seq1 = pF1KE5618.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KE5618/gi568815594r_138958986.tfa (gi568815594r:138958986_139184190), 225205 bp

>pF1KE5618 1599
>gi568815594r:138958986_139184190 (Chr4)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-172  (110624-110737)   100% ->
173-346  (112152-112325)   100% ->
347-433  (116421-116507)   100% ->
434-626  (122134-122326)   100% ->
627-977  (123517-123867)   100% ->
978-1599  (124584-125205)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGTCTCTGCATGAGGGACCCACGAACCAGCTGGATCTGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGTCTCTGCATGAGGGACCCACGAACCAGCTGGATCTGCTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGCCG         TGGAAGCATCAGTTCACAGCAGTAATGCACACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGCCGGTA...CAGTGGAAGCATCAGTTCACAGCAGTAATGCACACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTACAGATAAGACAATTGAAGCTGCTGAAGCCCTGCTTCATATGGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110657 GTACAGATAAGACAATTGAAGCTGCTGAAGCCCTGCTTCATATGGAATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTACCTGCTTGAGGGATTCAAGAAGTCCTG         TGGAAGTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110707 CCTACCTGCTTGAGGGATTCAAGAAGTCCTGGTA...TAGTGGAAGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTCCTCCTTGTGTATCAACTCCAGAATTCATCCATGCTGCTATGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112162 TGTTCCTCCTTGTGTATCAACTCCAGAATTCATCCATGCTGCTATGAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATGTCATTACAGAAACTGTAGTGGAGGTGTCAACTGAAGAGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112212 CAGATGTCATTACAGAAACTGTAGTGGAGGTGTCAACTGAAGAGTCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCATGGATACCTCTCCTATTCCAACATCACCAGATAGCCATGAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112262 CCCATGGATACCTCTCCTATTCCAACATCACCAGATAGCCATGAACCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAAAGAAAAAAG         TTGGCCGTAAACCAAAGACCCAGCAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112312 GAAAAAGAAAAAAGGTA...CAGTTGGCCGTAAACCAAAGACCCAGCAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CACCAATTTCCAATGGGTCTCCTGAGTTAGGTATAAAGAAGAAACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116448 CACCAATTTCCAATGGGTCTCCTGAGTTAGGTATAAAGAAGAAACCAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGGAAAAG         GAAACACAACCTATTTGTGGGAGTTTCTTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116498 GAAGGAAAAGGTA...AAGGAAACACAACCTATTTGTGGGAGTTTCTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATCTACTTCAAGATAAAAATACTTGTCCCAGGTATATTAAATGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122165 AGATCTACTTCAAGATAAAAATACTTGTCCCAGGTATATTAAATGGACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAGAGAAAAAGGCATATTCAAGCTGGTGGATTCAAAGGCTGTCTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122215 AGAGAGAAAAAGGCATATTCAAGCTGGTGGATTCAAAGGCTGTCTCTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTTGGGGAAAGCATAAGAACAAACCAGACATGAACTATGAAACCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122265 CTTTGGGGAAAGCATAAGAACAAACCAGACATGAACTATGAAACCATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACGAGCTTTGAG         ATACTACTACCAAAGGGGAATTCTTGCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122315 ACGAGCTTTGAGGTA...CAGATACTACTACCAAAGGGGAATTCTTGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTTGAAGGACAGAGGCTTGTATATCAGTTCAAGGATATGCCGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123546 AGGTTGAAGGACAGAGGCTTGTATATCAGTTCAAGGATATGCCGAAAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATAGTGGTCATAGATGATGACAAAAGTGAAACCTGTAATGAAGATTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123596 ATAGTGGTCATAGATGATGACAAAAGTGAAACCTGTAATGAAGATTTAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGAACTACTGATGAAAAATCATTAGAACGAGTGTCACTGTCTGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123646 AGGAACTACTGATGAAAAATCATTAGAACGAGTGTCACTGTCTGCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTCTCCTGAAAGCAGCATCCTCTGTTCGCAGTGGAAAAAATTCATCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123696 GTCTCCTGAAAGCAGCATCCTCTGTTCGCAGTGGAAAAAATTCATCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATAAACTGCTCCAGAGCAGAGAAGGGTGTAGCTAGAGTTGTGAATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123746 ATAAACTGCTCCAGAGCAGAGAAGGGTGTAGCTAGAGTTGTGAATATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCCCCTGGGCACGATGCTTCATCCAGGTCTCCTACTACCACTGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123796 TTCCCCTGGGCACGATGCTTCATCCAGGTCTCCTACTACCACTGCATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGTCAGCAACAGCAGCTCCAAG         GACAGTTCGTGTGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123846 TGTCAGCAACAGCAGCTCCAAGGTA...TAGGACAGTTCGTGTGGCAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGGTACCTGTTGTAATGACATCATTGGGTCAGAAAATTTCAACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124603 CAGGTACCTGTTGTAATGACATCATTGGGTCAGAAAATTTCAACTGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGTTCAGTCAGTTAATGCAGGTGCACCATTAATAACCAGCACTAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124653 AGTTCAGTCAGTTAATGCAGGTGCACCATTAATAACCAGCACTAGTCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAACAGCGACCTCTCCAAAGGTAGTCATTCAGACAATCCCTACTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124703 CAACAGCGACCTCTCCAAAGGTAGTCATTCAGACAATCCCTACTGTGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCAGCTTCTACTGAAAATGGAGACAAAATCACCATGCAGCCTGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124753 CCAGCTTCTACTGAAAATGGAGACAAAATCACCATGCAGCCTGCCAAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TATTACCATCCCAGCTACACAGCTTGCACAGTGTCAACTGCAGACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124803 TATTACCATCCCAGCTACACAGCTTGCACAGTGTCAACTGCAGACAAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAAATCTGACTGGATCAGGAAGCATTAACATTGTTGGAACCCCATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124853 CAAATCTGACTGGATCAGGAAGCATTAACATTGTTGGAACCCCATTGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTGAGAGCACTTACCCCTGTTTCAATAGCCCATGGTACACCTGTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124903 GTGAGAGCACTTACCCCTGTTTCAATAGCCCATGGTACACCTGTAATGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ACTATCAATGCCTACTCAGCAGGCATCTGGCCAGACTCCTCCTCGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124953 ACTATCAATGCCTACTCAGCAGGCATCTGGCCAGACTCCTCCTCGAGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TCAGTGCAGTCATAAAGGGGCCAGAGGTTAAATCGGAAGCAGTGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125003 TCAGTGCAGTCATAAAGGGGCCAGAGGTTAAATCGGAAGCAGTGGCAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AAGCAAGAACATGATGTGAAAACTTTGCAGCTAGTAGAAGAAAAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125053 AAGCAAGAACATGATGTGAAAACTTTGCAGCTAGTAGAAGAAAAACCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGATGGAAATAAGACAGTGACCCACGTAGTGGTTGTCAGTGCGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125103 AGATGGAAATAAGACAGTGACCCACGTAGTGGTTGTCAGTGCGCCTTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTATTGCCCTTCCTGTAACTATGAAAACAGAAGGACTAGTGACATGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125153 CTATTGCCCTTCCTGTAACTATGAAAACAGAAGGACTAGTGACATGTGAG

   1650 
   1597 AAA
        |||
 125203 AAA