seq1 = pF1KE5703.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KE5703/gi568815596f_219414344.tfa (gi568815596f:219414344_219638043), 223700 bp

>pF1KE5703 1941
>gi568815596f:219414344_219638043 (Chr2)

1-963  (100001-100963)   100% ->
964-1108  (117415-117559)   100% ->
1109-1236  (117658-117785)   100% ->
1237-1399  (117972-118134)   100% ->
1400-1553  (120828-120981)   100% ->
1554-1645  (122723-122814)   100% ->
1646-1725  (122899-122978)   100% ->
1726-1830  (123289-123393)   100% ->
1831-1941  (123590-123700)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGCGGAGCGGCTGGGGCTGCGCGGCGTGGCGGAGCAGCGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGCGGAGCGGCTGGGGCTGCGCGGCGTGGCGGAGCAGCGCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCTCGCTCACTCGCTCGCTCGCAGGGACACACGCAGGGGCTGACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCTCGCTCACTCGCTCGCTCGCAGGGACACACGCAGGGGCTGACAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCTGGTGCTGATAAGGGAAGCCACAAGGAGACGATCGAGGAGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCTGGTGCTGATAAGGGAAGCCACAAGGAGACGATCGAGGAGAGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCGGCAGCAGAGGCAGCAGCGGCAGAGGCAGCACCAGGGCTGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCGGCAGCAGAGGCAGCAGCGGCAGAGGCAGCACCAGGGCTGCGGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTGGGAGTGGGAGTGACTCCCCCACCTCGGGCCCCCACCCTGTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTGGGAGTGGGAGTGACTCCCCCACCTCGGGCCCCCACCCTGTCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTCTTCCCGCTTGCCCTGAGTTTAGAAGAGCAGCCGCTGCCACCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTCTTCCCGCTTGCCCTGAGTTTAGAAGAGCAGCCGCTGCCACCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCACTCGGGAGGGCACCAGGGCTGCTGGCTAGGGAGGGACAGGGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCACTCGGGAGGGCACCAGGGCTGCTGGCTAGGGAGGGACAGGGCAGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTCTGGCCAGTCCCAGCAGCCGGGGACAGATGCCGATCGAGATTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCTCTGGCCAGTCCCAGCAGCCGGGGACAGATGCCGATCGAGATTGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAAAATCAAATTTGCTGAGGAGGATGCGAAACCCAAGGAGAAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCAAAATCAAATTTGCTGAGGAGGATGCGAAACCCAAGGAGAAGGAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGATGAGCAGAGCCTCCTCGGGGCTGTTGCCCCTGGAGCAGCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGATGAGCAGAGCCTCCTCGGGGCTGTTGCCCCTGGAGCAGCCCCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGACCTGGCCACCTTTGCCAGCACCAGCACCCTGCATGGACTGGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGACCTGGCCACCTTTGCCAGCACCAGCACCCTGCATGGACTGGGCCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTGTGGCCCAGGCCCCCACGGACTGCGCAGAACCCTGTGGGCACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTGTGGCCCAGGCCCCCACGGACTGCGCAGAACCCTGTGGGCACTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTACTCACCTCGCTGGCTGCCTTCCTGTACCAGGCGGCTGGCCTGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTACTCACCTCGCTGGCTGCCTTCCTGTACCAGGCGGCTGGCCTGGCCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGGCTACCTGACCCGGCCTCACCTGGTGGCAATGGACCCCGCTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGGCTACCTGACCCGGCCTCACCTGGTGGCAATGGACCCCGCTGCCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCCAGTGGCGGGCTTCCCGGCTGTCACCCTCTGCAATATCAACCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCCAGTGGCGGGCTTCCCGGCTGTCACCCTCTGCAATATCAACCGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGCATTCGGCACTCAGCGATGCCGACATCTTCCACCTGGCCAATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGCATTCGGCACTCAGCGATGCCGACATCTTCCACCTGGCCAATCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGGCTGCCCCCCAAAGACCGGGATGGGCACCGTGCGGCTGGCCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGGCTGCCCCCCAAAGACCGGGATGGGCACCGTGCGGCTGGCCTGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCAGAGCCTGACATGGTAGACATCCTCAACCGCACTGGCCACCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCAGAGCCTGACATGGTAGACATCCTCAACCGCACTGGCCACCAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCGACATGCTTAAGAGCTGCAACTTCAGTGGGCATCACTGCTCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCGACATGCTTAAGAGCTGCAACTTCAGTGGGCATCACTGCTCCGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAACTTCTCTGTG         GTCTATACTCGCTATGGGAAGTGTTACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAACTTCTCTGTGGTG...CAGGTCTATACTCGCTATGGGAAGTGTTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCTTCAACGCGGACCCGCGGAGCTCGCTGCCCAGCCGGGCAGGGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117443 CCTTCAACGCGGACCCGCGGAGCTCGCTGCCCAGCCGGGCAGGGGGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGCAGTGGCCTGGAGATCATGCTGGACATCCAGCAGGAGGAGTACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117493 GGCAGTGGCCTGGAGATCATGCTGGACATCCAGCAGGAGGAGTACCTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CATCTGGAGGGAGACAA         ATGAGACGTCGTTTGAGGCAGGTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117543 CATCTGGAGGGAGACAAGTA...CAGATGAGACGTCGTTTGAGGCAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTCGGGTGCAGATCCACAGCCAGGAGGAGCCGCCCTACATCCACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117682 TTCGGGTGCAGATCCACAGCCAGGAGGAGCCGCCCTACATCCACCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GGGTTCGGGGTGTCCCCAGGCTTCCAGACCTTTGTGTCCTGCCAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117732 GGGTTCGGGGTGTCCCCAGGCTTCCAGACCTTTGTGTCCTGCCAGGAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCGG         CTGACCTACCTGCCCCAGCCCTGGGGCAACTGCCGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117782 GCGGGTG...CAGCTGACCTACCTGCCCCAGCCCTGGGGCAACTGCCGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAGAGAGTGAGCTCAGGGAGCCTGAGCTTCAGGGCTACTCGGCCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118009 CAGAGAGTGAGCTCAGGGAGCCTGAGCTTCAGGGCTACTCGGCCTACAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GTGTCTGCCTGCCGGCTGCGCTGTGAAAAGGAGGCCGTGCTTCAGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118059 GTGTCTGCCTGCCGGCTGCGCTGTGAAAAGGAGGCCGTGCTTCAGCGCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CCACTGCCGGATGGTGCACATGCCAG         ACTCCCTGGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118109 CCACTGCCGGATGGTGCACATGCCAGGTG...CAGACTCCCTGGGTGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCCCTGAGGGCCCGTGCTTCTGCCCCACCCCCTGCAACCTGACACGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120843 GCCCTGAGGGCCCGTGCTTCTGCCCCACCCCCTGCAACCTGACACGCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GGGAAAGAGATCTCCATGGTCAGGATCCCCAACAGGGGCTCAGCCCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120893 GGGAAAGAGATCTCCATGGTCAGGATCCCCAACAGGGGCTCAGCCCGGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCTGGCGAGGAAGTACAACCGCAACGAGACCTACATACG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120943 CCTGGCGAGGAAGTACAACCGCAACGAGACCTACATACGGTA...CAGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGAACTTCCTGGTCCTAGATGTCTTCTTTGAGGCCCTGACCTCTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122725 AGAACTTCCTGGTCCTAGATGTCTTCTTTGAGGCCCTGACCTCTGAAGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ATGGAGCAGCGAGCAGCCTATGGCCTGTCAGCCCTGCTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122775 ATGGAGCAGCGAGCAGCCTATGGCCTGTCAGCCCTGCTGGGTG...CAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AGACCTCGGGGGACAGATGGGCCTGTTCATTGGGGCCAGCATCCTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122900 AGACCTCGGGGGACAGATGGGCCTGTTCATTGGGGCCAGCATCCTCACGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGCTGGAGATCCTCGACTACATCTATGAG         GTGTCCTGGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122950 TGCTGGAGATCCTCGACTACATCTATGAGGCA...AAGGTGTCCTGGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CGACTGAAGCGGGTATGGAGGCGTCCCAAGACCCCCCTGCGGACCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123301 CGACTGAAGCGGGTATGGAGGCGTCCCAAGACCCCCCTGCGGACCTCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TGGGGGCATCTCCACTTTGGGGCTTCAGGAGCTGAAGGAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123351 TGGGGGCATCTCCACTTTGGGGCTTCAGGAGCTGAAGGAACAGGTG...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1831   AGTCCCTGCCCGAGCCTGGGCCGAGCGGAGGGTGGGGGGGTCAGCAGT
        >>|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
 123588 AGAGTCCCTGCCCGAGCCGGGGCCGAGTGGAGGGTGGGGGGGTCAGCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CTGCTCCCCAATCACCACCACCCCCACGGTCCCCCAGGAGGTCTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123638 CTGCTCCCCAATCACCACCACCCCCACGGTCCCCCAGGAGGTCTCTTTGA

   2000     .    :
   1929 AGATTTTGCTTGC
        |||||||||||||
 123688 AGATTTTGCTTGC