seq1 = pF1KE5678.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KE5678/gi568815586f_111765248.tfa (gi568815586f:111765248_111993058), 227811 bp

>pF1KE5678 1413
>gi568815586f:111765248_111993058 (Chr12)

1-36  (77487-77522)   100% ->
37-110  (100003-100076)   100% ->
111-186  (100909-100984)   100% ->
187-284  (102325-102422)   100% ->
285-393  (103506-103614)   100% ->
394-483  (105024-105113)   100% ->
484-579  (105838-105933)   100% ->
580-660  (115200-115280)   100% ->
661-848  (118334-118521)   100% ->
849-969  (120669-120789)   100% ->
970-1100  (123241-123371)   100% ->
1101-1216  (123638-123753)   100% ->
1217-1321  (124793-124897)   100% ->
1322-1413  (127720-127811)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGAGGAGAGCGACATGGACAAAGCCATCAAG         GAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  77487 ATGTCGGAGGAGAGCGACATGGACAAAGCCATCAAGGTA...TAGGAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCCATTTTAGAAGAATACAGTATCAATTGGACTCAGAAGCTGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 TTCCATTTTAGAAGAATACAGTATCAATTGGACTCAGAAGCTGGGAGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAATTAGTGGTCCAGTTAG         AGTCTGTGTAAAGAAATCTACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100058 GAATTAGTGGTCCAGTTAGGTA...TAGAGTCTGTGTAAAGAAATCTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAAGAACGGTTTGCGCTGAAAATTCTTCTTGATCGTCCAAAAGCTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100931 CAAGAACGGTTTGCGCTGAAAATTCTTCTTGATCGTCCAAAAGCTAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAG         GTACGTCTGCACATGATGTGTGCCACACACCCAAACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100981 TGAGGTA...AAGGTACGTCTGCACATGATGTGTGCCACACACCCAAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAGTTCAGATTATTGAAGTGTTTGCTAACAGTGTCCAGTTTCCCCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102362 TAGTTCAGATTATTGAAGTGTTTGCTAACAGTGTCCAGTTTCCCCATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCCAGCCCTAG         GGCCCGACTCTTAATTGTAATGGAGATGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102412 TCCAGCCCTAGGTA...CAGGGCCCGACTCTTAATTGTAATGGAGATGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGAAGGGGGAGAGCTATTTCACAGAATCAGCCAGCACCGGCACTTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103536 GGAAGGGGGAGAGCTATTTCACAGAATCAGCCAGCACCGGCACTTTACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAAGCAAGCCAGCCAAGTAACAAAGCAG         ATAGCTTTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103586 AGAAGCAAGCCAGCCAAGTAACAAAGCAGGCA...CAGATAGCTTTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTGCGGCACTGTCACTTGTTAAACATTGCGCACAGAGACCTCAAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 CTGCGGCACTGTCACTTGTTAAACATTGCGCACAGAGACCTCAAGCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAATCTGCTTTTTAAGGATAACTCTTTG         GATGCCCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105086 AAATCTGCTTTTTAAGGATAACTCTTTGGTG...CAGGATGCCCCAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGTTGTGTGACTTTGGATTTGCCAAGATTGACCAAGGTGACTTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105851 AGTTGTGTGACTTTGGATTTGCCAAGATTGACCAAGGTGACTTGATGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCCAGTTCACCCCTTATTATGTAGCACCCCAG         GTACTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105901 CCCCAGTTCACCCCTTATTATGTAGCACCCCAGGTA...CAGGTACTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGCGCAAAGAAGGCATCAGAAGGAGAAATCTGGCATCATACCTACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115208 GGCGCAAAGAAGGCATCAGAAGGAGAAATCTGGCATCATACCTACCTCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CGACGCCCTACACTTACAACAAG         AGCTGTGACTTGTGGTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115258 CGACGCCCTACACTTACAACAAGGTA...CAGAGCTGTGACTTGTGGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTAGGGGTGATTATCTATGTGATGCTGTGCGGATACCCTCCTTTTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118352 CTAGGGGTGATTATCTATGTGATGCTGTGCGGATACCCTCCTTTTTACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAAACACCACAGCCGGACTATCCCAAAGGATATGCGAAGAAAGATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118402 CAAACACCACAGCCGGACTATCCCAAAGGATATGCGAAGAAAGATCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CAGGCAGTTTTGAGTTCCCAGAGGAAGAGTGGAGTCAGATCTCAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118452 CAGGCAGTTTTGAGTTCCCAGAGGAAGAGTGGAGTCAGATCTCAGAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCCAAAGATGTTGTGAGGAA         GCTCCTGAAGGTCAAACCGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118502 GCCAAAGATGTTGTGAGGAAGTG...CAGGCTCCTGAAGGTCAAACCGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGAGAGACTCACCATCGAGGGAGTGCTGGACCACCCCTGGCTCAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120690 GGAGAGACTCACCATCGAGGGAGTGCTGGACCACCCCTGGCTCAATTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCGAGGCCCTGGATAATGTGCTGCCTTCTGCTCAGCTGATGATGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120740 CCGAGGCCCTGGATAATGTGCTGCCTTCTGCTCAGCTGATGATGGACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970          GCAGTGGTTGCAGGAATCCAGCAGGCTCACGCGGAACAGTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120790 GTT...CAGGCAGTGGTTGCAGGAATCCAGCAGGCTCACGCGGAACAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGCCAACATGAGAATCCAGGATCTGAAAGTCAGCCTCAAACCCCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123282 GGCCAACATGAGAATCCAGGATCTGAAAGTCAGCCTCAAACCCCTGCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGTGAACAACCCCATTCTGCGGAAGAGGAAGTTACTTGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123332 CAGTGAACAACCCCATTCTGCGGAAGAGGAAGTTACTTGGGTA...AAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACCAAGCCAAAGGACAGTGTCTATATCCACGACCATGAGAATGGAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123639 ACCAAGCCAAAGGACAGTGTCTATATCCACGACCATGAGAATGGAGCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGATTCCAATGTTGCCTTGGAAAAACTCCGAGATGTGATTGCTCAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123689 GGATTCCAATGTTGCCTTGGAAAAACTCCGAGATGTGATTGCTCAGTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTCTCCCCCAGGCTG         GAGAGAATGAAGATGAGAAACTGAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123739 TTCTCCCCCAGGCTGGTA...TAGGAGAGAATGAAGATGAGAAACTGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAAGTAATGCAGGAGGCTTGGAAGTATAACCGGGAATGCAAACTCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124819 GAAGTAATGCAGGAGGCTTGGAAGTATAACCGGGAATGCAAACTCCTAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGATACTCTGCAGAGCTTCAGCTGGAATG         GTCGTGGATTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 124869 AGATACTCTGCAGAGCTTCAGCTGGAATGGTA...CAGGTCGTGGATTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CAGATAAAGTAGATCGACTAAAACTGGCAGAAATTGTGAAGCAGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127732 CAGATAAAGTAGATCGACTAAAACTGGCAGAAATTGTGAAGCAGGTGATA

   1500     .    :    .    :    .    :
   1384 GAAGAGCAAACCACGTCCCACGAATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 127782 GAAGAGCAAACCACGTCCCACGAATCCCAA