seq1 = pF1KE5681.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KE5681/gi568815582r_88714442.tfa (gi568815582r:88714442_88827254), 112813 bp

>pF1KE5681 1566
>gi568815582r:88714442_88827254 (Chr16)

(complement)

1000-1139  (414-553)   100% ->
1140-1242  (2386-2488)   100% ->
1243-1364  (4545-4666)   100% ->
1365-1482  (9131-9248)   100% ->
1483-1566  (12730-12813)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 CAGGTGAGCCACCAGCTGGGCAGCATCATGGACCTCTTCACCACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    414 CAGGTGAGCCACCAGCTGGGCAGCATCATGGACCTCTTCACCACCAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 GGCCCTTGCGGGCCTGACGCCGCCCAGCGACAGGGCCATTGATGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    464 GGCCCTTGCGGGCCTGACGCCGCCCAGCGACAGGGCCATTGATGGCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 ACCTCCTCCCCACCCTCCTGCAGGGCCGGCTGATGGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
    514 ACCTCCTCCCCACCCTCCTGCAGGGCCGGCTGATGGACAGGTT...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 CCTATCTTCTATTACCGTGGCGACACGCTGATGGCGGCCACCCTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   2387 CCTATCTTCTATTACCGTGGCGACACGCTGATGGCGGCCACCCTCGGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 GCACAAGGCTCACTTCTGGACCTGGACCAACTCCTGGGAGAACTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   2437 GCACAAGGCTCACTTCTGGACCTGGACCAACTCCTGGGAGAACTTCAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 AG         GGCATTGATTTCTGCCCTGGGCAGAACGTTTCAGGGGTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   2487 AGGTA...CAGGGCATTGATTTCTGCCCTGGGCAGAACGTTTCAGGGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 ACAACTCACAATCTGGAAGACCACACGAAGCTGCCCCTGATCTTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   4584 ACAACTCACAATCTGGAAGACCACACGAAGCTGCCCCTGATCTTCCACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 GGGACGGGACCCAGGGGAGAGGTTCCCCCTCAG         CTTTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
   4634 GGGACGGGACCCAGGGGAGAGGTTCCCCCTCAGGTG...CAGCTTTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373 GCGCCGAGTACCAGGAGGCCCTCAGCAGGATCACCTCGGTCGTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9139 GCGCCGAGTACCAGGAGGCCCTCAGCAGGATCACCTCGGTCGTCCAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1423 CACCAGGAGGCCTTGGTCCCCGCGCAGCCCCAGCTCAACGTGTGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9189 CACCAGGAGGCCTTGGTCCCCGCGCAGCCCCAGCTCAACGTGTGCAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473 GGCGGTCATG         AACTGGGCACCTCCGGGCTGTGAAAAGTTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
   9239 GGCGGTCATGGTA...CAGAACTGGGCACCTCCGGGCTGTGAAAAGTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1514 GGAAGTGTCTGACACCTCCAGAATCCATTCCCAAGAAGTGCCTCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12761 GGAAGTGTCTGACACCTCCAGAATCCATTCCCAAGAAGTGCCTCTGGTCC

    600 
   1564 CAC
        |||
  12811 CAC