seq1 = pF1KE5686.tfa, 1689 bp
seq2 = pF1KE5686/gi568815595f_51292381.tfa (gi568815595f:51292381_51494069), 201689 bp

>pF1KE5686 1689
>gi568815595f:51292381_51494069 (Chr3)

1-1689  (100001-101689)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGAGGATGACCAGCGGGCCACGCGCAACCTCTTCATTGGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCGAGGATGACCAGCGGGCCACGCGCAACCTCTTCATTGGTAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCACAGCGTATCTGAGGTGGAGCTGCGAAGGGCCTTCGAGAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCACAGCGTATCTGAGGTGGAGCTGCGAAGGGCCTTCGAGAAATATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCATCGAGGAGGTGGTCATCAAGAGGCCTGCCCGTGGCCAGGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCATCGAGGAGGTGGTCATCAAGAGGCCTGCCCGTGGCCAGGGCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTATGCCTTCCTCAAGTTCCAGAACCTGGACATGGCCCATAGGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTATGCCTTCCTCAAGTTCCAGAACCTGGACATGGCCCATAGGGCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGGCCATGTCGGGCCGAGTGATTGGTCGCAACCCCATTAAGATAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGGCCATGTCGGGCCGAGTGATTGGTCGCAACCCCATTAAGATAGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGGCAAGGCCAACCCCACCACTCGTCTCTGGGTGGGTGGCCTGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGGCAAGGCCAACCCCACCACTCGTCTCTGGGTGGGTGGCCTGGGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACACGTCACTGGCGGCTCTGGCCCGAGAGTTTGACCGCTTTGGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACACGTCACTGGCGGCTCTGGCCCGAGAGTTTGACCGCTTTGGGAGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCGGACCATTGATCACGTCAAAGGAGATAGCTTTGCCTATATTCAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCGGACCATTGATCACGTCAAAGGAGATAGCTTTGCCTATATTCAGTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAGCTTGGACGCAGCCCAGGCCGCCTGTGCTAAAATGAGGGGTTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAGCTTGGACGCAGCCCAGGCCGCCTGTGCTAAAATGAGGGGTTTTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGGTGGACCAGACCGCAGGCTCCGCGTGGATTTTGCCAAAGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGGTGGACCAGACCGCAGGCTCCGCGTGGATTTTGCCAAAGCAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACTCGGTACCCCCAGCAGTACCAGCCCTCGCCACTCCCTGTGCATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GACTCGGTACCCCCAGCAGTACCAGCCCTCGCCACTCCCTGTGCATTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTGCTCACAGATGGATACACCCGGCACCGCAACCTGGACGCCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTGCTCACAGATGGATACACCCGGCACCGCAACCTGGACGCCGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGCGGGACAGGACGCCCCCACACCTTCTGTACTCAGACCGAGACCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGCGGGACAGGACGCCCCCACACCTTCTGTACTCAGACCGAGACCGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTTTTGGAAGGGGACTGGACCAGCCCCAGTAAAAGCTCTGACCGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTTTTGGAAGGGGACTGGACCAGCCCCAGTAAAAGCTCTGACCGCCGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGCCTTGAGGGCTACAGTCGCTCAGTGCGCAGCCGGAGTGGTGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGCCTTGAGGGCTACAGTCGCTCAGTGCGCAGCCGGAGTGGTGAGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGGGGGCAGATGGAGACCGTGGTTTGCCCAAGCCCTGGGAAGAGAAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100751 TGGGGGGCAGATGGAGACCGTGGTTTGCCCAAGCCCTGGGAAGAGAGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAACGGAGAAGCCTTTCCAGTGACCGTGGGAGGACAACCCATTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAACGGAGAAGCCTTTCCAGTGACCGTGGGAGGACAACCCATTCACCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGAGGAACGGAGTAGGACCAAGGGCAGTGGGCAGCAGTCAGAGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGAGGAACGGAGTAGGACCAAGGGCAGTGGGCAGCAGTCAGAGCGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCGACCGCACCCCTGAGCGCAGCCGCAAGGAGAACCACTCCAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCCGACCGCACCCCTGAGCGCAGCCGCAAGGAGAACCACTCCAGTGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GACCAAGGAGTCCAGCAGCAACTCCCTCAGCAACAGCAGACATGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GACCAAGGAGTCCAGCAGCAACTCCCTCAGCAACAGCAGACATGGGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGAACGGGGCCACCACCACCACCACCACGAGGCTGCAGACTCTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGAACGGGGCCACCACCACCACCACCACGAGGCTGCAGACTCTTCCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGGAAGAAGGCAAGAGACAGCGAGCGCAATCACCGGACCACAGAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGGAAGAAGGCAAGAGACAGCGAGCGCAATCACCGGACCACAGAGGCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCCCAAGCCTCTGGAAGAGCCAAAACACGAGACCAAAAAGCTGAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCCCAAGCCTCTGGAAGAGCCAAAACACGAGACCAAAAAGCTGAAGAATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTTCAGAGTACGCTCAGACACTACAGCTGGGTTGGAATGGGCTTCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTTCAGAGTACGCTCAGACACTACAGCTGGGTTGGAATGGGCTTCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTGAAAAACAGCTGCTTCCCCACGTCTATGCATATCCTAGAGGGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTGAAAAACAGCTGCTTCCCCACGTCTATGCATATCCTAGAGGGGGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGGGGTGATCAGCAGTCTCCTCAAAGACCACACTTCTGGGAGCAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGGGGTGATCAGCAGTCTCCTCAAAGACCACACTTCTGGGAGCAAGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCCAGCTGAAGATCGCCCAGCGCCTTCGACTGGACCAGCCCAAGCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCCAGCTGAAGATCGCCCAGCGCCTTCGACTGGACCAGCCCAAGCTTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAGGTCACACGACGCATCAAGCAGGGGAGCCCCAACGGCTATGCGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GAGGTCACACGACGCATCAAGCAGGGGAGCCCCAACGGCTATGCGGTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CTTAGCCACCCAGGCAACCCCCAGTGGGCTTGGCACTGAGGGGATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CTTAGCCACCCAGGCAACCCCCAGTGGGCTTGGCACTGAGGGGATGCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CAGTAGAGCCCGGTCTGCAGAGGCGGCTTCTCAGGAACCTGGTCTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CAGTAGAGCCCGGTCTGCAGAGGCGGCTTCTCAGGAACCTGGTCTCCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTGAAACAGAAGCAGGCCGCAGGGGTGATCAGCTTGCCAGTGGGGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TTGAAACAGAAGCAGGCCGCAGGGGTGATCAGCTTGCCAGTGGGGGGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CAAGGGCAGAGACGGCACAGGCATGCTCTACGCCTTCCCACCCTGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CAAGGGCAGAGACGGCACAGGCATGCTCTACGCCTTCCCACCCTGCGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TTTCCCAGCAGTACCTCCAGTCAGCACTAAGGACATTGGGCAAGCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TTTCCCAGCAGTACCTCCAGTCAGCACTAAGGACATTGGGCAAGCTAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1651 GAAGAACACATGGTGATAGTCATCGTCAGAGACACTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GAAGAACACATGGTGATAGTCATCGTCAGAGACACTGCC