seq1 = pF1KE5674.tfa, 1668 bp
seq2 = pF1KE5674/gi568815581r_39310581.tfa (gi568815581r:39310581_39547905), 237325 bp

>pF1KE5674 1668
>gi568815581r:39310581_39547905 (Chr17)

(complement)

1-25  (96844-96868)   100% ->
26-132  (100002-100108)   100% ->
133-211  (104278-104356)   100% ->
212-266  (107229-107283)   100% ->
267-399  (107388-107520)   100% ->
400-428  (108713-108741)   100% ->
429-500  (113586-113657)   100% ->
501-575  (115890-115964)   100% ->
576-649  (116718-116791)   100% ->
650-739  (120116-120205)   100% ->
740-851  (123168-123279)   99% ->
852-976  (124085-124209)   100% ->
977-1095  (124461-124579)   100% ->
1096-1297  (127988-128189)   100% ->
1298-1393  (132567-132662)   100% ->
1394-1499  (132775-132880)   100% ->
1500-1640  (137185-137325)   100% ->
1641-1668  (142598-142625)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGCTCAGGGGGAAACCGAGG         AGTCAGAAAAGCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  96844 ATGAAAGCTCAGGGGGAAACCGAGGGTA...TAGAGTCAGAAAAGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TAAGATGAGTTCTCTCCTGGAACGGCTCCATGCAAAATTTAACCAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 TAAGATGAGTTCTCTCCTGGAACGGCTCCATGCAAAATTTAACCAAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACCCTGGAGTGAAACCATTAAGCTTGTGCGTCAAGTCATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100068 GACCCTGGAGTGAAACCATTAAGCTTGTGCGTCAAGTCATGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGAAGAGGGTTGTGATGAGTTCTGGAGGGCATCAACATTTGGTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104278 GAGAAGAGGGTTGTGATGAGTTCTGGAGGGCATCAACATTTGGTCAGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTGGAGACATTGCAGAAGGCTCTCAAAG         TAACATCTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104328 TTTGGAGACATTGCAGAAGGCTCTCAAAGGTT...TAGTAACATCTTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGCAATGACTGATCGTTTGGAGTCCATAGCAAGACAGAATGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107241 CAGCAATGACTGATCGTTTGGAGTCCATAGCAAGACAGAATGGGTA...T

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    267   ACTGGGCTCTCATCTCAGTGCCAGTGGCACTGAATGTTACATCACGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107386 AGACTGGGCTCTCATCTCAGTGCCAGTGGCACTGAATGTTACATCACGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGATATGTTCTATGTGGAAGTGCAGTTAGATCCTGCAGGACAGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107436 AGATATGTTCTATGTGGAAGTGCAGTTAGATCCTGCAGGACAGCTTTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTAAAAGTGGCTCACCATGGGGAGAATCCTGTG         AGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107486 ATGTAAAAGTGGCTCACCATGGGGAGAATCCTGTGGTA...CAGAGCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCGGAGCTTGTACAGCAGCTAAG         GGAAAAAAATTTTGATGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108719 CCGGAGCTTGTACAGCAGCTAAGGTG...TAGGGAAAAAAATTTTGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 ATTTTCTAAGCACCTTAAGGGCCTTGTTAATCTGTATAACCTTCCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113604 ATTTTCTAAGCACCTTAAGGGCCTTGTTAATCTGTATAACCTTCCAGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACAA         CAAACTGAAGACTAAAATGTACTTGGCTCTCCAATCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113654 ACAAGTA...CAGCAAACTGAAGACTAAAATGTACTTGGCTCTCCAATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TTAGAACAAGATCTTTCTAAAATGGCAATTATGTACTG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115927 TTAGAACAAGATCTTTCTAAAATGGCAATTATGTACTGGTA...CAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 AGCAACTAATGCTGGTCCCTTGGATAAGATTCTTCATGGAAGTGTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116721 AGCAACTAATGCTGGTCCCTTGGATAAGATTCTTCATGGAAGTGTTGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ATCTCACACCAAGGAGTGGGG         GTCATTTAATGAACCTGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116771 ATCTCACACCAAGGAGTGGGGGTA...TAGGTCATTTAATGAACCTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TACTATGTCTCTCCTTCTGACCTACTGGATGACAAGACTGCATCTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120136 TACTATGTCTCTCCTTCTGACCTACTGGATGACAAGACTGCATCTCCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CATTTTGCATGAGAATAATG         TTTCTCGATCTTTGGGCATGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120186 CATTTTGCATGAGAATAATGGTA...CAGTTTCTCGATCTTTGGGCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 ACGCATCAGTGACAATTGAAGGAACATCTGCTGTGTACAAACTCCCAATT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123189 ATGCATCAGTGACAATTGAAGGAACATCTGCTGTGTACAAACTCCCAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCACCATTAATTATGGGGTCACATCCAGTTGACAATAAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123239 GCACCATTAATTATGGGGTCACATCCAGTTGACAATAAATGGTA...AAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GACCCCTTCCTTCTCCTCAATCACCAGTGCCAACAGTGTTGATCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124085 GACCCCTTCCTTCTCCTCAATCACCAGTGCCAACAGTGTTGATCTTCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CCTGTTTCTTCTTGAAATTTCCCCAGCCAATCCCAGTATCTAGAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124135 CCTGTTTCTTCTTGAAATTTCCCCAGCCAATCCCAGTATCTAGAGCATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GTTCAGAAACTGCAGAACTGCACAG         GAATTCCATTGTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124185 GTTCAGAAACTGCAGAACTGCACAGGTG...CAGGAATTCCATTGTTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 AACTCAACCAACTTATGCACCCCTGTATGAACTGATCACTCAGTTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124477 AACTCAACCAACTTATGCACCCCTGTATGAACTGATCACTCAGTTTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TATCAAAGGACCCTGACCCCATACCTTTGAATCACAACATGAGATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124527 TATCAAAGGACCCTGACCCCATACCTTTGAATCACAACATGAGATTTTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GCT         GCTCTTCCTGGTCAGCAGCACTGCTATTTCCTCAACAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124577 GCTGTA...CAGGCTCTTCCTGGTCAGCAGCACTGCTATTTCCTCAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GGATGCTCCTCTTCCAGATGGCCGAAGTCTACAGGGAACCCTTGTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128026 GGATGCTCCTCTTCCAGATGGCCGAAGTCTACAGGGAACCCTTGTTAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAATCACCTTTCAGCACCCTGGCCGAGTTCCTCTTATCCTAAATCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128076 AAATCACCTTTCAGCACCCTGGCCGAGTTCCTCTTATCCTAAATCTGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AGACACCAAGTGGCCTATAACACCCTCATTGGAAGCTGTGTCAAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128126 AGACACCAAGTGGCCTATAACACCCTCATTGGAAGCTGTGTCAAAAGAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TATTCTGAAAGAAG         ATTCTCCTGGGCTTCTCCAATTTGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128176 TATTCTGAAAGAAGGTA...TAGATTCTCCTGGGCTTCTCCAATTTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TGTGTCCTCTCTCAGAGTCTCGTTTCAGCGTATCTTTTCAGCACCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132594 TGTGTCCTCTCTCAGAGTCTCGTTTCAGCGTATCTTTTCAGCACCCTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AATGACTCCCTGGTGTGTG         TGGTAATGGATGTGCAGGACTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 132644 AATGACTCCCTGGTGTGTGGTG...CAGTGGTAATGGATGTGCAGGACTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 AACACATGTGAGCTGTAAACTCTACAAAGGGCTGTCGGATGCACTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132797 AACACATGTGAGCTGTAAACTCTACAAAGGGCTGTCGGATGCACTGATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GCACAGATGACTTCATTGCCAAAGTTGTTCAAAG         ATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 132847 GCACAGATGACTTCATTGCCAAAGTTGTTCAAAGGTA...CAGATGTATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TCCATCCCTGTGACGATGAGGGCTATTCGGAGGAAAGCTGAAACCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137192 TCCATCCCTGTGACGATGAGGGCTATTCGGAGGAAAGCTGAAACCATTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 AGCCGACACCCCAGCACTGTCCCTCATTGCAGAGACAGTTGAAGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137242 AGCCGACACCCCAGCACTGTCCCTCATTGCAGAGACAGTTGAAGACATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TGAAAAAGAACCTGCCCCCGGCTAGCAGCCCAGG         ATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 137292 TGAAAAAGAACCTGCCCCCGGCTAGCAGCCCAGGGTA...CAGATCAAAG

   1800     .    :    .    :
   1648 AATCCCGAGTTAGGATCTGGA
        |||||||||||||||||||||
 142605 AATCCCGAGTTAGGATCTGGA