seq1 = pF1KE5570.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE5570/gi568815596f_172991032.tfa (gi568815596f:172991032_173321527), 330496 bp

>pF1KE5570 1365
>gi568815596f:172991032_173321527 (Chr2)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-247  (178774-178861)   100% ->
248-349  (191823-191924)   100% ->
350-415  (196527-196592)   100% ->
416-444  (199864-199892)   100% ->
445-582  (200009-200146)   100% ->
583-669  (206995-207081)   100% ->
670-744  (212765-212839)   100% ->
745-851  (218698-218804)   100% ->
852-987  (226084-226219)   100% ->
988-1365  (230119-230496)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCTCTCGGTGCCTCCTTTGTGCAAATTAAATTTGATGACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCTCTCGGTGCCTCCTTTGTGCAAATTAAATTTGATGACTTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTTTTGAAAACTGCGGTGGAGGAAGTTTTGGGAGTGTTTATCGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTTTTGAAAACTGCGGTGGAGGAAGTTTTGGGAGTGTTTATCGAGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATGGATATCACAGGACAAGGAGGTGGCTGTAAAGAAGCTCCTCAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATGGATATCACAGGACAAGGAGGTGGCTGTAAAGAAGCTCCTCAAAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAAAGAG         GCAGAAATACTCAGTGTCCTCAGTCACAGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGAAAGAGGTA...CAGGCAGAAATACTCAGTGTCCTCAGTCACAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCATCCAGTTTTATGGAGTAATTCTTGAACCTCCCAACTATGGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178806 CATCATCCAGTTTTATGGAGTAATTCTTGAACCTCCCAACTATGGCATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACAG         AATATGCTTCTCTGGGATCACTCTATGATTACATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178856 TCACAGGTA...TAGAATATGCTTCTCTGGGATCACTCTATGATTACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACAGTAACAGAAGTGAGGAGATGGATATGGATCACATTATGACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191858 AACAGTAACAGAAGTGAGGAGATGGATATGGATCACATTATGACCTGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTGATGTAGCCAAAG         GAATGCATTATTTACATATGGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 191908 CACTGATGTAGCCAAAGGTA...AAGGAATGCATTATTTACATATGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCTGTCAAGGTGATTCACAGAGACCTCAAGTCAAGAAACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 196551 CTCCTGTCAAGGTGATTCACAGAGACCTCAAGTCAAGAAACGGTA...TA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416  TTGTTATAGCTGCTGATGGAGTATTGAAG         ATCTGTGACTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 199863 GTTGTTATAGCTGCTGATGGAGTATTGAAGGTA...CAGATCTGTGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGTGCCTCTCGGTTCCATAACCATACAACACACATGTCCTTGGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200020 TGGTGCCTCTCGGTTCCATAACCATACAACACACATGTCCTTGGTTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTTTCCCATGGATGGCTCCAGAAGTTATCCAGAGTCTCCCTGTGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200070 CTTTCCCATGGATGGCTCCAGAAGTTATCCAGAGTCTCCCTGTGTCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTTGTGACACATATTCCTATGGTGTG         GTTCTCTGGGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 200120 ACTTGTGACACATATTCCTATGGTGTGGTG...CAGGTTCTCTGGGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCTAACAAGGGAGGTCCCCTTTAAAGGTTTGGAAGGATTACAAGTAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207009 GCTAACAAGGGAGGTCCCCTTTAAAGGTTTGGAAGGATTACAAGTAGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGCTTGTAGTGGAAAAAAACGAG         AGATTAACCATTCCAAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 207059 GGCTTGTAGTGGAAAAAAACGAGGTA...TAGAGATTAACCATTCCAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGTTGCCCCAGAAGTTTTGCTGAACTGTTACATCAGTGTTGGGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212783 AGTTGCCCCAGAAGTTTTGCTGAACTGTTACATCAGTGTTGGGAAGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCAAG         AAACGGCCATCATTCAAGCAAATCATTTCAATCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212833 TGCCAAGGTA...CAGAAACGGCCATCATTCAAGCAAATCATTTCAATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGAGTCCATGTCAAATGACACGAGCCTTCCTGACAAGTGTAACTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218732 TGGAGTCCATGTCAAATGACACGAGCCTTCCTGACAAGTGTAACTCATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTACACAACAAGGCGGAGTGGAG         GTGCGAAATTGAGGCAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 218782 CTACACAACAAGGCGGAGTGGAGGTG...CAGGTGCGAAATTGAGGCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TCTTGAGAGGCTAAAGAAACTAGAGCGTGATCTCAGCTTTAAGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226102 TCTTGAGAGGCTAAAGAAACTAGAGCGTGATCTCAGCTTTAAGGAGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGCTTAAAGAACGAGAAAGACGTTTAAAGATGTGGGAGCAAAAGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226152 AGCTTAAAGAACGAGAAAGACGTTTAAAGATGTGGGAGCAAAAGCTGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGCAGTCCAACACCCCG         CTTCTCTTGCCTCTTGCTGCAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 226202 GAGCAGTCCAACACCCCGGTG...TAGCTTCTCTTGCCTCTTGCTGCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AATGTCTGAGGAGTCTTACTTTGAATCTAAAACAGAGGAGTCAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230142 AATGTCTGAGGAGTCTTACTTTGAATCTAAAACAGAGGAGTCAAACAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGAGATGTCATGTCAGATCACAGCAACAAGTAACGGGGAGGGCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230192 CAGAGATGTCATGTCAGATCACAGCAACAAGTAACGGGGAGGGCCATGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATGAACCCAAGTCTGCAGGCCATGATGCTGATGGGCTTTGGGGATATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230242 ATGAACCCAAGTCTGCAGGCCATGATGCTGATGGGCTTTGGGGATATCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTCAATGAACAAAGCAGGAGCTGTGATGCATTCTGGGATGCAGATAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230292 CTCAATGAACAAAGCAGGAGCTGTGATGCATTCTGGGATGCAGATAAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCAAGCCAAGCAGAATTCTTCCAAAACCACATCTAAGAGAAGGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230342 TGCAAGCCAAGCAGAATTCTTCCAAAACCACATCTAAGAGAAGGGGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAAGTCAACATGGCTCTGGGGTTCAGTGATTTTGACTTGTCAGAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230392 AAAGTCAACATGGCTCTGGGGTTCAGTGATTTTGACTTGTCAGAAGGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGATGATGATGATGATGACGGTGAGGAGGAGGATAATGACATGGATAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230442 CGATGATGATGATGATGACGGTGAGGAGGAGGATAATGACATGGATAATA

   1450     .
   1361 GTGAA
        |||||
 230492 GTGAA