seq1 = pF1KE5603.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KE5603/gi568815597r_48198716.tfa (gi568815597r:48198716_48572008), 373293 bp

>pF1KE5603 1416
>gi568815597r:48198716_48572008 (Chr1)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-189  (118878-119015)   98% ->
190-238  (120409-120457)   100% ->
239-280  (158858-158899)   100% ->
281-405  (160421-160545)   100% ->
406-486  (168127-168207)   100% ->
487-780  (172365-172658)   100% ->
781-868  (176655-176742)   100% ->
869-909  (186660-186700)   100% ->
910-1094  (212239-212423)   100% ->
1095-1146  (216240-216291)   100% ->
1147-1238  (266131-266222)   100% ->
1239-1416  (273116-273293)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAAGGTGAAGGCGCTGCAGTGCGCCCTGGCGCTGGAGATCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAAGGTGAAGGCGCTGCAGTGCGCCCTGGCGCTGGAGATCAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 A         GTAACTTGCCCAGGAGTCGTGCCTAAAGACATAGAGGACA
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
 100051 AGTG...CAGGTAACTTGCCCAGGAGTCGTGCTTAAAGACAAAGAGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTATCTTAGCATCTGTGTGTTTGGCCAATACAAAAAGACACAATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118918 TCTATCTTAGCATCTGTGTGTTTGGCCAATACAAAAAGACACAATGTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCCACTTTTCCCCTGGTCTTCAATGCCAGAATGGTGTTTGAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118968 CCAGCCACTTTTCCCCTGGTCTTCAATGCCAGAATGGTGTTTGAAAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        GTGTTCCCGGACGCAGTAGATCCTGGAGATGTGGTTACACAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119018 G...TAGGTGTTCCCGGACGCAGTAGATCCTGGAGATGTGGTTACACAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGAAT         ATGATACAGCAGTGTTCGAGTTGATACAGCTAGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120452 TTGAATGTA...TAGATGATACAGCAGTGTTCGAGTTGATACAGCTAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCACCAG         TGGGTGAAACACTGTCTACGTATGACGAAAATAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158893 CCACCAGGTA...TAGTGGGTGAAACACTGTCTACGTATGACGAAAATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ACGAGATTTCATGTTTCCGGGTCCAAACCAAATGTCTGGACACCATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160455 ACGAGATTTCATGTTTCCGGGTCCAAACCAAATGTCTGGACACCATGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAACCGCCAGGTTACCATGAGGAGGATTTCTGGCCTTCGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 160505 CAAACCGCCAGGTTACCATGAGGAGGATTTCTGGCCTTCGAGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGAAATGCTCCAAGGCTGGAATTTTCTACGACTTCAGTGATTACTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168127 GGAAATGCTCCAAGGCTGGAATTTTCTACGACTTCAGTGATTACTGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTGATAAGTTCAAGGAAATGCCACACTCAG         GATAAATTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 168177 TCTGATAAGTTCAAGGAAATGCCACACTCAGGTT...TAGGATAAATTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTTACCATTTGGCTCCAGTTGAAAAATCACATGGCAGACTGCAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172375 TTTACCATTTGGCTCCAGTTGAAAAATCACATGGCAGACTGCAAAACAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACATCAAGATCACAAAAGAAAAAATCCAAGTCACCTGAGAGAAGTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172425 ACATCAAGATCACAAAAGAAAAAATCCAAGTCACCTGAGAGAAGTAAATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTGTATAAATGCAAAAAACTACGAACAGCCTACAATTTCTTCAAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172475 CTGTATAAATGCAAAAAACTACGAACAGCCTACAATTTCTTCAAAATCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTCTCCATCTCCCTACACAAAAAGACGCATGTGTGAGCTATCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172525 ACTCTCCATCTCCCTACACAAAAAGACGCATGTGTGAGCTATCTGAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCAGGCGGCGGCTGGCCCATTTAAATCTGGGACCCTATGAGTTCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172575 ACCAGGCGGCGGCTGGCCCATTTAAATCTGGGACCCTATGAGTTCAAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAAACAGATAAACCTCCATTTGTGATTAGACAT         GTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 172625 AGAAACAGATAAACCTCCATTTGTGATTAGACATGTA...TAGGTTGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCCAAGTCCCAGGGCTGATACTTTATTGGGATCTTCTGGAAGAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176662 CCCCAAGTCCCAGGGCTGATACTTTATTGGGATCTTCTGGAAGAGACTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAAGAGATGGATGGTCAAGGGTGCACAATG         ATCATTCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 176712 GAAAGAGATGGATGGTCAAGGGTGCACAATGGTA...CAGATCATTCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTTGGCTGCTGCCGACCCAAGGATTATAAG         GTTATCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 186670 TCTTGGCTGCTGCCGACCCAAGGATTATAAGGTG...CAGGTTATCAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CACCCCATGGGAGAGACTTCGATGACTCTTTAGAAAAATGTGAAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212249 CACCCCATGGGAGAGACTTCGATGACTCTTTAGAAAAATGTGAAGAGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTGAGCCCAAGGTCGTGTAGTAAGCCCCGGCATTCAGCGAGGACCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212299 TTGAGCCCAAGGTCGTGTAGTAAGCCCCGGCATTCAGCGAGGACCTTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTCCATTCAGCACCCTCAACAATGCCAAAGCATTCTCCAAGCCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212349 AGTCCATTCAGCACCCTCAACAATGCCAAAGCATTCTCCAAGCCCTGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAAATAGAGCTTCTCTCAGGGAAAG         ATTTCATTCTGATTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 212399 TAAATAGAGCTTCTCTCAGGGAAAGGTA...CAGATTTCATTCTGATTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGTTCACCTTCAAACTGCGATGAGATCCATGACCGG         GATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 216256 TGTTCACCTTCAAACTGCGATGAGATCCATGACCGGGTA...CAGGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAGAGACCTAGAGAAAGATGATGAACTGGAACTGAAAAGAAGTCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266136 GAGAGACCTAGAGAAAGATGATGAACTGGAACTGAAAAGAAGTCTTTTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTAGAGACTCTGCCTATGACAGTGACCCCGAGTATAG         CTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 266186 GTAGAGACTCTGCCTATGACAGTGACCCCGAGTATAGGTA...TAGCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TGTCAGCAGCCACGTGGCACTTTCCATTTGGATGACGGTGAATACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273120 TGTCAGCAGCCACGTGGCACTTTCCATTTGGATGACGGTGAATACTGGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CAACAGGGCAGCCTCTTATAAGGGAAAATCCCACCGACCCATCTTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273170 CAACAGGGCAGCCTCTTATAAGGGAAAATCCCACCGACCCATCTTTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACAGCATGGACAAGATGTACAGGAACTTATACAAAAAGGCCTGTAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273220 ACAGCATGGACAAGATGTACAGGAACTTATACAAAAAGGCCTGTAGTTCT

   1500     .    :    .    :
   1393 GCTTCACATACACAGGAAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||
 273270 GCTTCACATACACAGGAAAGCTTC