seq1 = pF1KE5617.tfa, 1638 bp
seq2 = pF1KE5617/gi568815596r_27281602.tfa (gi568815596r:27281602_27509422), 227821 bp

>pF1KE5617 1638
>gi568815596r:27281602_27509422 (Chr2)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-190  (122265-122334)   100% ->
191-276  (123144-123229)   100% ->
277-409  (123544-123676)   100% ->
410-825  (124335-124750)   100% ->
826-966  (125331-125471)   100% ->
967-1201  (125823-126057)   100% ->
1202-1331  (126818-126947)   100% ->
1332-1434  (127195-127297)   100% ->
1435-1638  (127618-127821)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCCTACCTCTCCCAGCCCAACACGGTGAAGTGCTCCGGGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCCTACCTCTCCCAGCCCAACACGGTGAAGTGCTCCGGGGACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCGGCGCCCCGCGCCTGCCGCTGCCCTACGGCTTCTCCGCCATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCGGCGCCCCGCGCCTGCCGCTGCCCTACGGCTTCTCCGCCATGCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGGCGCGTCTCCATGGAG         GATGCTCACAACTGTATTCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 GCTGGCGCGTCTCCATGGAGGTG...TAGGATGCTCACAACTGTATTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGGACAGTGAGACAGCCATGTTTTCTGTCTACGATGGACATGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122286 GAGCTGGACAGTGAGACAGCCATGTTTTCTGTCTACGATGGACATGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         GGGAGGAAGTTGCCTTGTACTGTGCCAAATATCTTCCTGATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122336 TA...TAGGGGAGGAAGTTGCCTTGTACTGTGCCAAATATCTTCCTGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATCAAAGATCAGAAGGCCTACAAGGAAGGCAAGCTACAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123186 TCATCAAAGATCAGAAGGCCTACAAGGAAGGCAAGCTACAGAAGGTC...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    GCTTTAGAAGATGCCTTCTTGGCTATTGACGCCAAATTGACCACTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123541 CAGGCTTTAGAAGATGCCTTCTTGGCTATTGACGCCAAATTGACCACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAAGTCATTAAAGAGCTGGCACAGATTGCAGGGCGACCCACTGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123591 AGAAGTCATTAAAGAGCTGGCACAGATTGCAGGGCGACCCACTGAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGATGAAAAAGAAAAAGTAGCTGATGAAGATGATG         TGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123641 AAGATGAAAAAGAAAAAGTAGCTGATGAAGATGATGGTG...CAGTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGAGGAGGCTGCACTGCTGCATGAAGAGGCTACCATGACTATTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124340 AATGAGGAGGCTGCACTGCTGCATGAAGAGGCTACCATGACTATTGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGCTGACACGCTACGGGCAGAACTGTCACAAGGGCCCTCCCCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124390 GCTGCTGACACGCTACGGGCAGAACTGTCACAAGGGCCCTCCCCACAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATCTGGAGGTGGGACAGGCGAGGAACCAGGGTCCCAGGGCCTCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124440 AATCTGGAGGTGGGACAGGCGAGGAACCAGGGTCCCAGGGCCTCAATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGCAGGACCTGAGGACTCAACTAGGGAAACTCCTTCACAAGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124490 GAGGCAGGACCTGAGGACTCAACTAGGGAAACTCCTTCACAAGAAAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCCACAGCCAAGGCCTACACAGGCTTTTCCTCCAACTCGGAACGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124540 CCCCACAGCCAAGGCCTACACAGGCTTTTCCTCCAACTCGGAACGTGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGAGGCAGGCCAAGTTGGTGAGCCTGGCATTCCCACTGGTGAGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124590 CTGAGGCAGGCCAAGTTGGTGAGCCTGGCATTCCCACTGGTGAGGCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTTCCTGCTCTTCAGCCTCTGACAAGCTGCCTCGAGTTGCTAAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124640 CCTTCCTGCTCTTCAGCCTCTGACAAGCTGCCTCGAGTTGCTAAGTCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTCTTTGAGGACAGTGAGGATGAGTCAGATGAGGCGGAGGAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124690 GTTCTTTGAGGACAGTGAGGATGAGTCAGATGAGGCGGAGGAAGAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGACAGTGAG         GAATGCAGCGAGGAAGAGGATGGCTACAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124740 AAGACAGTGAGGTA...CAGGAATGCAGCGAGGAAGAGGATGGCTACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGTGAGGAGGCAGAGAATGAGGAAGATGAGGATGACACCGAGGAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125361 AGTGAGGAGGCAGAGAATGAGGAAGATGAGGATGACACCGAGGAGGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAGGACGATGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGATGGTGCCAGGGATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125411 AGAGGACGATGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGATGGTGCCAGGGATGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCAAAGAGGAG         CCTGGCTCTGACAGTGGTACAACAGCGGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125461 GCAAAGAGGAGGTG...AAGCCTGGCTCTGACAGTGGTACAACAGCGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGGCCCTGATACGAGGGAAGCAGTTGATTGTAGCCAACGCAGGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125853 GTGGCCCTGATACGAGGGAAGCAGTTGATTGTAGCCAACGCAGGAGACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCGCTGTGTGGTATCTGAGGCTGGCAAAGCTTTAGACATGTCCTATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125903 TCGCTGTGTGGTATCTGAGGCTGGCAAAGCTTTAGACATGTCCTATGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAAACCAGAGGATGAAGTAGAACTAGCACGCATCAAGAATGCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125953 ACAAACCAGAGGATGAAGTAGAACTAGCACGCATCAAGAATGCTGGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGGTCACCATGGATGGGCGAGTCAACGGGGGCCTCAACCTCTCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126003 AAGGTCACCATGGATGGGCGAGTCAACGGGGGCCTCAACCTCTCCAGAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CATTG         GGGACCACTTCTATAAGAGAAACAAGAACCTGCCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126053 CATTGGTA...CAGGGGACCACTTCTATAAGAGAAACAAGAACCTGCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTGAGGAACAGATGATTTCAGCCCTTCCTGACATCAAGGTGCTGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126854 CTGAGGAACAGATGATTTCAGCCCTTCCTGACATCAAGGTGCTGACTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ACTGACGACCATGAATTCATGGTCATTGCCTGTGATGGCATCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126904 ACTGACGACCATGAATTCATGGTCATTGCCTGTGATGGCATCTGGTG...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332    GAATGTGATGAGCAGCCAGGAAGTTGTAGATTTCATTCAATCAAAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127192 CAGGAATGTGATGAGCAGCCAGGAAGTTGTAGATTTCATTCAATCAAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCAGCCAGCGTGATGAAAATGGGGAGCTTCGGTTATTGTCATCCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127242 TCAGCCAGCGTGATGAAAATGGGGAGCTTCGGTTATTGTCATCCATTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAAGAG         CTGCTGGATCAGTGCCTGGCACCAGACACTTCTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127292 GAAGAGGTG...TAGCTGCTGGATCAGTGCCTGGCACCAGACACTTCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGATGGTACAGGGTGTGACAACATGACCTGCATCATCATTTGCTTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127653 GGATGGTACAGGGTGTGACAACATGACCTGCATCATCATTTGCTTCAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCGAAACACAGCAGAGCTCCAGCCAGAGAGTGGCAAGCGAAAACTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127703 CCCGAAACACAGCAGAGCTCCAGCCAGAGAGTGGCAAGCGAAAACTAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAGGTGCTCTCTACTGAGGGGGCTGAAGAAAATGGCAACAGCGACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127753 GAGGTGCTCTCTACTGAGGGGGCTGAAGAAAATGGCAACAGCGACAAGAA

   1700     .    :    .
   1620 GAAGAAGGCCAAGCGAGAC
        |||||||||||||||||||
 127803 GAAGAAGGCCAAGCGAGAC