seq1 = pF1KE5677.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KE5677/gi568815596r_196978676.tfa (gi568815596r:196978676_197287109), 308434 bp

>pF1KE5677 1737
>gi568815596r:196978676_197287109 (Chr2)

(complement)

25-111  (100001-100087)   100% ->
112-190  (140005-140083)   100% ->
191-261  (150448-150518)   98% ->
262-462  (161073-161273)   100% ->
463-550  (161642-161729)   100% ->
551-693  (164318-164460)   100% ->
694-906  (165566-165778)   100% ->
907-985  (176266-176344)   100% ->
986-1100  (187180-187294)   100% ->
1101-1183  (197078-197160)   100% ->
1184-1247  (198336-198399)   100% ->
1248-1316  (200362-200430)   100% ->
1317-1457  (203601-203741)   100% ->
1458-1538  (205385-205465)   100% ->
1539-1737  (208296-208494)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     25 CAGCCACCATTGGTTCAGGCAATCTTCAGCGGTGATCCAGAGGAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGCCACCATTGGTTCAGGCAATCTTCAGCGGTGATCCAGAGGAGATCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     75 GATGCTCATCCATAAAACTGAAGATGTGAATACTCTG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GATGCTCATCCATAAAACTGAAGATGTGAATACTCTGGTA...CAGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    116 CTGAGAAACGAACCCCTCTTCATGTGGCCGCATTTCTGGGAGATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140009 CTGAGAAACGAACCCCTCTTCATGTGGCCGCATTTCTGGGAGATGCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    166 ATCATTGAACTCCTGATTTTGTCAG         GAGCTCGTGTAAATGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 140059 ATCATTGAACTCCTGATTTTGTCAGGTA...CAGGAGCTCGTGTAAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    207 CAAGGACAACATGTGGCTGACTCCACTGCACCGGGCTGTTGCTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150464 CAAGGACAACATGTGGCTGACTCCACTGCACCGGGCTGTTGCTTCCAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    257 GCGAA         GAAGCAGTACAGGTTTTGATTAAGCACTCAGCTGAT
        | |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150514 GTGAAGTG...TAGGAAGCAGTACAGGTTTTGATTAAGCACTCAGCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 GTCAATGCAAGGGACAAGAACTGGCAGACCCCTCTTCATGTGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161109 GTCAATGCAAGGGACAAGAACTGGCAGACCCCTCTTCATGTGGCAGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    348 CAACAAGGCTGTCAAATGTGCAGAAGTGATCATTCCCCTGCTGAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161159 CAACAAGGCTGTCAAATGTGCAGAAGTGATCATTCCCCTGCTGAGCAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398 TCAATGTCTCCGACCGAGGGGGGCGCACAGCCTTGCACCATGCGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161209 TCAATGTCTCCGACCGAGGGGGGCGCACAGCCTTGCACCATGCGGCTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 AACGGCCACGTGGAG         ATGGTCAATTTACTCTTGGCCAAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 161259 AACGGCCACGTGGAGGTG...CAGATGGTCAATTTACTCTTGGCCAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 GGCAAATATCAATGCATTTGACAAGAAGGACCGGCGTGCTCTGCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161668 GGCAAATATCAATGCATTTGACAAGAAGGACCGGCGTGCTCTGCACTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 CAGCATACATGG         GCCACTTGGATGTTGTAGCATTGCTCATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 161718 CAGCATACATGGGTA...AAGGCCACTTGGATGTTGTAGCATTGCTCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 AACCATGGCGCAGAAGTGACCTGTAAGGATAAGAAGGGTTATACCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164347 AACCATGGCGCAGAAGTGACCTGTAAGGATAAGAAGGGTTATACCCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 GCATGCTGCAGCCTCCAATGGACAGATTAATGTTGTCAAGCATCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164397 GCATGCTGCAGCCTCCAATGGACAGATTAATGTTGTCAAGCATCTCCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 ACCTGGGGGTGGAG         ATTGATGAAATCAATGTCTATGGAAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 164447 ACCTGGGGGTGGAGGTG...CAGATTGATGAAATCAATGTCTATGGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 ACAGCGCTTCACATCGCCTGCTACAATGGACAGGATGCTGTGGTTAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165593 ACAGCGCTTCACATCGCCTGCTACAATGGACAGGATGCTGTGGTTAACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 GTTGATTGACTACGGTGCTAACGTGAACCAGCCAAACAATAATGGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165643 GTTGATTGACTACGGTGCTAACGTGAACCAGCCAAACAATAATGGGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 CCCCTTTGCATTTTGCTGCTGCCTCCACTCATGGTGCTTTGTGTCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165693 CCCCTTTGCATTTTGCTGCTGCCTCCACTCATGGTGCTTTGTGTCTTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871 TTGTTAGTAAACAACGGGGCAGATGTTAACATTCAG         AGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 165743 TTGTTAGTAAACAACGGGGCAGATGTTAACATTCAGGTA...TAGAGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 AGATGGCAAAAGTCCACTGCACATGACAGCTGTCCATGGAAGGTTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176271 AGATGGCAAAAGTCCACTGCACATGACAGCTGTCCATGGAAGGTTCACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 GGTCACAGACCCTCATTCAGAATG         GAGGTGAAATTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 176321 GGTCACAGACCCTCATTCAGAATGGTA...CAGGAGGTGAAATTGACTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 GTGGATAAGGACGGCAACACTCCTCTCCATGTGGCTGCAAGATACGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187197 GTGGATAAGGACGGCAACACTCCTCTCCATGTGGCTGCAAGATACGGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053 TGAGCTTTTGATTAACACCTTAATAACCAGCGGAGCTGACACAGCCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 187247 TGAGCTTTTGATTAACACCTTAATAACCAGCGGAGCTGACACAGCCAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101        GTGTGGAATCCATAGCATGTTCCCTTTACATTTAGCTGCCCTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187297 A...CAGGTGTGGAATCCATAGCATGTTCCCTTTACATTTAGCTGCCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144 AATGCTCACTCTGACTGCTGCAGAAAGTTGTTATCATCGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 197121 AATGCTCACTCTGACTGCTGCAGAAAGTTGTTATCATCGGGTA...CAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1185 CTTTGAAATAGACACCCCAGATAAATTTGGAAGAACGTGCCTTCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198337 CTTTGAAATAGACACCCCAGATAAATTTGGAAGAACGTGCCTTCATGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235 CTGCTGCAGGAGG         TAATGTGGAATGTATAAAACTCTTGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 198387 CTGCTGCAGGAGGGTG...TAGTAATGTGGAATGTATAAAACTCTTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1276 AGCAGCGGAGCAGATTTCCATAAAAAGGACAAGTGTGGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 200390 AGCAGCGGAGCAGATTTCCATAAAAAGGACAAGTGTGGGAGGTA...CAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1317 GACCCCTTTGCACTATGCAGCTGCGAATTGTCATTTCCACTGTATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203601 GACCCCTTTGCACTATGCAGCTGCGAATTGTCATTTCCACTGTATTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1367 CATTAGTGACCACAGGGGCCAACGTTAATGAAACAGATGACTGGGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203651 CATTAGTGACCACAGGGGCCAACGTTAATGAAACAGATGACTGGGGACGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1417 ACAGCTTTGCATTACGCCGCTGCATCAGACATGGATAGAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 203701 ACAGCTTTGCATTACGCCGCTGCATCAGACATGGATAGAAAGTA...AAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1458 TAAGACTATCTTAGGAAATGCCCATGATAATTCAGAAGAACTTGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205385 TAAGACTATCTTAGGAAATGCCCATGATAATTCAGAAGAACTTGAAAGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1508 CCAGGGAGCTGAAGGAAAAGGAAGCCACACT         ATGTCTAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 205435 CCAGGGAGCTGAAGGAAAAGGAAGCCACACTGTA...CAGATGTCTAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1549 TTTCTGCTTCAAAATGATGCAAATCCATCTATCCGGGACAAGGAAGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208306 TTTCTGCTTCAAAATGATGCAAATCCATCTATCCGGGACAAGGAAGGTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1599 CAATAGCATACATTATGCTGCCGCCTATGGGCACAGGCAGTGTCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208356 CAATAGCATACATTATGCTGCCGCCTATGGGCACAGGCAGTGTCTGGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1649 TGGTGAGTTGTTTTGTTTTGTTTTCTCTAACACACACACACACACATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208406 TGGTGAGTTGTTTTGTTTTGTTTTCTCTAACACACACACACACACATACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1699 CCAAATCACAGAGGCATTAACTGTTTTTTTCCAGAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208456 CCAAATCACAGAGGCATTAACTGTTTTTTTCCAGAGTTG