seq1 = pF1KE5666.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE5666/gi568815575r_43667469.tfa (gi568815575r:43667469_43982299), 314831 bp

>pF1KE5666 1560
>gi568815575r:43667469_43982299 (ChrX)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-141  (138536-138630)   98% ->
142-279  (143295-143432)   100% ->
280-384  (178896-179000)   100% ->
385-476  (180037-180128)   98% ->
477-618  (185034-185175)   100% ->
619-768  (186412-186561)   100% ->
769-928  (188722-188881)   100% ->
929-1025  (200756-200852)   100% ->
1026-1079  (201905-201958)   100% ->
1080-1137  (203561-203618)   100% ->
1138-1235  (207028-207125)   100% ->
1236-1347  (212882-212993)   100% ->
1348-1410  (213584-213646)   100% ->
1411-1560  (214682-214831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAACAAATGCGACGTGGTCGTGGTGGGGGGCGGCATCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAGCAACAAATGCGACGTGGTCGTGGTGGGGGGCGGCATCTCAGGTT.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTATGGCAGCAGCCAAACTTCTGCATGACTCTGGACTGAATGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGTATGGCAGCAGCCAAACTTCTGCATGACTCTGGACTGAATGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTTCTGGAAGCCCGGGACCATGTGGGAGGCAGGACTTACACTCTTAGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 138581 TTGTTCTGGAAGCCCGGGACCGTGTGGGAGGCAGGACTTACACTCTTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          AACCAAAAGGTTAAATATGTGGACCTTGGAGGATCCTATGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138631 GTA...CAGAACCAAAAGGTTAAATATGTGGACCTTGGAGGATCCTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGACCAACCCAGAATCGTATCTTGAGATTAGCCAAGGAGCTAGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143336 TGGACCAACCCAGAATCGTATCTTGAGATTAGCCAAGGAGCTAGGATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGACCTACAAAGTGAATGAGGTTGAGCGTCTGATCCACCATGTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 143386 AGACCTACAAAGTGAATGAGGTTGAGCGTCTGATCCACCATGTAAAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GGCAAATCATACCCCTTCAGGGGGCCATTCCCACCTGTATGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143436 ...CAGGGCAAATCATACCCCTTCAGGGGGCCATTCCCACCTGTATGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCAATTACCTACTTAGATCATAACAACTTTTGGAGGACAATGGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178940 TCCAATTACCTACTTAGATCATAACAACTTTTGGAGGACAATGGATGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGGCGAGAG         ATTCAGAGTGATGCCCCATGGAAGGCTCCC
        |||||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||
 178990 TGGGGCGAGAGGTA...TAGATTCCGAGTGATGCCCCATGGAAGGCTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTGCAGAAGAGTGGGACAACATGACAATGAAGGAGCTACTGGACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180067 CTTGCAGAAGAGTGGGACAACATGACAATGAAGGAGCTACTGGACAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGCTGGACTGA         ATCTGCAAAGCAGCTTGCCACTCTCTTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 180117 CTGCTGGACTGAGTA...CAGATCTGCAAAGCAGCTTGCCACTCTCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAACCTGTGTGTCACTGCAGAGACCCATGAGGTCTCTGCTCTCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185063 TGAACCTGTGTGTCACTGCAGAGACCCATGAGGTCTCTGCTCTCTGGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGTGGTATGTGAAGCAGTGTGGAGGCACAACAAGAATCATCTCGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185113 CTGTGGTATGTGAAGCAGTGTGGAGGCACAACAAGAATCATCTCGACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAATGGAGGACAG         GAGAGGAAATTTGTGGGCGGATCTGGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 185163 AAATGGAGGACAGGTA...CAGGAGAGGAAATTTGTGGGCGGATCTGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGTGAGTGAGCGGATAATGGACCTCCTTGGAGACCGAGTGAAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186440 AAGTGAGTGAGCGGATAATGGACCTCCTTGGAGACCGAGTGAAGCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGGCCTGTGATCTACATTGACCAGACAAGAGAAAATGTCCTTGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186490 AGGCCTGTGATCTACATTGACCAGACAAGAGAAAATGTCCTTGTGGAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTAAACCATGAGATGTATGAG         GCTAAATATGTGATTAGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 186540 CCTAAACCATGAGATGTATGAGGTA...CAGGCTAAATATGTGATTAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTATTCCTCCTACTCTGGGCATGAAGATTCACTTCAATCCCCCTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188741 CTATTCCTCCTACTCTGGGCATGAAGATTCACTTCAATCCCCCTCTGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGATGAGAAACCAGATGATCACTCGTGTGCCTTTGGGTTCAGTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188791 ATGATGAGAAACCAGATGATCACTCGTGTGCCTTTGGGTTCAGTCATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTGTATAGTTTATTATAAAGAGCCTTTCTGGAGGAAAAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 188841 GTGTATAGTTTATTATAAAGAGCCTTTCTGGAGGAAAAAGGGTG...AAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTACTGTGGAACCATGATTATTGATGGAGAAGAAGCTCCAGTTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200756 ATTACTGTGGAACCATGATTATTGATGGAGAAGAAGCTCCAGTTGCCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACGTTGGATGATACCAAACCTGAAGGCAACTATGCTGCCATAATGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 200806 ACGTTGGATGATACCAAACCTGAAGGCAACTATGCTGCCATAATGGGGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1026       ATTTATCCTGGCCCACAAAGCCAGAAAACTGGCACGTCTTACCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200856 ...TAGATTTATCCTGGCCCACAAAGCCAGAAAACTGGCACGTCTTACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGAGGAAAG         GTTGAAGAAACTTTGTGAACTCTATGCCAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 201949 AAGAGGAAAGGTA...CAGGTTGAAGAAACTTTGTGAACTCTATGCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTTCTGGGTTCCCTAGAAGCTCTGGAG         CCAGTGCATTATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 203592 GTTCTGGGTTCCCTAGAAGCTCTGGAGGTA...CAGCCAGTGCATTATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGAAAAGAACTGGTGTGAGGAGCAGTACTCTGGGGGCTGCTACACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207042 AGAAAAGAACTGGTGTGAGGAGCAGTACTCTGGGGGCTGCTACACAACTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATTTCCCCCCTGGGATCCTGACTCAATATGGAAG         GGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 207092 ATTTCCCCCCTGGGATCCTGACTCAATATGGAAGGTA...AAGGGTTCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CGCCAGCCAGTGGACAGGATTTACTTTGCAGGCACCGAGACTGCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212889 CGCCAGCCAGTGGACAGGATTTACTTTGCAGGCACCGAGACTGCCACACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTGGAGCGGCTACATGGAGGGGGCTGTAGAGGCCGGGGAGAGAGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212939 CTGGAGCGGCTACATGGAGGGGGCTGTAGAGGCCGGGGAGAGAGCAGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GAGAG         ATCCTGCATGCCATGGGGAAGATTCCAGAGGATGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212989 GAGAGGTA...CAGATCCTGCATGCCATGGGGAAGATTCCAGAGGATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATCTGGCAGTCAGAACCAGAGTCTGTG         GATGTCCCTGCACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 213620 ATCTGGCAGTCAGAACCAGAGTCTGTGGTA...TAGGATGTCCCTGCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GCCCATCACCACCACCTTTTTGGAGAGACATTTGCCCTCCGTGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214696 GCCCATCACCACCACCTTTTTGGAGAGACATTTGCCCTCCGTGCCAGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGCTCAGGCTGATTGGATTGACCACCATCTTTTCAGCAACGGCTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214746 TGCTCAGGCTGATTGGATTGACCACCATCTTTTCAGCAACGGCTCTTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1525 TTCCTGGCCCACAAAAGGGGGCTACTTGTGAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214796 TTCCTGGCCCACAAAAGGGGGCTACTTGTGAGAGTC