seq1 = pF1KE5529.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE5529/gi568815587f_4781819.tfa (gi568815587f:4781819_4982880), 201062 bp

>pF1KE5529 1062
>gi568815587f:4781819_4982880 (Chr11)

1-1062  (100001-101062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTAATAAAATGTATGCTATATATATAAAGAATCTTAATTATTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTAATAAAATGTATGCTATATATATAAAGAATCTTAATTATTTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCTCATAGTTCAGTGTCTTCAACCAACCATGGCAATATTCAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCTCATAGTTCAGTGTCTTCAACCAACCATGGCAATATTCAATAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACTTCGTCTTCCTCAAACTTCCTCCTCACTGCATTCCCTGGGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACTTCGTCTTCCTCAAACTTCCTCCTCACTGCATTCCCTGGGCTGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGCTCATGTCTGGATCTCCATTCCAGTCTGCTGTCTCTACACCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTGCTCATGTCTGGATCTCCATTCCAGTCTGCTGTCTCTACACCATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTTGGGAAACAGTATGATCTTTCTTGTCATCATTACTAAGCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTTGGGAAACAGTATGATCTTTCTTGTCATCATTACTAAGCGGAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCACAAACCCATGTATTATTTCCTCTCCATGCTGGCAGCTGTTGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCACAAACCCATGTATTATTTCCTCTCCATGCTGGCAGCTGTTGATCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTCTGACCATTACGACCCTTCCCACTGTGCTTGGTGTTCTCTGGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTCTGACCATTACGACCCTTCCCACTGTGCTTGGTGTTCTCTGGTTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCCGGGAGATCAGCTTTAAAGCTTGCTTCATTCAAATGTTCTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCCGGGAGATCAGCTTTAAAGCTTGCTTCATTCAAATGTTCTTTGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCTTTCTCCTTGCTGGAGTCCTCGGTGCTGGTAGCCATGGCCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCTTTCTCCTTGCTGGAGTCCTCGGTGCTGGTAGCCATGGCCTTTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCTTCGTGGCTATCTGTAACCCACTGAACTATGCTACTATCCTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCTTCGTGGCTATCTGTAACCCACTGAACTATGCTACTATCCTCACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGGATGGTCCTGGTGATAGGGCTGGTCATCTGCATTAGACCAGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGGATGGTCCTGGTGATAGGGCTGGTCATCTGCATTAGACCAGCAGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTACTTCCCCTTCTTGTAGCCATAAACACTGTGTCTTTTCATGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTACTTCCCCTTCTTGTAGCCATAAACACTGTGTCTTTTCATGGGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACGAGCTTTCCCATCCATTTTGCTACCACCCAGAAGTGATCAAATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACGAGCTTTCCCATCCATTTTGCTACCACCCAGAAGTGATCAAATACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATTCCAAACCTTGGATCAGCAGTTTTTGGGGACTGTTTCTTCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATTCCAAACCTTGGATCAGCAGTTTTTGGGGACTGTTTCTTCAGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCTGAATGGCACTGACGTATTGTTTATTCTTTTCTCCTATGTCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCTGAATGGCACTGACGTATTGTTTATTCTTTTCTCCTATGTCCTGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCCGTACTGTTCTGGGCATTGTGGCCCGAAAGAAGCAACAAAAAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCCGTACTGTTCTGGGCATTGTGGCCCGAAAGAAGCAACAAAAAGCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCACTTGTGTCTGTCACATCTGTGCAGTCACTATTTTCTATGTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCACTTGTGTCTGTCACATCTGTGCAGTCACTATTTTCTATGTGCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGATCAGCCTCTCTTTGGCACACCGCCTCTTCCACTCCACCCCAAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGATCAGCCTCTCTTTGGCACACCGCCTCTTCCACTCCACCCCAAGGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCTGTAGCACTTTGGCCAATATTTATCTGCTCTTACCACCTGTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCTGTAGCACTTTGGCCAATATTTATCTGCTCTTACCACCTGTGCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCCTATCATTTACAGCTTGAAGACCAAGACAATCCGCCAGGCTATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCCTATCATTTACAGCTTGAAGACCAAGACAATCCGCCAGGCTATGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCTGCTCCAATCCAAGGGTTCATGGGGTTTTAATGTGAGGGGTCTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGCTGCTCCAATCCAAGGGTTCATGGGGTTTTAATGTGAGGGGTCTTAGG

   1050     .    :
   1051 GGAAGATGGGAT
        ||||||||||||
 101051 GGAAGATGGGAT