seq1 = pF1KE5613.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KE5613/gi568815579f_3124740.tfa (gi568815579f:3124740_3393443), 268704 bp

>pF1KE5613 1455
>gi568815579f:3124740_3393443 (Chr19)

1-259  (100001-100259)   99% ->
260-342  (126246-126328)   100% ->
343-394  (149133-149184)   100% ->
395-523  (151117-151245)   100% ->
524-603  (153292-153371)   100% ->
604-750  (156460-156606)   100% ->
751-892  (157387-157528)   100% ->
893-1039  (157613-157759)   100% ->
1040-1102  (160163-160225)   100% ->
1103-1186  (161203-161286)   100% ->
1187-1330  (165492-165635)   100% ->
1331-1455  (168580-168704)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGCCTGACGGAGAGCGAGGCGCGCCGGCAGCAGCAGCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGCCTGACGGAGAGCGAGGCGCGCCGGCAGCAGCAGCAGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGCGGCCCTCGCCCGTGGGCAGCAGCGGGCCCGAGCCCCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGCGGCCCTCGCCCGTGGGCAGCAGCGGGCCCGAGCCCCCCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCAGCCCGACGGCATGAAGGACCTGGACGCCATCAAACTCTTCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCAGCCCGACGGCATGAAGGACCTGGACGCCATCAAACTCTTCGTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGATCCCCCGGCACCTGGACGAGAAGGACCTCAAGCCGCTCTTCGAGCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGATCCCGCGGCACCTGGACGAGAAGGACCTCAAGCCGCTCTTCGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCGGCCGCATCTACGAGCTCACGGTGCTCAAAGACCCCTACACGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCGGCCGCATCTACGAGCTCACGGTGCTCAAAGACCCCTACACGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCACAAAG         GCTGTGCCTTCCTCACCTACTGTGCCAGGGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCACAAAGGTG...CAGGCTGTGCCTTCCTCACCTACTGTGCCAGGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCGCCATCAAAGCTCAGACTGCCCTGCACGAGCAGAAGACCTTGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126278 TCCGCCATCAAAGCTCAGACTGCCCTGCACGAGCAGAAGACCTTGCCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 A         ATGGCGCGGCCAATCCAGGTGAAGCCTGCGGACAGTGAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126328 AGTG...CAGATGGCGCGGCCAATCCAGGTGAAGCCTGCGGACAGTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCGCGGAGGTA         GGGACCGGAAGCTGTTCGTGGGGATGCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 149173 GCCGCGGAGGTAGTT...CAGGGGACCGGAAGCTGTTCGTGGGGATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACAAGCAGCAGTCGGAGGAGGACGTGCTGCGGCTGTTCCAGCCCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151146 AACAAGCAGCAGTCGGAGGAGGACGTGCTGCGGCTGTTCCAGCCCTTCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCATTGACGAGTGCACCGTGCTCCGGGGGCCTGACGGCAGCAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151196 GGTCATTGACGAGTGCACCGTGCTCCGGGGGCCTGACGGCAGCAGCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          GCTGTGCTTTCGTGAAGTTCTCCTCCCACACGGAGGCGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151246 GTG...CAGGCTGTGCTTTCGTGAAGTTCTCCTCCCACACGGAGGCGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCGGCCATCCACGCCTTGCATGGGAGCCAGACCATGCCG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 153333 GCGGCCATCCACGCCTTGCATGGGAGCCAGACCATGCCGGTG...CAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCTCCTCCAGCCTGGTGGTCAAGTTCGCCGACACGGACAAGGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156462 AGCCTCCTCCAGCCTGGTGGTCAAGTTCGCCGACACGGACAAGGAGCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCTCCGGCGCATGCAGCAGATGGTGGGCCAGCTGGGCATCCTGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156512 CGCTCCGGCGCATGCAGCAGATGGTGGGCCAGCTGGGCATCCTGACGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCCTCACATTGCCCTTCAGCCCCTACAGTGCCTACGCCCAGGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 156562 TCCCTCACATTGCCCTTCAGCCCCTACAGTGCCTACGCCCAGGCTGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     CTCATGCAACAGCAGACAACAGTCCTGTCCACCTCGGGCAGCTACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156612 .CAGCTCATGCAACAGCAGACAACAGTCCTGTCCACCTCGGGCAGCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAGTCCCGGCGTGGCCTTCTCACCCTGTCACATCCAGCAGATAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157433 TGAGTCCCGGCGTGGCCTTCTCACCCTGTCACATCCAGCAGATAGGCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCAGCCTCAACGGGCTGCCTGCCACACCCATCGCTCCTGCCTCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 157483 GTCAGCCTCAACGGGCTGCCTGCCACACCCATCGCTCCTGCCTCTGGTG.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893      GGCTGCACTCACCCCCGCTGCTGGGCACCACCGCTGTGCCTGGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157533 ..CAGGGCTGCACTCACCCCCGCTGCTGGGCACCACCGCTGTGCCTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCGTGGCTCCCATCACCAATGGCTTTGCAGGTGTCGTGCCCTTTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157658 TCGTGGCTCCCATCACCAATGGCTTTGCAGGTGTCGTGCCCTTTCCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGCACCCTGCCCTGGAAACCGTCTATGCCAATGGCCTTGTGCCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157708 GGGCACCCTGCCCTGGAAACCGTCTATGCCAATGGCCTTGTGCCCTACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AG         CTCAGAGCCCGACTGTGGCCGAGACACTGCATCCTGCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157758 AGGTA...CAGCTCAGAGCCCGACTGTGGCCGAGACACTGCATCCTGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTCCGGAGTCCAGCAGTACACAG         CCATGTACCCCACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 160202 TCTCCGGAGTCCAGCAGTACACAGGTA...CAGCCATGTACCCCACCGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCATCACGCCCATCGCGCACAGCGTCCCCCAGCCGCCGCCCCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161220 GCCATCACGCCCATCGCGCACAGCGTCCCCCAGCCGCCGCCCCTCCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCAGCAGCAGCGAGAAG         GTCCCGAGGGCTGTAACCTGTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 161270 GCAGCAGCAGCGAGAAGGTG...CAGGTCCCGAGGGCTGTAACCTGTTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTACCACCTCCCCCAGGAGTTTGGAGACACGGAGCTGACGCAGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165516 TCTACCACCTCCCCCAGGAGTTTGGAGACACGGAGCTGACGCAGATGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTACCCTTCGGCAATATCATTTCCTCCAAGGTGTTTATGGATCGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165566 CTACCCTTCGGCAATATCATTTCCTCCAAGGTGTTTATGGATCGAGCTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAACCAGAGCAAGTGTTTCG         GCTTCGTGAGCTTTGATAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 165616 CAACCAGAGCAAGTGTTTCGGTG...CAGGCTTCGTGAGCTTTGATAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CGGCCAGCGCCCAGGCAGCCATCCAGGCCATGAACGGCTTCCAGATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168601 CGGCCAGCGCCCAGGCAGCCATCCAGGCCATGAACGGCTTCCAGATCGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATGAAGAGGCTCAAAGTCCAGCTGAAGCGGCCCAAAGACCCGGGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168651 ATGAAGAGGCTCAAAGTCCAGCTGAAGCGGCCCAAAGACCCGGGACACCC

   1550 
   1452 CTAC
        ||||
 168701 CTAC