seq1 = pF1KE5624.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE5624/gi568815594f_40650694.tfa (gi568815594f:40650694_40898904), 248211 bp

>pF1KE5624 1425
>gi568815594f:40650694_40898904 (Chr4)

1-298  (100001-100298)   100% ->
299-357  (109741-109799)   100% ->
358-488  (110478-110608)   100% ->
489-641  (123572-123724)   100% ->
642-825  (124074-124257)   100% ->
826-1036  (125356-125566)   99% ->
1037-1180  (139909-140052)   100% ->
1181-1282  (143682-143783)   100% ->
1283-1400  (148094-148211)   100% ->
1401-1425  (157614-157638)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAATTCCACGGGCGAACTGGAGTTTTCGAACGAAGAAGATCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAATTCCACGGGCGAACTGGAGTTTTCGAACGAAGAAGATCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCATCTCCCAACTCACTTCCCTGCCTCTGTCCGGTGGGAAAAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCATCTCCCAACTCACTTCCCTGCCTCTGTCCGGTGGGAAAAGCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGTGTGCCCGAAAAAACGGGCTATCCGGACTCCGTTTATGTCATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGTGTGCCCGAAAAAACGGGCTATCCGGACTCCGTTTATGTCATGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAACATTTTTCAGGGTATTCGAATCGAAAAGTCGGCACAGAAAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAACATTTTTCAGGGTATTCGAATCGAAAAGTCGGCACAGAAAGTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATCAAGTATGGGAATGAACCCCTGCGGTCCTTGTCCGAGTCTGAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATCAAGTATGGGAATGAACCCCTGCGGTCCTTGTCCGAGTCTGAGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTCCTTTCAGCGTTTGTCTTATGAGCTGGCTTTCAGTGCCCTGAAAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100251 AGTCCTTTCAGCGTTTGTCTTATGAGCTGGCTTTCAGTGCCCTGAAATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299        ATCAAGATATTTTGGAAACTATATTGATAGACAGCTGTATCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 G...CAGATCAAGATATTTTGGAAACTATATTGATAGACAGCTGTATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCAAGTACCACAATA         CCAGATCATTTGAGCAGTCTTATTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109784 CCCAAGTACCACAATAGTA...TAGCCAGATCATTTGAGCAGTCTTATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGTGATGCTATATGATTTCCAAGATAGAAAATTTCAAACTCGTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110503 TTGTGATGCTATATGATTTCCAAGATAGAAAATTTCAAACTCGTGTCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTGATAATGAAGAGCCCATATCAGAAGTTCAAGAAGTAGAGAACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110553 TCTGATAATGAAGAGCCCATATCAGAAGTTCAAGAAGTAGAGAACCTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAACAG         TTTTAAGATAAAATTGGCTGCAGCATTGGCAAGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110603 TAACAGGTA...TAGTTTTAAGATAAAATTGGCTGCAGCATTGGCAAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGAATCAAGCATGATGCCCTTTCAATTTACCACATCCTTCCAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123607 GTCGAATCAAGCATGATGCCCTTTCAATTTACCACATCCTTCCAGAAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTAGGAAACAGGAACTAAGGGCCTCCACTTTACCACTTTATGCTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123657 GTTAGGAAACAGGAACTAAGGGCCTCCACTTTACCACTTTATGCTTGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAATACTTGTAAAATCAG         CCCTGAAGAAGTTTATAATAATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123707 AAATACTTGTAAAATCAGGTA...CAGCCCTGAAGAAGTTTATAATAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAAGAGAAGAGGCTATAATAAAGTCAAATCTGTATTGCATATTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124097 TGAAGAGAAGAGGCTATAATAAAGTCAAATCTGTATTGCATATTGATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAGTCTTTGCTGTGGATCAACATTGCTATGATGTCTTAATTTTTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124147 AAAGTCTTTGCTGTGGATCAACATTGCTATGATGTCTTAATTTTTCCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCATCTTAAAAATGATCTTATAAATATAGATCTTTTCAAAGATTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124197 TCATCTTAAAAATGATCTTATAAATATAGATCTTTTCAAAGATTACAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTATATTTCAG         GACAAATCTCGAAGTCTTGCTGTCCATTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124247 TTATATTTCAGGTA...CAGGACAAATCTCGAAGTCTTGCTGTCCATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTAAAGGCTTTATTAAATATGGATGATGATGTCTTAATGGTCAATACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125386 GTAAAGGCTTTATTAAATATGGATGATGATGTCTTAATGGTCAATACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCATGGTACACAGTTGCCCACATGTCAATTTTAACAAATAATAATACCT
         ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 125436 CTCATGGTACACAGTTTCCCACATGTCAATTTTAACAAATAATAATACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAAAAGTATTTGTGTGTGGAGTACAATCACAAGCTAAGGATCCTGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125486 CAAAAGTATTTGTGTGTGGAGTACAATCACAAGCTAAGGATCCTGACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAGACCCTTTTCACAAAAATAGGATGTAAAA         ATATTGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125536 AAGACCCTTTTCACAAAAATAGGATGTAAAAGTA...CAGATATTGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACTTCATGAGAAATTTATTAACATTGAATCAAAGGATCACAGGTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139919 ACTTCATGAGAAATTTATTAACATTGAATCAAAGGATCACAGGTTACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAGTTAAAGTGATTTTGCTGCTACCTCGTTGTTCAGGACTGGGTGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139969 AAGTTAAAGTGATTTTGCTGCTACCTCGTTGTTCAGGACTGGGTGTTAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AATCCAGTAGAATTTATTTTAAATGAACATGAAG         ATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140019 AATCCAGTAGAATTTATTTTAAATGAACATGAAGGTA...CAGATACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATTCCTTAAAGATCACTCTCAAGGAGGCATCTCAGTGGACAAACTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143689 ATTCCTTAAAGATCACTCTCAAGGAGGCATCTCAGTGGACAAACTTCACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTCTTGCTCAACAGCAGTATGAACAGCTAACACATGCAATGAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 143739 TTCTTGCTCAACAGCAGTATGAACAGCTAACACATGCAATGAAATGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283     TTACTAAAGCTCAAGCAGTTGTTTACTGCACATGTTCAGTTTTTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143789 .TAGTTACTAAAGCTCAAGCAGTTGTTTACTGCACATGTTCAGTTTTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGAAGAAAATGAAGCTGTTGTTAAGAAAGCACTGGAATTTCAAGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148140 AGAAGAAAATGAAGCTGTTGTTAAGAAAGCACTGGAATTTCAAGACCTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAATAAAGGACAACCTTACAG         CGGGACCCTTCTGAGACAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 148190 GGAATAAAGGACAACCTTACAGGTA...CAGCGGGACCCTTCTGAGACAG

   1500     .
   1420 TGTCTG
        ||||||
 157633 TGTCTG