seq1 = pF1KE5532.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE5532/gi568815587r_769861.tfa (gi568815587r:769861_1004816), 234956 bp

>pF1KE5532 1179
>gi568815587r:769861_1004816 (Chr11)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-261  (101706-101855)   100% ->
262-394  (102487-102619)   100% ->
395-439  (103837-103881)   100% ->
440-546  (104707-104813)   100% ->
547-608  (105416-105477)   100% ->
609-701  (111298-111390)   100% ->
702-803  (120648-120749)   100% ->
804-959  (121514-121669)   100% ->
960-1040  (134318-134398)   100% ->
1041-1083  (134654-134696)   100% ->
1084-1179  (134861-134956)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGACACTCTTCAACCTCCTCTGGCTTGCCCTGGCCTGCAGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGACACTCTTCAACCTCCTCTGGCTTGCCCTGGCCTGCAGCCCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACACTACCCTGTCAAAGTCAGATGCCAAAAAAGCCGCCTCAAAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACACTACCCTGTCAAAGTCAGATGCCAAAAAAGCCGCCTCAAAGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGAGAAG         AGTCAGTTTTCAGATAAGCCGGTGCAAGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGAGAAGGTA...CAGAGTCAGTTTTCAGATAAGCCGGTGCAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGGTTTGGTGGTGACGGACCTCAAAGCTGAGAGTGTGGTTCTTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101736 CGGGGTTTGGTGGTGACGGACCTCAAAGCTGAGAGTGTGGTTCTTGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGCAGCTACTGCTCGGCAAAGGCCCGGGACAGACACTTTGCTGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101786 TCGCAGCTACTGCTCGGCAAAGGCCCGGGACAGACACTTTGCTGGGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACTGGGCTATGTCACTCCA         TGGAACAGCCATGGCTACGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101836 TACTGGGCTATGTCACTCCAGTA...CAGTGGAACAGCCATGGCTACGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCACCAAGGTCTTTGGGAGCAAGTTCACACAGATCTCACCCGTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102508 GTCACCAAGGTCTTTGGGAGCAAGTTCACACAGATCTCACCCGTCTGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCTGAAGAGACGTGGCCGTGAGATGTTTGAGGTCACGGGCCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102558 GCAGCTGAAGAGACGTGGCCGTGAGATGTTTGAGGTCACGGGCCTCCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTGGACCAAG         GGTGGATGCGAGCTGTCAGGAAGCATGCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102608 ACGTGGACCAAGGTT...CAGGGTGGATGCGAGCTGTCAGGAAGCATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGGCCTGCACATAG         TGCCTCGGCTCCTGTTTGAGGACTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103866 AAGGGCCTGCACATAGGTA...CAGTGCCTCGGCTCCTGTTTGAGGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACTTACGATGATTTCCGGAACGTCTTAGACAGTGAGGATGAGATAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104732 GACTTACGATGATTTCCGGAACGTCTTAGACAGTGAGGATGAGATAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGAGCAAGACCGTGGTCCAGGTGGCAAAG         AACCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104782 AGCTGAGCAAGACCGTGGTCCAGGTGGCAAAGGTG...CAGAACCAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCGATGGCTTCGTGGTGGAGGTCTGGAACCAGCTGCTAAGCCAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105425 TTCGATGGCTTCGTGGTGGAGGTCTGGAACCAGCTGCTAAGCCAGAAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGT         GGGCCTCATCCACATGCTCACCCACTTGGCCGAGGCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105475 CGTGTG...CAGGGGCCTCATCCACATGCTCACCCACTTGGCCGAGGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGCACCAGGCCCGGCTGCTGGCCCTCCTGGTCATCCCGCCTGCCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111336 TGCACCAGGCCCGGCTGCTGGCCCTCCTGGTCATCCCGCCTGCCATCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCGG         GACCGACCAGCTGGGCATGTTCACGCACAAGGAGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111386 CCCGGGTA...CAGGACCGACCAGCTGGGCATGTTCACGCACAAGGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGCAGCTGGCCCCCGTGCTGGATGGTTTCAGCCTCATGACCTACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120684 TGAGCAGCTGGCCCCCGTGCTGGATGGTTTCAGCCTCATGACCTACGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTCTACAGCGCATCA         GCCTGGCCCTAATGCACCCCTGTCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120734 ACTCTACAGCGCATCAGTG...CAGGCCTGGCCCTAATGCACCCCTGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGGGTTCGAGCCTGCGTCCAGGTCCTGGACCCGAAGTCCAAGTGGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121539 TGGGTTCGAGCCTGCGTCCAGGTCCTGGACCCGAAGTCCAAGTGGCGAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAAATCCTCCTGGGGCTCAACTTCTATGGTATGGACTACGCGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121589 CAAAATCCTCCTGGGGCTCAACTTCTATGGTATGGACTACGCGACCTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGATGCCCGTGAGCCTGTTGTCGGGGCCAG         GTACATCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 121639 AGGATGCCCGTGAGCCTGTTGTCGGGGCCAGGTG...CAGGTACATCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACACTGAAGGACCACAGGCCCCGGATGGTGTGGGACAGCCAGGCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134328 ACACTGAAGGACCACAGGCCCCGGATGGTGTGGGACAGCCAGGCCTCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCACTTCTTCGAGTACAAGAA         GAGCCGCAGTGGGAGGCACG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 134378 GCACTTCTTCGAGTACAAGAAGTG...CAGGAGCCGCAGTGGGAGGCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCGTCTTCTACCCAACCCTGAAG         TCCCTGCAGGTGCGGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 134674 TCGTCTTCTACCCAACCCTGAAGGTG...CAGTCCCTGCAGGTGCGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GAGCTGGCCCGGGAGCTGGGCGTTGGGGTCTCTATCTGGGAGCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134879 GAGCTGGCCCGGGAGCTGGGCGTTGGGGTCTCTATCTGGGAGCTGGGCCA

   1250     .    :    .    :    .
   1152 GGGCCTGGACTACTTCTACGACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 134929 GGGCCTGGACTACTTCTACGACCTGCTC