seq1 = pF1KE5659.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KE5659/gi568815588f_133427396.tfa (gi568815588f:133427396_133638961), 211566 bp

>pF1KE5659 1479
>gi568815588f:133427396_133638961 (Chr10)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-337  (101086-101245)   100% ->
338-487  (104190-104339)   99% ->
488-648  (104729-104889)   100% ->
649-825  (105297-105473)   100% ->
826-967  (106361-106502)   100% ->
968-1155  (109668-109855)   100% ->
1156-1297  (110356-110497)   100% ->
1298-1479  (111385-111566)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCCCTCGGAGTCACCGTGGCCCTGCTGGTGTGGGCGGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGCCCTCGGAGTCACCGTGGCCCTGCTGGTGTGGGCGGCCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGGTGTCCATGTGGAGGCAGGTGCACAGCAGCTGGAATCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGGTGTCCATGTGGAGGCAGGTGCACAGCAGCTGGAATCTGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGCCCTTTCCCGCTTCCCATCATCGGGAACCTCTTCCAGTTGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGCCCTTTCCCGCTTCCCATCATCGGGAACCTCTTCCAGTTGGAATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAATATTCCCAAGTCCTTCACCCGG         TTGGCCCAGCGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 AAGAATATTCCCAAGTCCTTCACCCGGGTA...CAGTTGGCCCAGCGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGGCCGGTGTTCACGCTGTACGTGGGCTCGCAGCGCATGGTGGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101100 CGGGCCGGTGTTCACGCTGTACGTGGGCTCGCAGCGCATGGTGGTGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGCTACAAGGCGGTGAAGGAAGCGCTGCTGGACTACAAGGACGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101150 ACGGCTACAAGGCGGTGAAGGAAGCGCTGCTGGACTACAAGGACGAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCGGGCAGAGGCGACCTCCCCGCGTTCCATGCGCACAGGGACAGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101200 TCGGGCAGAGGCGACCTCCCCGCGTTCCATGCGCACAGGGACAGGGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      GAATCATTTTTAATAATGGACCTGCCTGGAAGGACATCCGGCGGT
        ..>>>||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 101250 ..TAGGAATCATTTTTAATAATGGACCTACCTGGAAGGACATCCGGCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTCCCTGACCACCCTCCGGAACTATGGGATGGGGAAACAGGGCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104235 TTTCCCTGACCACCCTCCGGAACTATGGGATGGGGAAACAGGGCAATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCCGGATCCAGAGGGAGGCCCACTTCCTGCTGGAAGCACTCAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104285 AGCCGGATCCAGAGGGAGGCCCACTTCCTGCTGGAAGCACTCAGGAAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAAG         GCCAGCCTTTCGACCCCACCTTCCTCATCGGCTGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104335 CCAAGGTG...TAGGCCAGCCTTTCGACCCCACCTTCCTCATCGGCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCCCTGCAACGTCATAGCCGACATCCTCTTCCGCAAGCATTTTGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104765 CGCCCTGCAACGTCATAGCCGACATCCTCTTCCGCAAGCATTTTGACTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATGATGAGAAGTTTCTAAGGCTGATGTATTTGTTTAATGAGAACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 AATGATGAGAAGTTTCTAAGGCTGATGTATTTGTTTAATGAGAACTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTACTCAGCACTCCCTGGCTCCAG         CTTTACAATAATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104865 CCTACTCAGCACTCCCTGGCTCCAGGTG...TAGCTTTACAATAATTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAGCTTTCTACACTACTTGCCTGGAAGCCACAGAAAAGTCATAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105313 CCAGCTTTCTACACTACTTGCCTGGAAGCCACAGAAAAGTCATAAAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGCTGAAGTAAAAGAGTATGTGTCTGAAAGGGTGAAGGAGCACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105363 GTGGCTGAAGTAAAAGAGTATGTGTCTGAAAGGGTGAAGGAGCACCATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATCTCTGGACCCCAACTGTCCCCGGGACCTCACCGACTGCCTGCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105413 ATCTCTGGACCCCAACTGTCCCCGGGACCTCACCGACTGCCTGCTCGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAATGGAGAAG         GAAAAGCACAGTGCAGAGCGCTTGTACACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105463 AAATGGAGAAGGTA...CAGGAAAAGCACAGTGCAGAGCGCTTGTACACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGGACGGTATCACCGTGACTGTGGCCGACCTGTTCTTTGCGGGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 ATGGACGGTATCACCGTGACTGTGGCCGACCTGTTCTTTGCGGGGACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACCACCAGCACAACTCTGAGATATGGGCTCCTGATTCTCATGAAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106441 GACCACCAGCACAACTCTGAGATATGGGCTCCTGATTCTCATGAAATACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTGAGATCGAAG         AGAAGCTCCATGAAGAAATTGACAGGGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106491 CTGAGATCGAAGGTA...CAGAGAAGCTCCATGAAGAAATTGACAGGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTGGGCCAAGCCGAATCCCTGCCATCAAGGATAGGCAAGAGATGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109697 ATTGGGCCAAGCCGAATCCCTGCCATCAAGGATAGGCAAGAGATGCCCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATGGATGCTGTGGTGCATGAGATTCAGCGGTTCATCACCCTCGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109747 CATGGATGCTGTGGTGCATGAGATTCAGCGGTTCATCACCCTCGTGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCAACCTGCCCCATGAAGCAACCCGAGACACCATTTTCAGAGGATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109797 CCAACCTGCCCCATGAAGCAACCCGAGACACCATTTTCAGAGGATACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATCCCCAAG         GGCACAGTCGTAGTGCCAACTCTGGACTCTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109847 ATCCCCAAGGTT...TAGGGCACAGTCGTAGTGCCAACTCTGGACTCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTTGTATGACAACCAAGAATTTCCTGATCCAGAAAAGTTTAAGCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110388 TTTGTATGACAACCAAGAATTTCCTGATCCAGAAAAGTTTAAGCCAGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACTTCCTGAATGAAAATGGAAAGTTCAAGTACAGTGACTATTTCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110438 ACTTCCTGAATGAAAATGGAAAGTTCAAGTACAGTGACTATTTCAAGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTTTCCACAG         GAAAACGAGTGTGTGCTGGAGAAGGCCTGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110488 TTTTCCACAGGTG...TAGGAAAACGAGTGTGTGCTGGAGAAGGCCTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCGCACGGAGTTGTTTCTTTTGTTGTGTGCCATTTTGCAGCATTTTAATT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111416 TCGCATGGAGTTGTTTCTTTTGTTGTGTGCCATTTTGCAGCATTTTAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGAAGCCTCTCGTTGACCCAAAGGATATCGACCTCAGCCCTATACATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111466 TGAAGCCTCTCGTTGACCCAAAGGATATCGACCTCAGCCCTATACATATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGGTTTGGCTGTATCCCACCACGTTACAAACTCTGTGTCATTCCCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111516 GGGTTTGGCTGTATCCCACCACGTTACAAACTCTGTGTCATTCCCCGCTC

   1550 
   1479 A
        |
 111566 A