seq1 = pF1KE5562.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KE5562/gi568815583f_30016890.tfa (gi568815583f:30016890_32268455), 2251566 bp

>pF1KE5562 1236
>gi568815583f:30016890_32268455 (Chr15)

1-33  (97050-97082)   100% ->
34-80  (100003-100049)   100% ->
81-160  (2137018-2137097)   100% ->
161-328  (2140719-2140886)   100% ->
329-523  (2141523-2141717)   99% ->
524-610  (2142680-2142766)   100% ->
611-720  (2146337-2146446)   99% ->
721-1236  (2151051-2151566)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAAAATATTGCATCTACCAGCATTTTCAG         TTCCAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  97050 ATGCAAAAATATTGCATCTACCAGCATTTTCAGGTA...TAGTTCCAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTAATCCAGCATTTGTGGATAGCTGCAAACTGCGATAT         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100011 GCTAATCCAGCATTTGTGGATAGCTGCAAACTGCGATATGTA...TAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTGATGAGCGCTTTGACGCCACATTCCACACTAACGTGTTGGTGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2137020 CTGATGAGCGCTTTGACGCCACATTCCACACTAACGTGTTGGTGAATTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCTGGGCATTGCCAGTACCTGCCTCCAG         GCATATTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
2137070 TCTGGGCATTGCCAGTACCTGCCTCCAGGTA...CAGGCATATTCAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TTCCTGCTACATCGATGTACGCTGGTTTCCCTTTGATGTGCAGCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2140732 TTCCTGCTACATCGATGTACGCTGGTTTCCCTTTGATGTGCAGCACTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AACTGAAGTTTGGGTCCTGGTCTTACGGAGGCTGGTCCTTGGATCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2140782 AACTGAAGTTTGGGTCCTGGTCTTACGGAGGCTGGTCCTTGGATCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGCAGGAGGCAGATATCAGTGGCTATATCCCCAATGGAGAATGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2140832 ATGCAGGAGGCAGATATCAGTGGCTATATCCCCAATGGAGAATGGGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGG         GAATCCCCGGCAAGAGGAGTGAAAGGTTCTATGAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2140882 AGTGGGTA...GAGGAATCCCCGGCAAGAGGAGTGAAAGGTTCTATGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCTGCAAAGAGCCCTACCCCGATGTCACCTTCACAGTGACCATGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2141559 GCTGCAAAGAGCCCTACCCCGATGTCACCTTCACAGTGACCATGCGCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGGACACTCTACTATGGCCTCAACCTGCTGATCCCCTGTGTGCTCATCTC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2141609 AGGACGCTCTACTATGGCCTCAACCTGCTGATCCCCTGTGTGCTCATCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGCCCTCGCCCTGCTGGTGTTCCTGCTTCCTGCAGATTCCGGGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2141659 CGCCCTCGCCCTGCTGGTGTTCCTGCTTCCTGCAGATTCCGGGGAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTCCCTGG         GGATAACAGTCTTACTCTCTCTTACCGTCTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
2141709 TTTCCCTGGGTA...TAGGGATAACAGTCTTACTCTCTCTTACCGTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGCTGCTCGTGGCTGAGATCATGCCCGCAACATCCGATTCGGTACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2142712 ATGCTGCTCGTGGCTGAGATCATGCCCGCAACATCCGATTCGGTACCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATAG         CCCAGTACTTCGCCAGCACCATGATCATCGTGGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2142762 GATAGGTA...CAGCCCAGTACTTCGCCAGCACCATGATCATCGTGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCTCGGTGGTGGTGACGGTGATCGTGCTGCAGTACCACCACCACGACCCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
2146373 TCTCGGTGGTGGTGACAGTGATCGTGCTGCAGTACCACCACCACGACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACGGGGGCAAGATGCCCAAGTGG         ACCAGAGTCATCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
2146423 GACGGGGGCAAGATGCCCAAGTGGGTA...CAGACCAGAGTCATCCTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAACTGGTGCGCGTGGTTCCTGCGAATGAAGAGGCCCGGGGAGGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151068 GAACTGGTGCGCGTGGTTCCTGCGAATGAAGAGGCCCGGGGAGGACAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCGCCCGGCCTGCCAGCACAAGCAGCGGCGCTGCAGCCTGGCCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151118 TGCGCCCGGCCTGCCAGCACAAGCAGCGGCGCTGCAGCCTGGCCAGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGATGAGCGCCGTGGCGCCGCCGCCCGCCAGCAACGGGAACCTGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151168 GAGATGAGCGCCGTGGCGCCGCCGCCCGCCAGCAACGGGAACCTGCTGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCGGCTTCCGCGGCCTGGACGGCGTGCACTGTGTCCCGACCCCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151218 CATCGGCTTCCGCGGCCTGGACGGCGTGCACTGTGTCCCGACCCCCGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGGGGTAGTGTGTGGCCGCATGGCCTGCTCCCCCACGCACGATGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151268 CTGGGGTAGTGTGTGGCCGCATGGCCTGCTCCCCCACGCACGATGAGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCCTGCACGGTGGGCAACCCCCCGAGGGGGACCCGGACTTGGCCAAGAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151318 CTCCTGCACGGCGGGCAACCCCCCGAGGGGGACCCGGACTTGGCCAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTGGAGGAGGTCCGCTACATTGCCAACCGCTTCCGCTGCCAGGACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151368 CCTGGAGGAGGTCCGCTACATTGCCAACCGCTTCCGCTGCCAGGACGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCGAGGCGGTCTGCAGCGAGTGGAAGTTCGCCGCCTGTGTGGTGGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151418 GCGAGGCGGTCTGCAGCGAGTGGAAGTTCGCCGCCTGTGTGGTGGACCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGTGCCTCATGGCCTTCTCGGTCTTCACCATCATCTGCACCATCGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151468 CTGTGCCTCATGGCCTTCTCGGTCTTCACCATCATCTGCACCATCGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1188 CCTGATGTCGGCTCCCAACTTCGTGGAGGCCGTGTCCAAAGACTTTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2151518 CCTGATGTCGGCTCCCAACTTCGTGGAGGCCGTGTCCAAAGACTTTGCG