seq1 = pF1KE5701.tfa, 2244 bp
seq2 = pF1KE5701/gi568815587r_2901117.tfa (gi568815587r:2901117_3142257), 241141 bp

>pF1KE5701 2244
>gi568815587r:2901117_3142257 (Chr11)

(complement)

1-25  (84891-84915)   100% ->
26-117  (100002-100093)   100% ->
118-206  (101274-101362)   100% ->
207-303  (102327-102423)   100% ->
304-402  (102966-103064)   98% ->
403-552  (104059-104208)   100% ->
553-693  (112815-112955)   100% ->
694-782  (113174-113262)   100% ->
783-904  (115461-115582)   100% ->
905-1017  (121926-122038)   100% ->
1018-1146  (122991-123119)   100% ->
1147-1276  (123509-123638)   100% ->
1277-1380  (123747-123850)   100% ->
1381-1478  (124304-124401)   100% ->
1479-1668  (124963-125152)   100% ->
1669-1737  (126409-126477)   100% ->
1738-1819  (129982-130063)   100% ->
1820-1900  (135299-135379)   100% ->
1901-1968  (136825-136892)   100% ->
1969-2028  (139658-139717)   100% ->
2029-2112  (140205-140288)   100% ->
2113-2244  (141010-141141)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGATTCCTCCGGGCAGCAGG         GCAAAGGCCGGCGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  84891 ATGGCAGATTCCTCCGGGCAGCAGGGTG...CAGGCAAAGGCCGGCGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGCCCCAGTGGTCCCCTCCTGCTGGGACCCAGCCATGCAGACTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 GCAGCCCCAGTGGTCCCCTCCTGCTGGGACCCAGCCATGCAGACTCCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTACAACAGCCTCACCAGGAACAAG         GAAGTGTTCATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100068 TTTACAACAGCCTCACCAGGAACAAGGTA...AAGGAAGTGTTCATACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAAGATGGGAAAAAGGTGACGTGGTATTGCTGTGGGCCAACCGTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101289 CAAGATGGGAAAAAGGTGACGTGGTATTGCTGTGGGCCAACCGTCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGCATCTCACATGGGGCACGCCAG         GTCCTACATCTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101339 CGCATCTCACATGGGGCACGCCAGGTA...TAGGTCCTACATCTCTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATATCTTGAGAAGAGTGTTGAAGGATTACTTCAAATTTGATGTCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102344 ATATCTTGAGAAGAGTGTTGAAGGATTACTTCAAATTTGATGTCTTTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGCATGAACATTACGGATATTGATGACAAG         ATCATTAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| |||||
 102394 TGCATGAACATTACGGATATTGATGACAAGGTA...CAGATCATCAAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCCCGGCAGAACCACCTGTTCGAGCAGTATCGGGAGAAGAGGCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102977 GGCCCGGCAGAACCACCTGTTCGAGCAGTATCGGGAGAAGAGGCCTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGGCACAGCTCTTGGAGGATGTTCAGGCCGCCCTGAAG         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103027 CGGCACAGCTCTTGGAGGATGTTCAGGCCGCCCTGAAGGTG...CAGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTTCAGTAAAATTAAATGAGACCACGGATCCCGATAAAAAGCAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104062 TTTTCAGTAAAATTAAATGAGACCACGGATCCCGATAAAAAGCAGATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CGAACGGATTCAGCACGCAGTGCAGCTTGCCACAGAGCCACTTGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104112 CGAACGGATTCAGCACGCAGTGCAGCTTGCCACAGAGCCACTTGAGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGTGCAGTCCAGACTCACGGGAGAGGAAGTCAACAGCTGTGTGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104162 CTGTGCAGTCCAGACTCACGGGAGAGGAAGTCAACAGCTGTGTGGAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       GTGTTGCTGGAAGAAGCCAAGGATTTGCTCTCTGACTGGCTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104212 ...CAGGTGTTGCTGGAAGAAGCCAAGGATTTGCTCTCTGACTGGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTCTACACTTGGCTGTGATGTCACTGACAATTCCATCTTCTCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112859 TTCTACACTTGGCTGTGATGTCACTGACAATTCCATCTTCTCCAAGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCAAGTTCTGGGAGGGGGACTTCCACAGAGACATGGAAGCTCTGAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112909 CCAAGTTCTGGGAGGGGGACTTCCACAGAGACATGGAAGCTCTGAATGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       GTTCTCCCTCCAGATGTCTTAACCCGGGTTAGTGAGTATGTGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112959 ...CAGGTTCTCCCTCCAGATGTCTTAACCCGGGTTAGTGAGTATGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAAATTGTGAACTTTGTCCAGAAGATTGTGGACAACGGTTACGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113218 AGAAATTGTGAACTTTGTCCAGAAGATTGTGGACAACGGTTACGGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783     CTATGTCTCCAATGGGTCTGTCTACTTTGATACAGCGAAGTTTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113268 .CAGCTATGTCTCCAATGGGTCTGTCTACTTTGATACAGCGAAGTTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCTAGCGAGAAGCACTCCTATGGGAAGCTGGTGCCTGAGGCCGTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115507 TCTAGCGAGAAGCACTCCTATGGGAAGCTGGTGCCTGAGGCCGTTGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCAGAAAGCCCTTCAAGAAGGGGAAG         GTGACCTGAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115557 TCAGAAAGCCCTTCAAGAAGGGGAAGGTG...CAGGTGACCTGAGCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGCAGACCGCCTGAGTGAGAAGCGCTCTCCCAACGACTTTGCCTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121941 CTGCAGACCGCCTGAGTGAGAAGCGCTCTCCCAACGACTTTGCCTTATGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGGCCTCTAAGCCCGGAGAACCGTCCTGGCCGTGCCCTTGGGGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121991 AAGGCCTCTAAGCCCGGAGAACCGTCCTGGCCGTGCCCTTGGGGAAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        GGTCGTCCGGGCTGGCATATCGAGTGCTCGGCCATGGCAGGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122041 G...CAGGGTCGTCCGGGCTGGCATATCGAGTGCTCGGCCATGGCAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCCTCCTAGGGGCTTCGATGGACATTCACGGAGGTGGGTTCGACCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123034 CCCTCCTAGGGGCTTCGATGGACATTCACGGAGGTGGGTTCGACCTCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCCCCCACCATGACAATGAGCTGGCACAGTCGGAG         GCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123084 TTCCCCCACCATGACAATGAGCTGGCACAGTCGGAGGTA...CAGGCCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTTTGAAAACGACTGCTGGGTCAGGTACTTCCTGCACACAGGCCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123514 CTTTGAAAACGACTGCTGGGTCAGGTACTTCCTGCACACAGGCCACCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCATTGCAGGCTGCAAAATGTCAAAGTCACTAAAAAACTTCATCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123564 CCATTGCAGGCTGCAAAATGTCAAAGTCACTAAAAAACTTCATCACCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAAGATGCCTTGAAAAAGCACTCAG         CACGGCAGTTGCGGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123614 AAAGATGCCTTGAAAAAGCACTCAGGTA...CAGCACGGCAGTTGCGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGCCTTCCTCATGCACTCGTGGAAGGACACCCTGGACTACTCCAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123763 GGCCTTCCTCATGCACTCGTGGAAGGACACCCTGGACTACTCCAGCAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCATGGAGTCAGCGCTTCAATATGAGAAGTTCTTGAAT         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123813 CCATGGAGTCAGCGCTTCAATATGAGAAGTTCTTGAATGTG...CAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TTTTTCTTAAATGTGAAAGATATCCTTCGCGCTCCTGTTGACATCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124307 TTTTTCTTAAATGTGAAAGATATCCTTCGCGCTCCTGTTGACATCACTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCAGTTTGAGAAGTGGGGAGAAGAAGAAGCAGAACTGAATAAGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124357 TCAGTTTGAGAAGTGGGGAGAAGAAGAAGCAGAACTGAATAAGAAGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479     CTTTTATGACAAGAAGACAGCAATTCACAAAGCCCTCTGTGACAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124407 .CAGCTTTTATGACAAGAAGACAGCAATTCACAAAGCCCTCTGTGACAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTTGACACCCGCACCGTCATGGAAGAGATGCGGGCCTTGGTCAGTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125009 GTTGACACCCGCACCGTCATGGAAGAGATGCGGGCCTTGGTCAGTCAGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CAACCTCTATATGGCAGCCCGGAAAGCCGTGAGGAAGAGGCCCAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125059 CAACCTCTATATGGCAGCCCGGAAAGCCGTGAGGAAGAGGCCCAACCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTCTGCTGGAGAACATCGCCCTGTACCTCACCCATATGCTGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125109 CTCTGCTGGAGAACATCGCCCTGTACCTCACCCATATGCTGAAGGTA...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669    ATCTTTGGGGCCGTAGAAGAGGACAGCTCCCTGGGATTCCCGGTCGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126406 TAGATCTTTGGGGCCGTAGAAGAGGACAGCTCCCTGGGATTCCCGGTCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AGGGCCTGGAACCAGCCTCAGT         CTCGAGGCCACAGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126456 AGGGCCTGGAACCAGCCTCAGTGTG...CAGCTCGAGGCCACAGTCATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CCTACCTTCAGGTGTTATCAGAATTCCGAGAAGGAGTGCGGAAGATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130001 CCTACCTTCAGGTGTTATCAGAATTCCGAGAAGGAGTGCGGAAGATTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CGAGAGCAAAAAG         TCCCTGAGATTCTGCAGCTCAGCGATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 130051 CGAGAGCAAAAAGGTG...CAGTCCCTGAGATTCTGCAGCTCAGCGATGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCTGCGGGACAACATCCTGCCCGAGCTTGGGGTGCGGTTTGAAGACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135327 CCTGCGGGACAACATCCTGCCCGAGCTTGGGGTGCGGTTTGAAGACCACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 AAG         GACTGCCCACAGTGGTGAAACTGGTAGACAGAAACACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135377 AAGGTG...CAGGACTGCCCACAGTGGTGAAACTGGTAGACAGAAACACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 TTATTAAAAGAGAGAGAAGAAAAGAGACGG         GTTGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 136863 TTATTAAAAGAGAGAGAAGAAAAGAGACGGGTG...CAGGTTGAAGAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GAAGAGGAAGAAGAAAGAGGAGGCGGCCCGGAGGAAACAGGAACAAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 139669 GAAGAGGAAGAAGAAAGAGGAGGCGGCCCGGAGGAAACAGGAACAAGAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029         GCAGCAAAGCTGGCCAAGATGAAGATTCCCCCCAGTGAGATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139719 TA...TAGGCAGCAAAGCTGGCCAAGATGAAGATTCCCCCCAGTGAGATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 TTCTTGTCAGAAACCGACAAATACTCCAAGTTTGATGAAAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 140247 TTCTTGTCAGAAACCGACAAATACTCCAAGTTTGATGAAAATGTA...CA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2113  GGTCTGCCCACACATGACATGGAGGGCAAAGAGCTCAGCAAAGGGCAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141009 GGGTCTGCCCACACATGACATGGAGGGCAAAGAGCTCAGCAAAGGGCAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 CCAAGAAGCTGAAGAAGCTCTTCGAGGCTCAGGAGAAGCTCTACAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141059 CCAAGAAGCTGAAGAAGCTCTTCGAGGCTCAGGAGAAGCTCTACAAGGAA

   2400     .    :    .    :    .    :
   2212 TATCTGCAGATGGCCCAGAATGGAAGCTTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 141109 TATCTGCAGATGGCCCAGAATGGAAGCTTCCAG