seq1 = pF1KE5609.tfa, 1599 bp
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>pF1KE5609 1599
>gi568815577f:10441110_10705549 (Chr21)

10-65  (100001-100056)   100% ->
66-119  (101286-101339)   100% ->
120-179  (111548-111607)   100% ->
180-230  (118385-118435)   100% ->
231-392  (119921-120082)   100% ->
393-512  (126561-126680)   100% ->
513-612  (128328-128427)   100% ->
613-676  (128574-128637)   100% ->
677-741  (129376-129440)   100% ->
742-802  (136351-136411)   100% ->
803-884  (137228-137309)   100% ->
885-973  (137408-137496)   100% ->
974-1035  (149353-149414)   100% ->
1036-1116  (151184-151264)   98% ->
1117-1222  (154873-154978)   100% ->
1223-1302  (156906-156985)   100% ->
1303-1395  (160949-161041)   98% ->
1396-1466  (162453-162523)   100% ->
1467-1599  (164308-164440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 AGTCCTGATCCGACTGACCTGGCGGGAGTCATCATTGAGCTCGGCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTCCTGATCCGACTGACCTGGCGGGAGTCATCATTGAGCTCGGCCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 TGACAG         TCCACAGACAAGTGAATTTAAAGGAGCAACCGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACAGGTG...TAGTCCACAGACAAGTGAATTTAAAGGAGCAACCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCACCTGCGAAAGAAAG         TGTGTTAGCACGACTTTCCAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101321 AGGCACCTGCGAAAGAAAGGTG...AAGTGTGTTAGCACGACTTTCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGAAGTTGAAGATGCTGAAAATGTTGCTTCATATGA         CAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111570 TTTGAAGTTGAAGATGCTGAAAATGTTGCTTCATATGAGTA...CAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGATTAAGAAAATTGTGCATTCAATTGTATCATCCTTTGCATTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118388 CAAGATTAAGAAAATTGTGCATTCAATTGTATCATCCTTTGCATTTGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231        ACTATTTGGAGTTTTCCTGGTCTTACTGGATGTCACTCTCATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118438 A...TAGACTATTTGGAGTTTTCCTGGTCTTACTGGATGTCACTCTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTGCCGACCTAATTTTCACTGACAGCAAACTTTATATTCCTTTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119964 CTTGCCGACCTAATTTTCACTGACAGCAAACTTTATATTCCTTTGGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGTTCTATTTCTCTAGCTATTGCCTTATTTTTTCTCATGGATGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120014 TCGTTCTATTTCTCTAGCTATTGCCTTATTTTTTCTCATGGATGTTCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCGAGTATTTGTAGAAAG         GAGACAGCAGTATTTTTCTGAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 120064 TTCGAGTATTTGTAGAAAGGTA...CAGGAGACAGCAGTATTTTTCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTATTTAACATTTTAGATACTGCCATTATTGTGATTCTTCTGCTGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126583 TTATTTAACATTTTAGATACTGCCATTATTGTGATTCTTCTGCTGGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCGTTTACATTTTTTTTGACATTAAGTTGCTTAGGAATATTCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126633 TGTCGTTTACATTTTTTTTGACATTAAGTTGCTTAGGAATATTCCCAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513        ATGGACACATTTACTTCGACTTCTACGACTTATTATTCTGTTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126683 A...TAGATGGACACATTTACTTCGACTTCTACGACTTATTATTCTGTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAATTTTTCATCTGTTTCATCAAAAAAGACAACTTGAAAAGCTGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128371 AGAATTTTTCATCTGTTTCATCAAAAAAGACAACTTGAAAAGCTGATAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAGGCGG         GTTTCAGAAAACAAAAGGCGATACACAAGGGATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128421 AAGGCGGGTA...CAGGTTTCAGAAAACAAAAGGCGATACACAAGGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GATTTGACCTAGACCTCACTTACGTTACAG         AACGTATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 128608 GATTTGACCTAGACCTCACTTACGTTACAGGTT...TAGAACGTATTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCTATGTCATTTCCATCTTCTGGAAGGCAGTCTTTCTATAGAAATCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129387 GCTATGTCATTTCCATCTTCTGGAAGGCAGTCTTTCTATAGAAATCCAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAG         GAAGTTGTGCGGTTTCTAGATAAGAAACACCGAAACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129437 CAAGGTA...TAGGAAGTTGTGCGGTTTCTAGATAAGAAACACCGAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTATCGAGTCTACAATCTATGCA         GTGAAAGAGCTTACGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 136388 ACTATCGAGTCTACAATCTATGCAGTA...TAGGTGAAAGAGCTTACGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCTAAGCACTTCCATAATAGGGTCGTTAGAATCATGATTGATGATCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137245 CCTAAGCACTTCCATAATAGGGTCGTTAGAATCATGATTGATGATCATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGTCCCCACTCTACA         TCAGATGGTGGTTTTCACCAAGGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 137295 TGTCCCCACTCTACAGTA...CAGTCAGATGGTGGTTTTCACCAAGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TAAATGAGTGGATGGCTCAAGATCTTGAAAACATCGTAGCGATTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137434 TAAATGAGTGGATGGCTCAAGATCTTGAAAACATCGTAGCGATTCACTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AAAGGAGGCACAG         ATAGAACAGGAACTATGGTTTGTGCCTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 137484 AAAGGAGGCACAGGTA...TAGATAGAACAGGAACTATGGTTTGTGCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CCTTATTGCCTCTGAAATATGTTCAACTGCAAAG         GAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 149381 CCTTATTGCCTCTGAAATATGTTCAACTGCAAAGGTA...TAGGAAAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TGTATTATTTTGGAGAAAGGCGAACAGATAAAACCCACAGCGAAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151191 TGTATTATTTTGGAGAAAGGCGAACAGATAAAACCCACAGCGAAAAATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAGGGAGTAGAAACTCCTTCTCAG         AAGAGATATGTTGCATA
        ||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 151241 CAGGGAGTAAAAACTCCTTCTCAGGTA...CAGAAGAGATATGTTGCATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TTTTGCACAAGTGAAACATCTCTACAACTGGAATCTCCCTCCAAGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154890 TTTTGCACAAGTGAAACATCTCTACAACTGGAATCTCCCTCCAAGACGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TACTCTTTATAAAACACTTCATTATTTATTCGATTCCTC         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 154940 TACTCTTTATAAAACACTTCATTATTTATTCGATTCCTCGTA...CAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 TATGTACGTGATCTAAAAATCCAAATAGAAATGGAGAAAAAGGTTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156908 TATGTACGTGATCTAAAAATCCAAATAGAAATGGAGAAAAAGGTTGTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TTCCACTATTTCATTAGGAAAATGTTCG         GTACTTGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 156958 TTCCACTATTTCATTAGGAAAATGTTCGGTA...TAGGTACTTGATAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 TTACAACAGACAAAATATTAATTGATGTATTCGACGGTCCACCTCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 160962 TTACAACAGACAAAATATTAATTGATGTATTCGACGGTCTACCTCTGTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GATGATGTGAAAGTGCAGTTTTTCTATTCG         AATCTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 161012 GATGATGTGAAAGTGCAGTTTTTCTATTCGGTG...TAGAATCTTCCTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 ATACTATGACAATTGCTCATTTTACTTCTGGTTGCACACATCTTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162464 ATACTATGACAATTGCTCATTTTACTTCTGGTTGCACACATCTTTTATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 AAAATAACAG         GCTTTATCTACCAAAAAATGAATTGGATAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 162514 AAAATAACAGGTA...TAGGCTTTATCTACCAAAAAATGAATTGGATAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 CTACATAAACAAAAAGCACGGAGAATTTATCCATCAGATTTTGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164339 CTACATAAACAAAAAGCACGGAGAATTTATCCATCAGATTTTGCCGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GATACTTTTTGGCGAGAAAATGACTTCCAGTGATGTTGTAGCTGGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164389 GATACTTTTTGGCGAGAAAATGACTTCCAGTGATGTTGTAGCTGGATCCG

   1750 
   1598 AT
        ||
 164439 AT