCCACCTCCCGCCTGCCCGCCCCACCTGCCCGAACCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CACGCCAGCCTATCCCGGGCAGGGCGCTCCCAGGTCTCCCTGCTGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110586 CACGCCAGCCTATCCCGGGCAGGGCGCTCCCAGGTCTCCCTGCTGGGTCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CCCTCCAGGAGGAGGTGGACGGCGGCTAGGACCTCGGGGCCGCCCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110636 CCCTCCAGGAGGAGGTGGACGGCGGCTAGGACCTCGGGGCCGCCCACTCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 CAGCCTCCCAACCCTCTCTGCCTCAGCGGGCAACAGGCGATGGCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110686 CAGCCTCCCAACCCTCTCTGCCTCAGCGGGCAACAGGCGATGGCTCTCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 GGGCGTAAGGGATCAGGAAGTGAGCGGCTGCCTCCCTCAGGGCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110736 GGGCGTAAGGGATCAGGAAGTGAGCGGCTGCCTCCCTCAGGGCTCCTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 CAAACCTCCAAGGACAGCCCAGCCCCCCAGGCCACCAGTGCCTGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110786 CAAACCTCCAAGGACAGCCCAGCCCCCCAGGCCACCAGTGCCTGAGCCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .
   2288 CCACACCCCGGGGTCTCCAGCTTTCTGCCAACATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110836 CCACACCCCGGGGTCTCCAGCTTTCTGCCAACATG