seq1 = pF1KE5519.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KE5519/gi568815594r_45940991.tfa (gi568815594r:45940991_46223913), 282923 bp

>pF1KE5519 1395
>gi568815594r:45940991_46223913 (Chr4)

(complement)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-253  (126565-126713)   100% ->
254-321  (139861-139928)   100% ->
322-542  (158330-158550)   100% ->
543-625  (159391-159473)   100% ->
626-763  (165292-165429)   100% ->
764-916  (165545-165697)   100% ->
917-1131  (172276-172490)   100% ->
1132-1395  (182660-182923)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCCTTTGAAAGCTTTTCTCTTCTCCCCTTTTCTTCTGCGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCCTTTGAAAGCTTTTCTCTTCTCCCCTTTTCTTCTGCGGAGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTAGAGGGGTGAGGTTGGTCTTCTTGTTACTGACCCTGCATTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTAGAGGGGTGAGGTTGGTCTTCTTGTTACTGACCCTGCATTTGGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTG         TGTTGATAAGGCAGATGATGAAGATGATGAGGATTTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGGTG...TAGTGTTGATAAGGCAGATGATGAAGATGATGAGGATTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGGTGAACAAAACCTGGGTCTTGGCCCCAAAAATTCATGAAGGAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126602 ACGGTGAACAAAACCTGGGTCTTGGCCCCAAAAATTCATGAAGGAGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACACAAATTCTGAATTCATTGCTTCAAGGCTATGACAATAAACTTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126652 CACACAAATTCTGAATTCATTGCTTCAAGGCTATGACAATAAACTTCGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGATATAGGAG         TGAGGCCCACAGTAATTGAAACTGATGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 126702 CAGATATAGGAGGTA...CAGTGAGGCCCACAGTAATTGAAACTGATGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGTAAACAGCATTGGACCAGTTGATCCAATTAATATG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139890 TATGTAAACAGCATTGGACCAGTTGATCCAATTAATATGGTA...TAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATATACAATAGATATAATTTTTGCCCAAACCTGGTTTGACAGTCGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158332 ATATACAATAGATATAATTTTTGCCCAAACCTGGTTTGACAGTCGTTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATTCAATAGTACCATGAAAGTGCTTATGCTTAACAGTAATATGGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158382 AATTCAATAGTACCATGAAAGTGCTTATGCTTAACAGTAATATGGTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAATTTGGATTCCTGACACTTTCTTCAGAAACTCAAGAAAATCTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158432 AAAATTTGGATTCCTGACACTTTCTTCAGAAACTCAAGAAAATCTGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCACTGGATAACAACTCCTAATCGTCTGCTTCGAATTTGGAATGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158482 TCACTGGATAACAACTCCTAATCGTCTGCTTCGAATTTGGAATGATGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGTTCTGTATACTCTAAG         ATTGACAATTAATGCAGAATGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 158532 GAGTTCTGTATACTCTAAGGTA...TAGATTGACAATTAATGCAGAATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATCTTCAGCTTCATAACTTTCCCATGGATGAACATTCCTGTCCACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159413 TATCTTCAGCTTCATAACTTTCCCATGGATGAACATTCCTGTCCACTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTTTCAAGCT         ATGGATACCCTAAAAATGAAATTGAGTATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 159463 ATTTTCAAGCTGTA...TAGATGGATACCCTAAAAATGAAATTGAGTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTGGAAAAAGCCCTCCGTAGAAGTGGCTGATCCTAAATACTGGAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165322 AGTGGAAAAAGCCCTCCGTAGAAGTGGCTGATCCTAAATACTGGAGATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATCAGTTTGCATTTGTAGGGTTACGGAACTCAACTGAAATCACTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165372 TATCAGTTTGCATTTGTAGGGTTACGGAACTCAACTGAAATCACTCACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCTCTG         GGGATTATGTTATCATGACAATTTTTTTTGACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 165422 GATCTCTGGTA...CAGGGGATTATGTTATCATGACAATTTTTTTTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAGCAGAAGAATGGGATATTTCACTATTCAGACCTACATTCCATGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165578 TGAGCAGAAGAATGGGATATTTCACTATTCAGACCTACATTCCATGCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGACAGTTGTTCTTTCTTGGGTGTCTTTTTGGATCAATAAAGATGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165628 CTGACAGTTGTTCTTTCTTGGGTGTCTTTTTGGATCAATAAAGATGCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCTGCAAGAACATCGTTGG         GTATCACTACAGTTCTGACTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 165678 GCCTGCAAGAACATCGTTGGGTA...TAGGTATCACTACAGTTCTGACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGACAACCCTGAGTACAATTGCCAGGAAGTCTTTACCTAAGGTTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172297 TGACAACCCTGAGTACAATTGCCAGGAAGTCTTTACCTAAGGTTTCTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGACTGCGATGGATCTCTTTGTTTCTGTTTGTTTCATTTTTGTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172347 GTGACTGCGATGGATCTCTTTGTTTCTGTTTGTTTCATTTTTGTTTTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCCTTGATGGAATATGGAACCTTGCATTATTTTACCAGCAACCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172397 AGCCTTGATGGAATATGGAACCTTGCATTATTTTACCAGCAACCAAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAAAGACTGCTACTAAAGACAGAAAGCTAAAAAATAAAGCCTCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 172447 GAAAGACTGCTACTAAAGACAGAAAGCTAAAAAATAAAGCCTCGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132    ATGACTCCTGGTCTCCATCCTGGATCCACTCTGATTCCAATGAATAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182657 CAGATGACTCCTGGTCTCCATCCTGGATCCACTCTGATTCCAATGAATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TATTTCTGTGCCGCAAGAAGATGATTATGAGTATCAGTGTTTGGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 182707 TATTTCTGTGCCGCAAGAAGATGATTATGGGTATCAGTGTTTGGAGGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AAGATTGTGCCAGCTTCTTCTGTTGCTTTGAAGACTGCAGAACAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182757 AAGATTGTGCCAGCTTCTTCTGTTGCTTTGAAGACTGCAGAACAGGATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGGAGGGAAGGAAGGATACACATACGCATTGCCAAAATTGACTCTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182807 TGGAGGGAAGGAAGGATACACATACGCATTGCCAAAATTGACTCTTATTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TAGAATATTTTTCCCAACCGCTTTTGCCCTGTTCAACTTGGTTTATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182857 TAGAATATTTTTCCCAACCGCTTTTGCCCTGTTCAACTTGGTTTATTGGG

   1450     .    :    .
   1379 TTGGCTATCTTTACTTA
        |||||||||||||||||
 182907 TTGGCTATCTTTACTTA