seq1 = pF1KE5614.tfa, 1593 bp
seq2 = pF1KE5614/gi568815575r_102977614.tfa (gi568815575r:102977614_103184884), 207271 bp

>pF1KE5614 1593
>gi568815575r:102977614_103184884 (ChrX)

(complement)

1-28  (91862-91889)   100% ->
29-197  (100002-100170)   100% ->
198-351  (100390-100543)   100% ->
352-435  (101193-101276)   100% ->
436-540  (101383-101487)   100% ->
541-621  (101612-101692)   100% ->
622-691  (101812-101881)   100% ->
692-780  (102037-102125)   100% ->
781-890  (102521-102630)   100% ->
891-927  (104273-104309)   100% ->
928-996  (104669-104737)   100% ->
997-1052  (104817-104872)   100% ->
1053-1160  (105015-105122)   100% ->
1161-1219  (105243-105301)   100% ->
1220-1335  (105411-105526)   100% ->
1336-1378  (105622-105664)   100% ->
1379-1451  (106253-106325)   100% ->
1452-1584  (107139-107271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACTGCCTTCAGGACACACTACGG         GTCACACTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  91862 ATGTCACTGCCTTCAGGACACACTACGGGTG...AAGGTCACACTGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGTTGTTCAAAGAAGAGCAAGATGTTGGGATATTTACCAAAGGAGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 AGTTGTTCAAAGAAGAGCAAGATGTTGGGATATTTACCAAAGGAGATTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGTAGGTCTGAACCTGTCAATCCTGGCATGCATTCTTCATCCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 GCAGTAGGTCTGAACCTGTCAATCCTGGCATGCATTCTTCATCCCATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCAAGATGGAGATGCAGCAATGCATGGTGCCCACATGGACTCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 CAGCAAGATGGAGATGCAGCAATGCATGGTGCCCACATGGACTCTCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGATA         CACTCCCTATACTATTTCACCCTATAATCGGAAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 AAGATAGTA...CAGCACTCCCTATACTATTTCACCCTATAATCGGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGTTTTCGTAAACAAGACCAAACCCACGTTAACATGGAGAGAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100425 GCAGTTTTCGTAAACAAGACCAAACCCACGTTAACATGGAGAGAGAGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACCTCCAGAGAGAAGAATGGAGGGGAACATGCCGGATGGGACCTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100475 AAACCTCCAGAGAGAAGAATGGAGGGGAACATGCCGGATGGGACCTTAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGCTGGTTCAAGATCACA         GTTCCCTTTGGCATAAAATACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100525 GAGCTGGTTCAAGATCACAGTG...TAGGTTCCCTTTGGCATAAAATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAGAAGTGGCTGCTGAATTTGATTCAGAATGAATGCAGTGTACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 ATGAGAAGTGGCTGCTGAATTTGATTCAGAATGAATGCAGTGTACCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCCAGTTGAG         TTTCACTATGAAAACATGCATGCCAGCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101265 GTCCCAGTTGAGGTA...TAGTTTCACTATGAAAACATGCATGCCAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTGTGGAGAATGCCAGCATCGCCTATGCACTGAAGAATGTCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 CTTTGTGGAGAATGCCAGCATCGCCTATGCACTGAAGAATGTCAGTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATTTGGGATGAGGATAATGAAAAG         ATATCAATCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101462 AGATTTGGGATGAGGATAATGAAAAGGTG...CAGATATCAATCTTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACCCTGCTGGCATACCCCACTTTGTGCACAGGGAGCTGAAGTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 AACCCTGCTGGCATACCCCACTTTGTGCACAGGGAGCTGAAGTCAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGGAGCAGATAAAG         CTGGCCATGAACCAACAGTGTGATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101677 GGTGGAGCAGATAAAGGTA...CAGCTGGCCATGAACCAACAGTGTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCTCCCAGGAAGCTCTTGATATCCAGAGACTCCCATTTTACCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101837 TCTCCCAGGAAGCTCTTGATATCCAGAGACTCCCATTTTACCCAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     ACATGGTGAACCGTGATACTAAGATGGCATCGAATCCTAGAAAGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 .GAGACATGGTGAACCGTGATACTAAGATGGCATCGAATCCTAGAAAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATGGCTGCCTCCCTGGACGTCCATGAAGAGAACATACCTACA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102083 CATGGCTGCCTCCCTGGACGTCCATGAAGAGAACATACCTACAGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781   GTGATGTCTGCAGGGGAGATGGACAAGTGGAAAGGGATAGAGCCAGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 AGGTGATGTCTGCAGGGGAGATGGACAAGTGGAAAGGGATAGAGCCAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGAAGTGTGCGGACAGAAGCCCAGTGTGCACGACCTTCTCGGATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102569 GAGAAGTGTGCGGACAGAAGCCCAGTGTGCACGACCTTCTCGGATACCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGCAACATAAA         CTCCATCCTGGAATTGTTCCCCAAATTAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102619 CAGCAACATAAAGTC...CAGCTCCATCCTGGAATTGTTCCCCAAATTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TATGCCTG         GATGGCCAGCAGTCACCCAGAGCAACTTTATGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104302 TATGCCTGGTA...CAGGATGGCCAGCAGTCACCCAGAGCAACTTTATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GGTACTGAAGCCCACAAGAGGTTACCAACCTGTAAG         GGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104702 GGTACTGAAGCCCACAAGAGGTTACCAACCTGTAAGGTG...CAGGGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTTCTTTGGATCTGAGATGTTGAAGAATCTGGTCCTGCAATTCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104822 CTTCTTTGGATCTGAGATGTTGAAGAATCTGGTCCTGCAATTCCTGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 A         GTATTACTTGATCTATGACTCTGGAGATCGACAGGGTCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104872 AGTA...CAGGTATTACTTGATCTATGACTCTGGAGATCGACAGGGTCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CTTAGTGCTTACCACGATGAGGCCTGCTTCTCCCTGAGCATTCCCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105055 CTTAGTGCTTACCACGATGAGGCCTGCTTCTCCCTGAGCATTCCCTTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TCCTGAGGACTCAGCCCC         GAGCAGCTTCTGCAAGTTCTTCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105105 TCCTGAGGACTCAGCCCCGTG...TAGGAGCAGCTTCTGCAAGTTCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AGGATAGCAGGAATATAAAAATTCTCAAGGACCCCT         ACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105266 AGGATAGCAGGAATATAAAAATTCTCAAGGACCCCTGTA...CAGACCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CGGGGGGAGCTGCTGAAGCACACAAAACTTGATATTGTGGACTCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105416 CGGGGGGAGCTGCTGAAGCACACAAAACTTGATATTGTGGACTCCCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGCGTTGCCTAAAACTCAGCATGACCTCAGCTCCTTCCTGGTGGACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105466 TGCGTTGCCTAAAACTCAGCATGACCTCAGCTCCTTCCTGGTGGACATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GGTACCAGACG         GAATGGATGCTCTGCTTTTCTGTCAACGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105516 GGTACCAGACGGTG...CAGGAATGGATGCTCTGCTTTTCTGTCAACGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GTGTTCAAGGAAG         TGGAAGGACAGTCTCAGGGTTCTGTTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105652 GTGTTCAAGGAAGGTG...AAGTGGAAGGACAGTCTCAGGGTTCTGTTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 CGCCTTCACCCGGACCTTCATTGCTACCCCTGGCAGCAGTTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106281 CGCCTTCACCCGGACCTTCATTGCTACCCCTGGCAGCAGTTCCAGGTT..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452     TCTGTGCATCGTGAATGACAAGCTCTTTGTGCGGGATACCAGCCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106331 .CAGTCTGTGCATCGTGAATGACAAGCTCTTTGTGCGGGATACCAGCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 CAAGGGACCCAGAGTGCCTTGTTCACCCTAGTGCCCACAGCCTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107185 CAAGGGACCCAGAGTGCCTTGTTCACCCTAGTGCCCACAGCCTTCTCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1548 CTCCGTGCCTGCCTTCTCCCAGGAGCAGCAGAAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107235 CTCCGTGCCTGCCTTCTCCCAGGAGCAGCAGAAAATG