seq1 = pF1KE5645.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KE5645/gi568815596f_230228774.tfa (gi568815596f:230228774_230570109), 341336 bp

>pF1KE5645 1440
>gi568815596f:230228774_230570109 (Chr2)

1-32  (187524-187555)   100% ->
33-107  (188818-188892)   100% ->
108-270  (214164-214326)   100% ->
271-439  (215405-215573)   100% ->
440-523  (218046-218129)   100% ->
524-586  (220315-220377)   100% ->
587-736  (220788-220937)   100% ->
737-820  (221399-221482)   100% ->
821-973  (232489-232641)   100% ->
974-1057  (233662-233745)   100% ->
1058-1141  (235294-235377)   100% ->
1142-1195  (237528-237581)   100% ->
1196-1291  (238347-238442)   98% ->
1292-1345  (240270-240323)   100% ->
1346-1440  (241242-241336)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGTGGGGGCGGCGACCTGAGCACCAG         GAGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 187524 ATGGCAGGTGGGGGCGGCGACCTGAGCACCAGGTG...TAGGAGGCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAATGTATTTCACCAGTAGCAAATGAGATGAACCATCTTCCTGCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188827 TGAATGTATTTCACCAGTAGCAAATGAGATGAACCATCTTCCTGCACACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCACGATTTGCAAAG         GATGTTCACGGAAGACCAGGGTGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 188877 GCCACGATTTGCAAAGGTG...TAGGATGTTCACGGAAGACCAGGGTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATGACAGGCTGCTCTATGACATTGTATTCAAGCACTTCAAAAGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214189 GATGACAGGCTGCTCTATGACATTGTATTCAAGCACTTCAAAAGAAATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGGAGATTTCAAATGCAATAAAAAAGACATTTCCATTCCTCGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214239 GGTGGAGATTTCAAATGCAATAAAAAAGACATTTCCATTCCTCGAGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCGTGATCGTGATCTCATCACAAATAAAATGTTTGAA         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 214289 TCCGTGATCGTGATCTCATCACAAATAAAATGTTTGAAGTA...AAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTCAAGATTCTTGTAGAAACCTGGTCCCTGTACAGAGAGTGGTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215408 TCTCAAGATTCTTGTAGAAACCTGGTCCCTGTACAGAGAGTGGTGTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTCTTAGTGAACTGGAGAAGACATTTAACCTGCCAGTTCTGGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215458 TGTTCTTAGTGAACTGGAGAAGACATTTAACCTGCCAGTTCTGGAAGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTTCAGCGATGTCAACATGCAGGAATACCCCGATTTAATTCACATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215508 TGTTCAGCGATGTCAACATGCAGGAATACCCCGATTTAATTCACATTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGGCTTTGAAAATG         TAATCCATGACAAATTGCCTCTCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 215558 AAAGGCTTTGAAAATGGTA...CAGTAATCCATGACAAATTGCCTCTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAAGTGAAGAAGAAGAGAGGGAGGAGAGGTCTGGCCTCCAACTAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218071 AGAAAGTGAAGAAGAAGAGAGGGAGGAGAGGTCTGGCCTCCAACTAAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAACAAG         GAACTGGTGAAAACTCTTTTCGAAGCCTGACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 218121 TTGAACAAGGTA...CAGGAACTGGTGAAAACTCTTTTCGAAGCCTGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGCCACCTTCGGGTTCCCCATCTCATGCTG         GTACAACCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 220347 TGGCCACCTTCGGGTTCCCCATCTCATGCTGGTT...TAGGTACAACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACCTGAAAATGGACTCTCAGAGCACCCCTGTGAAACAGAACAGATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220798 ACCTGAAAATGGACTCTCAGAGCACCCCTGTGAAACAGAACAGATAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAAAGAGAAAAGATACAACCAGTGACAAAGATGATTCGCTAGGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220848 CAAAGAGAAAAGATACAACCAGTGACAAAGATGATTCGCTAGGAAGCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAAACAAATGAACAATGTGCTCAAAAGGCTGAGCCAACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 220898 CAAACAAATGAACAATGTGCTCAAAAGGCTGAGCCAACAGGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTCCTGCGAACAAATTGCTGTCCAAGTGAATAATGGGGATGCTGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221400 GTCCTGCGAACAAATTGCTGTCCAAGTGAATAATGGGGATGCTGGAAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGATGCCCTGCCCGTTGCCCTGTGATGAAGAAA         GCCCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 221450 AGATGCCCTGCCCGTTGCCCTGTGATGAAGAAAGTA...TAGGCCCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAGAGCTACACAACCATGGAATCCAAATTAATTCCTGTTCTGTGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232497 GCAGAGCTACACAACCATGGAATCCAAATTAATTCCTGTTCTGTGCGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGTGGATATAAAAAAGGAAAAGCCATTTTCTAATTCAAAAGTTGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232547 GGTGGATATAAAAAAGGAAAAGCCATTTTCTAATTCAAAAGTTGAGTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCCCAAGCAAGAACTCATCATAACCAGGCATCTGACATAATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 232597 AAGCCCAAGCAAGAACTCATCATAACCAGGCATCTGACATAATAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974     TCATCAGCAGTGAGGACTCTGAAGGATCCACTGACGTTGATGAGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232647 .CAGTCATCAGCAGTGAGGACTCTGAAGGATCCACTGACGTTGATGAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTAGAAGTCTTCATCTCAGCACCGAGAAGTGAGCCTG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 233708 CTTAGAAGTCTTCATCTCAGCACCGAGAAGTGAGCCTGGTA...CAGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCAATAATGACAACCCTTTAGAATCAAATGATGAAAAGGAGGGCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235297 TCAATAATGACAACCCTTTAGAATCAAATGATGAAAAGGAGGGCCAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCACTTGCTCACGACCCCAGATTGTACCAG         AGCCCATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 235347 GCCACTTGCTCACGACCCCAGATTGTACCAGGTA...CAGAGCCCATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTTCAGAAAATTATCTACATTCAGAGAAAGTTTTAAGAAAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 237538 TTTCAGAAAATTATCTACATTCAGAGAAAGTTTTAAGAAAAGAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1196    TGATAGGACAAGACCACGACTTTTCAGAATCCAGTGAGGAGGAGGCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238344 CAGTGATAGGACAAGACCACGACTTTTCAGAATCCAGTGAGGAGGAGGCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCGCAGAAGCCTCAAGCGGGGCACTGAGAAGCAAGCATGGTGAGAAGG 
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 238394 CCCGCAGAAGCCTCGAGCGGGGCACTGAGAAGCAAGCATGGTGAGAAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292         CTCCTATGACTTCTAGAAGTACATCTACTTGGAGAATACCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238444 TA...TAGCTCCTATGACTTCTAGAAGTACATCTACTTGGAGAATACCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GCAGGAAGAGAC         GTTTCAGCAGTAGTGACTTTTCAGACCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 240312 GCAGGAAGAGACGTA...CAGGTTTCAGCAGTAGTGACTTTTCAGACCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AGTAATGGAGAAGAGCTTCAGGAAACCTGCAGCTCATCCCTAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241271 AGTAATGGAGAAGAGCTTCAGGAAACCTGCAGCTCATCCCTAAGAAGAGG

   1550     .    :    .
   1425 GTCAGGTAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||
 241321 GTCAGGTAAAGAAGAT