seq1 = pF1KE5651.tfa, 1569 bp
seq2 = pF1KE5651/gi568815596r_27264403.tfa (gi568815596r:27264403_27469920), 205518 bp

>pF1KE5651 1569
>gi568815596r:27264403_27469920 (Chr2)

(complement)

1-31  (99607-99637)   100% ->
32-75  (100002-100045)   100% ->
76-211  (100372-100507)   100% ->
212-418  (100709-100915)   100% ->
419-498  (101188-101267)   100% ->
499-590  (101458-101549)   100% ->
591-705  (101782-101896)   100% ->
706-782  (102099-102175)   100% ->
783-885  (102362-102464)   100% ->
886-1013  (102720-102847)   100% ->
1014-1191  (102985-103162)   100% ->
1192-1372  (105023-105203)   100% ->
1373-1569  (105322-105518)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTGTGGCCGTGGCTGTTCGCGAGG         ACTCGGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99607 ATGGCTGCTGTGGCCGTGGCTGTTCGCGAGGGTG...CAGACTCGGGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGGGATGAAGGCGGAGCTTCCCCCTGGGCCTGGG         GCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100012 CGGGATGAAGGCGGAGCTTCCCCCTGGGCCTGGGGTA...CAGGCAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GGAGGGAAATGACCAAAGAAGAAAAGCTGCAGCTTCGGAAGGAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100379 GGAGGGAAATGACCAAAGAAGAAAAGCTGCAGCTTCGGAAGGAAAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGCAGAAGAAGAAACGGAAGGAAGAAAAGGGGGCAGAACCAGAGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100429 CAGCAGAAGAAGAAACGGAAGGAAGAAAAGGGGGCAGAACCAGAGACTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCTGCTGTATCTGCAGCCCAATGTCAAG         TAGGCCCAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100479 CTCTGCTGTATCTGCAGCCCAATGTCAAGGTG...TAGTAGGCCCAACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAGAACTGCCAGAATCGGGCATTCAGTTGGGCACTCCTCGGGAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 GAGAACTGCCAGAATCGGGCATTCAGTTGGGCACTCCTCGGGAGAAAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGCTGGTCGGAGTAAGGCCGAACTTCGGGCTGAGCGTCGAGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 CCAGCTGGTCGGAGTAAGGCCGAACTTCGGGCTGAGCGTCGAGCCAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGGCCGAGCGGGCCCTGAAACAGGCAAGAAAAGGGGAACAAGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 GGAGGCCGAGCGGGCCCTGAAACAGGCAAGAAAAGGGGAACAAGGAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CACCTCCTAAGGCCAGCCCCAGCACAGCTGGAGAAACCCCCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100871 CACCTCCTAAGGCCAGCCCCAGCACAGCTGGAGAAACCCCCTCAGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     GAGTGAAGCGTCTCCCTGAGTACCCTCAGGTTGATGACCTACTTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100921 .CAGGAGTGAAGCGTCTCCCTGAGTACCCTCAGGTTGATGACCTACTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGAAGGCTTGTTAAAAAACCAGAGCGTCAACAG         GTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101234 GAGAAGGCTTGTTAAAAAACCAGAGCGTCAACAGGTA...AAGGTTCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CACGAAAGGATTATGGATCCAAAGTCAGTCTCTTCTCTCACCTACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101465 CACGAAAGGATTATGGATCCAAAGTCAGTCTCTTCTCTCACCTACCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACAGCAGACAAAACTCTCTGACCCAGTTTATGAG         CATCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101515 TACAGCAGACAAAACTCTCTGACCCAGTTTATGAGGTA...CAGCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATCCTCTGTGATCCACCCAGCCATGGTGCGACTCGGCCTGCAGTACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101788 ATCCTCTGTGATCCACCCAGCCATGGTGCGACTCGGCCTGCAGTACTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGGCCTGGTCAGTGGCTCCAATGCCCGGTGTATTGCCCTGCTTCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101838 AGGGCCTGGTCAGTGGCTCCAATGCCCGGTGTATTGCCCTGCTTCGTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGCAGCAG         GTGATTCAGGATTACACAACACCGCCTAATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101888 TTGCAGCAGGTA...TAGGTGATTCAGGATTACACAACACCGCCTAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAACTCTCCAGGGATCTAGTGAATAAACTAAAACCCTACATGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102131 AGAACTCTCCAGGGATCTAGTGAATAAACTAAAACCCTACATGAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783     CTTCCTGACTCAGTGCCGTCCCCTGTCAGCGAGCATGCACAACGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102181 .TAGCTTCCTGACTCAGTGCCGTCCCCTGTCAGCGAGCATGCACAACGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCAAGTTCCTTAACAAGGAAATCACCAGTGTGGGCAGTTCCAAGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102408 ATCAAGTTCCTTAACAAGGAAATCACCAGTGTGGGCAGTTCCAAGCGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAGGAG         GCCAAGTCAGAACTTCGAGCAGCCATTGATCGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102458 AGAGGAGGTG...TAGGCCAAGTCAGAACTTCGAGCAGCCATTGATCGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATGTGCAAGAGAAGATTGTGCTAGCAGCTCAGGCAATTTCACGCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102754 ATGTGCAAGAGAAGATTGTGCTAGCAGCTCAGGCAATTTCACGCTTTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TACCAGAAGATCAGTAATGGAGATGTGATCCTGGTATATGGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102804 TACCAGAAGATCAGTAATGGAGATGTGATCCTGGTATATGGATGGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014    CTCATCTCTGGTATCACGAATTCTTCAGGAGGCTTGGACAGAGGGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 TAGCTCATCTCTGGTATCACGAATTCTTCAGGAGGCTTGGACAGAGGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGCGGTTTCGGGTGGTAGTGGTGGACAGCCGGCCATGGCTGGAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 GGCGGTTTCGGGTGGTAGTGGTGGACAGCCGGCCATGGCTGGAAGGAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CACACACTACGTTCTCTAGTCCATGCTGGTGTCCCAGCCTCCTACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103082 CACACACTACGTTCTCTAGTCCATGCTGGTGTCCCAGCCTCCTACCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GATTCCTGCAGCCTCCTATGTGCTCCCAGAG         GTTTCCAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103132 GATTCCTGCAGCCTCCTATGTGCTCCCAGAGGTA...CAGGTTTCCAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGCTATTGGGAGCTCATGCACTCTTGGCCAACGGGTCTGTGATGTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105033 TGCTATTGGGAGCTCATGCACTCTTGGCCAACGGGTCTGTGATGTCACGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTAGGGACAGCACAGTTAGCCCTGGTGGCTCGAGCCCATAATGTACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105083 GTAGGGACAGCACAGTTAGCCCTGGTGGCTCGAGCCCATAATGTACCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCTGGTTTGCTGTGAAACATACAAGTTCTGTGAGCGTGTGCAGACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105133 GCTGGTTTGCTGTGAAACATACAAGTTCTGTGAGCGTGTGCAGACTGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCTTTGTCTCTAATGAGCTAG         ATGACCCTGATGATCTGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105183 CCTTTGTCTCTAATGAGCTAGGTA...CAGATGACCCTGATGATCTGCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TGTAAGCGGGGAGAACATGTTGCGCTGGCTAACTGGCAGAACCACGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105342 TGTAAGCGGGGAGAACATGTTGCGCTGGCTAACTGGCAGAACCACGCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCTACGGTTGTTGAATCTAGTCTATGATGTGACTCCCCCAGAGCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105392 CCTACGGTTGTTGAATCTAGTCTATGATGTGACTCCCCCAGAGCTTGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATCTGGTGATCACGGAGCTGGGGATGATCCCTTGCAGTTCTGTACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105442 ATCTGGTGATCACGGAGCTGGGGATGATCCCTTGCAGTTCTGTACCTGTT

   1650     .    :    .    :    .
   1543 GTTCTACGAGTCAAGAGCAGTGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 105492 GTTCTACGAGTCAAGAGCAGTGACCAG