seq1 = pF1KE5555.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KE5555/gi568815585f_97176236.tfa (gi568815585f:97176236_97466553), 290318 bp

>pF1KE5555 1101
>gi568815585f:97176236_97466553 (Chr13)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-339  (158041-158205)   100% ->
340-540  (166781-166981)   100% ->
541-804  (170569-170832)   100% ->
805-958  (181247-181400)   100% ->
959-994  (188901-188936)   100% ->
995-1095  (190224-190322)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTGAACGTTGCCCCAGTCAGAGATACAAAATGGCTGACATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTGAACGTTGCCCCAGTCAGAGATACAAAATGGCTGACATTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCTGCAGACAGTTTCAAAGAGGAACATGCTCACGCTCTGATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCTGCAGACAGTTTCAAAGAGGAACATGCTCACGCTCTGATGAAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAATTTGCTCATCCCCCCAAAAGTTGTCAGGTTGAAAATGGAAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAATTTGCTCATCCCCCCAAAAGTTGTCAGGTTGAAAATGGAAGAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGCCTGCTTTGATTCCCTAAAG         GGCCGTTGTTCGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 ATTGCCTGCTTTGATTCCCTAAAGGTA...CAGGGCCGTTGTTCGAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACTGCAAGTATCTTCACCCTCCGACACACTTAAAAACTCAACTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158058 GAACTGCAAGTATCTTCACCCTCCGACACACTTAAAAACTCAACTAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAATGGAAGGAACAATTTGATTCAGCAAAAAACTGCAGCAGCAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158108 TTAATGGAAGGAACAATTTGATTCAGCAAAAAACTGCAGCAGCAATGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCAGCAGATGCAATTTATGTTTCCAGGAACACCACTTCATCCAGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 158158 GCCCAGCAGATGCAATTTATGTTTCCAGGAACACCACTTCATCCAGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        CCCACTTTCCCTGTAGGTCCCGCGATAGGGACAAATACGGCTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158208 G...CAGCCCACTTTCCCTGTAGGTCCCGCGATAGGGACAAATACGGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAGCTTTGCTCCTTACCTAGCACCTGTAACCCCTGGAGTTGGGTTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166824 TTAGCTTTGCTCCTTACCTAGCACCTGTAACCCCTGGAGTTGGGTTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAACGGAAATTCTGCCCACCACGCCTGTTATTGTTCCCGGAAGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166874 CCAACGGAAATTCTGCCCACCACGCCTGTTATTGTTCCCGGAAGTCCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTCACTGTCCCGGGCTCAACTGCAACTCAGAAACTTCTCAGGACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166924 GGTCACTGTCCCGGGCTCAACTGCAACTCAGAAACTTCTCAGGACTGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACTGGAG         GTATGCAGGGAGTTCCAGCGAGGAAACTGTGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 166974 AACTGGAGGTA...TAGGTATGCAGGGAGTTCCAGCGAGGAAACTGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGGGGAGAGACCGACTGCCGCTTTGCACACCCCGCAGACAGCACCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170602 CGGGGAGAGACCGACTGCCGCTTTGCACACCCCGCAGACAGCACCATGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGACACAAGTGACAACACCGTAACCGTTTGTATGGATTACATAAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170652 CGACACAAGTGACAACACCGTAACCGTTTGTATGGATTACATAAAGGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTGCATGAGGGAGAAATGCAAATATTTTCACCCTCCTGCACACTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170702 GTTGCATGAGGGAGAAATGCAAATATTTTCACCCTCCTGCACACTTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCAAAATCAAAGCTGCGCAGCACCAAGCCAACCAAGCTGCGGTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170752 GCCAAAATCAAAGCTGCGCAGCACCAAGCCAACCAAGCTGCGGTGGCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAGGCAGCCGCGGCCGCGGCCACAGTCATG         GCCTTTCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 170802 CCAGGCAGCCGCGGCCGCGGCCACAGTCATGGTA...TAGGCCTTTCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGGTGCTCTTCATCCTTTACCAAAGAGACAAGCACTTGAAAAAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181257 CTGGTGCTCTTCATCCTTTACCAAAGAGACAAGCACTTGAAAAAAGCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGTACCAGCGCGGTCTTTAACCCCAGCGTCTTGCACTACCAGCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181307 GGTACCAGCGCGGTCTTTAACCCCAGCGTCTTGCACTACCAGCAGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CACCAGCGCACAGTTGCAGCAACACGCCGCGTTCATTCCAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 181357 CACCAGCGCACAGTTGCAGCAACACGCCGCGTTCATTCCAACAGGTA...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959    GGTCAGTTTTGTGCATGACACCCGCTACCAGTATTG         TA
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 188898 CAGGGTCAGTTTTGTGCATGACACCCGCTACCAGTATTGGTA...AAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCATGATGCACAGCGCTACGTCCGCCACTGTCTCTGCAGCAACAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190226 CCCATGATGCACAGCGCTACGTCCGCCACTGTCTCTGCAGCAACAACTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1047 TGCAACAAGTGTCCCCTTCGCAGCAACAGCCACAGCCAATCAGATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |--||
 190276 TGCAACAAGTGTCCCCTTCGCAGCAACAGCCACAGCCAATCAGGT  TT