seq1 = pF1KE5607.tfa, 1758 bp
seq2 = pF1KE5607/gi568815593r_160303288.tfa (gi568815593r:160303288_160515294), 212007 bp

>pF1KE5607 1758
>gi568815593r:160303288_160515294 (Chr5)

(complement)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-324  (100823-100976)   100% ->
325-405  (101316-101396)   98% ->
406-570  (101675-101839)   100% ->
571-639  (102776-102844)   100% ->
640-687  (106598-106645)   97% ->
688-819  (106835-106966)   100% ->
820-917  (107227-107324)   100% ->
918-985  (107482-107549)   100% ->
986-1125  (107680-107819)   100% ->
1126-1287  (108666-108827)   100% ->
1288-1392  (110160-110264)   100% ->
1393-1464  (110415-110486)   100% ->
1465-1581  (110739-110855)   100% ->
1582-1758  (111831-112007)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGCCACAGTTGTAGATGCAGTTAATGCTGCACCCCTATCGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGCCACAGTTGTAGATGCAGTTAATGCTGCACCCCTATCGGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGAAATGAGTTTGGAAGAACCAAAGAAGATGACCAGAGAGGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGAAATGAGTTTGGAAGAACCAAAGAAGATGACCAGAGAGGACTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGAAGAAGGAGCTAGAAGAACAGCGAAAATTGGGCAATGCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAAGAAGAAGGAGCTAGAAGAACAGCGAAAATTGGGCAATGCTCCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGTTGATGAAGAAGGAAA         AGACATCAACCCCCATATTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 GAAGTTGATGAAGAAGGAAAGTA...CAGAGACATCAACCCCCATATTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGTATATTTCTTCAGTGCCATGGTATATTGATCCTTCAAAAAGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 TCAGTATATTTCTTCAGTGCCATGGTATATTGATCCTTCAAAAAGACCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTAAAACACCAGAGACCACAACCAGAAAAACAAAAGCAGTTCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 CTTTAAAACACCAGAGACCACAACCAGAAAAACAAAAGCAGTTCAGCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGGAGAATGGTACAAGAGGGGTGTAAAAGAG         AATTCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| |
 100944 TCTGGAGAATGGTACAAGAGGGGTGTAAAAGAGGTA...TAGAATTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTACTAAGTACCGCAAAGGAGCATGTGAAAATTGTGGGGCCATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101324 AATTACTAAGTACCGCAAAGGAGCATGTGAAAATTGTGGGGCCATGACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAAAAGAAAGACTGCTTTGAG         AGACCTAGGCGAGTTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101374 ACAAAAAGAAAGACTGCTTTGAGGTA...TAGAGACCTAGGCGAGTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAAATTTACAGGTACTAATATAGCTCCAGATGAACATGTCCAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101693 GCCAAATTTACAGGTACTAATATAGCTCCAGATGAACATGTCCAGCCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGATGTTTGACTATGATGGGAAGAGGGATCGGTGGAATGGCTACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101743 ACTGATGTTTGACTATGATGGGAAGAGGGATCGGTGGAATGGCTACAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGAAGAACACATGAAAATTGTTGAAGAGTATGCCAAAGTTGATTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101793 CAGAAGAACACATGAAAATTGTTGAAGAGTATGCCAAAGTTGATTTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571       GCAAAACGAACATTGAAAGCCCAGAAACTCCAAGAGGAATTAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 ...AAGGCAAAACGAACATTGAAAGCCCAGAAACTCCAAGAGGAATTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCAGGAAAATTAGTGGAACAGGCT         AATTCTCCAAAACACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102820 CTCAGGAAAATTAGTGGAACAGGCTGTA...CAGAATTCTCCAAAACACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTGGGGAGAAGAGGAACCAAATTCTCAGACG         GAAAAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||
 106614 AGTGGGGAGAAGAGGAACCAAATTCTCAGATGGTA...TAGGAAAAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATAATAGTGAAGATGAGGATGAAGATAAATATGCAGATGATATTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106844 CATAATAGTGAAGATGAGGATGAAGATAAATATGCAGATGATATTGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCCTGGACAGAATTTTGACTCCAAGAGACGAATTACTGTCCGGAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106894 GCCTGGACAGAATTTTGACTCCAAGAGACGAATTACTGTCCGGAATCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGATTCGAGAAGATATTGCAAAA         TATTTGAGGAATTTAGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106944 GGATTCGAGAAGATATTGCAAAAGTA...TAGTATTTGAGGAATTTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAAATTCTGCCTACTATGATCCAAAAACTAGAGCAATGAGAGAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107245 CCAAATTCTGCCTACTATGATCCAAAAACTAGAGCAATGAGAGAGAATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTATGCCAATGCAGGAAAGAATCCAGATGA         AGTGAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107295 TTATGCCAATGCAGGAAAGAATCCAGATGAGTA...CAGAGTGAGTTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGGAGATAACTTTGTTAGGTACACAGGAGATACCATTTCAATGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107493 CTGGAGATAACTTTGTTAGGTACACAGGAGATACCATTTCAATGGCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACACAGT         TGTTTGCATGGGAAGCCTATGACAAGGGATCTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107543 ACACAGTGTA...TAGTGTTTGCATGGGAAGCCTATGACAAGGGATCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTGCATCTACAGGCAGATCCTACAAAGCTAGAGCTGTTGTATAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107714 AGTGCATCTACAGGCAGATCCTACAAAGCTAGAGCTGTTGTATAAGTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCAAAGTCAAAAAAGAAGATTTCAAAGAACAGCAGAAAGAAAGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107764 TCAAAGTCAAAAAAGAAGATTTCAAAGAACAGCAGAAAGAAAGCATCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAAAG         TATGGTGGCCAAGAACATTTGGATGCCCCTCCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107814 GAAAAGGTA...TAGTATGGTGGCCAAGAACATTTGGATGCCCCTCCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAATTGCTTTTAGCCCAGACTGAAGACTATGTGGAGTACTCAAGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108701 TGAATTGCTTTTAGCCCAGACTGAAGACTATGTGGAGTACTCAAGACATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGACAGTCATCAAAGGACAGGAGCGGGCTGTTGCCTGCTCTAAGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108751 GGACAGTCATCAAAGGACAGGAGCGGGCTGTTGCCTGCTCTAAGTATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGATGTGAAGATCCACAATCACACA         CATATCTGGGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108801 GAGGATGTGAAGATCCACAATCACACAGTA...CAGCATATCTGGGGATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTACTGGAAAGAAGGCCGATGGGGATACAAATGCTGTCACTCTTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110174 GTACTGGAAAGAAGGCCGATGGGGATACAAATGCTGTCACTCTTTTTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGTATTCCTATTGTACTGGAGAAGCTGGGAAGGAGATTGTT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110224 AGTATTCCTATTGTACTGGAGAAGCTGGGAAGGAGATTGTTGTA...CAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AACTCTGAGGAGTGTATTATAAATGAGATAACTGGGGAAGAATCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110415 AACTCTGAGGAGTGTATTATAAATGAGATAACTGGGGAAGAATCTGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AAAACCTCAAACCCTCATGGAG         CTGCATCAAGAAAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110465 AAAACCTCAAACCCTCATGGAGGTA...CAGCTGCATCAAGAAAAACTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAGAGGAAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAAGAAGCATCGAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110758 AAGAGGAAAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAAGAAGCATCGAAAGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGTTCAGATAGTGATGATGAAGAAAAGAAGCATGAAAAATTGAAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110808 AGTTCAGATAGTGATGATGAAGAAAAGAAGCATGAAAAATTGAAAAAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1582        GCACTGAACGCAGAGGAGGCCCGCCTTCTTCATGTCAAGGAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110858 A...TAGGCACTGAACGCAGAGGAGGCCCGCCTTCTTCATGTCAAGGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCATGCAGATTGATGAGAGGAAGCGGCCTTACAATAGCATGTATGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111874 CCATGCAGATTGATGAGAGGAAGCGGCCTTACAATAGCATGTATGAAACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGAGAACCTACTGAAGAGGAAATGGAGGCATATAGAATGAAACGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111924 CGAGAACCTACTGAAGAGGAAATGGAGGCATATAGAATGAAACGTCAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :
   1725 GCCAGATGACCCCATGGCCTCTTTCCTTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111974 GCCAGATGACCCCATGGCCTCTTTCCTTGGACAG