seq1 = pF1KE5537.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KE5537/gi568815591f_130246486.tfa (gi568815591f:130246486_130468594), 222109 bp

>pF1KE5537 1308
>gi568815591f:130246486_130468594 (Chr7)

1-116  (100001-100116)   99% ->
117-198  (101281-101362)   100% ->
199-333  (103490-103624)   99% ->
334-432  (113104-113202)   98% ->
433-534  (114658-114759)   100% ->
535-636  (115953-116054)   99% ->
637-747  (116399-116509)   100% ->
748-838  (116934-117024)   100% ->
839-1038  (120887-121086)   100% ->
1039-1123  (121421-121505)   100% ->
1124-1308  (121925-122109)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGGCACTCCTGGAGGCGGGACGCGCCCTGGGCCATCCCCCGTGGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGGCACCCCTGGAGGCGGGACGCGCCCTGGGCCATCCCCCGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGCGGACACTCCTGGTCTTCAGCTTTATCCTGGCAGCAGCTTTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGCGGACACTCCTGGTCTTCAGCTTTATCCTGGCAGCAGCTTTGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAATGAATTTCACAGG         GGACCAGGTTCTTCGAGTCCTGGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 AAATGAATTTCACAGGGTG...TAGGGACCAGGTTCTTCGAGTCCTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGATGAGAAGCAGCTTTCACTTCTCGGGGATCTGGAGGGCCTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 AAAGATGAGAAGCAGCTTTCACTTCTCGGGGATCTGGAGGGCCTGAAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGAAG         GTGGACTTCTGGCGTGGCCCAGCCAGGCCCAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 CCAGAAGGTG...AAGGTGGACTTCTGGCGTGGCCCAGCCAGGCCCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCTGTGGATATGAGAGTTCCTTTCTCCGAACTGAAAGACATCAAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 103524 TCCCTGTGGATATGAGAGTTCCTTTCTCTGAACTGAAAGACATCAAAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATCTGGAGTCTCATGGACTTGCTTACAGCATCATGATAAAGGACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103574 TATCTGGAGTCTCATGGACTTGCTTACAGCATCATGATAAAGGACATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         GTGCTGCTGGATGAGGGAAGACAGGCCATGGCGAAATCCC
        |>>>...>>>|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 103624 GGTG...CAGGTGCTGCTGGATGAGGAAAGACAGGCCATGGCGAAATCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCGGCTGGAGCGCAGCACCAACAGCTTCAGTTACTCATCATACCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113144 GCCGGCTGGAGCGCAGCACCAACAGCTTCAGTTACTCATCATACCACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGAGGAG         ATATATAGCTGGATTGACAACTTTGTAATGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113194 CTGGAGGAGGTA...CAGATATATAGCTGGATTGACAACTTTGTAATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCATTCCGATATTGTCTCAAAAATTCAGATTGGCAACAGCTTTGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114690 GCATTCCGATATTGTCTCAAAAATTCAGATTGGCAACAGCTTTGAAAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTCCATTCTTGTCCTGAAG         TTCAGCACTGGAGGTTCTCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114740 AGTCCATTCTTGTCCTGAAGGTA...CAGTTCAGCACTGGAGGTTCTCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACCCAGCCATCTGGATCGACACTGGAATTCACTCCCGGGAGTGGATCAC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 115974 CACCCAGCCATCTGGATTGACACTGGAATTCACTCCCGGGAGTGGATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCATGCCACCGGCATCTGGACTGCCAATAAG         ATTGTCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116024 CCATGCCACCGGCATCTGGACTGCCAATAAGGTC...CAGATTGTCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTATGGCAAAGACCGTGTCCTGACAGACATACTGAATGCCATGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116409 ATTATGGCAAAGACCGTGTCCTGACAGACATACTGAATGCCATGGACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCATAGAGCTCGTCACAAACCCTGATGGGTTTGCTTTTACCCACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116459 TTCATAGAGCTCGTCACAAACCCTGATGGGTTTGCTTTTACCCACAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         AACCGCTTATGGCGGAAGAACAAGTCCATCAGACCTGGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116509 GGTG...CAGAACCGCTTATGGCGGAAGAACAAGTCCATCAGACCTGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTTCTGCATCGGCGTGGATCTCAACAGGAACTGGAAGTCGGGTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116974 TCTTCTGCATCGGCGTGGATCTCAACAGGAACTGGAAGTCGGGTTTTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 G         GAAATGGTTCTAACAGCAACCCCTGCTCAGAAACTTATCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 GGTA...CAGGAAATGGTTCTAACAGCAACCCCTGCTCAGAAACTTATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGGGCCCTCCCCTCAGTCGGAGCCGGAGGTGGCTGCCATAGTGAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120927 CGGGCCCTCCCCTCAGTCGGAGCCGGAGGTGGCTGCCATAGTGAACTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCACAGCCCATGGCAACTTCAAGGCTCTGATCTCCATCCACAGCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120977 TCACAGCCCATGGCAACTTCAAGGCTCTGATCTCCATCCACAGCTACTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGATGCTTATGTACCCTTACGGCCGATTGCTGGAGCCCGTTTCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121027 CAGATGCTTATGTACCCTTACGGCCGATTGCTGGAGCCCGTTTCAAATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGGGAGTTG         TACGATCTTGCCAAGGATGCGGTGGAGGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121077 GAGGGAGTTGGTG...CAGTACGATCTTGCCAAGGATGCGGTGGAGGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGTATAAGGTCCATGGGATCGAGTACATTTTTGGCAGCATCAGCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121452 TGTATAAGGTCCATGGGATCGAGTACATTTTTGGCAGCATCAGCACCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTCT         ATGTGGCCAGTGGGATCACCGTCGACTGGGCCTATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121502 CTCTGTG...TAGATGTGGCCAGTGGGATCACCGTCGACTGGGCCTATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAGTGGCATCAAGTACGCCTTCAGCTTTGAGCTCCGGGACACTGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121962 CAGTGGCATCAAGTACGCCTTCAGCTTTGAGCTCCGGGACACTGGGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGGCTTCCTGCTGCCGGCCACACAGATCATCCCCACGGCCCAGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122012 ATGGCTTCCTGCTGCCGGCCACACAGATCATCCCCACGGCCCAGGAGACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1261 TGGATGGCGCTTCGGACCATCATGGAGCACACCCTGAATCACCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122062 TGGATGGCGCTTCGGACCATCATGGAGCACACCCTGAATCACCCCTAC