seq1 = pF1KE5515.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE5515/gi568815596r_232668194.tfa (gi568815596r:232668194_232871362), 203169 bp

>pF1KE5515 1080
>gi568815596r:232668194_232871362 (Chr2)

(complement)

1-460  (100001-100460)   100% ->
461-1080  (102550-103169)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCAGTAATTGCAAAGTTATTGCTCCTCTCCTAAGTCAAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGCAGTAATTGCAAAGTTATTGCTCCTCTCCTAAGTCAAAGATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGAGGATGGTCACCAAGGATGGCCACAGCACACTTCAAATGGATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGAGGATGGTCACCAAGGATGGCCACAGCACACTTCAAATGGATGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCAAAGAGGTCTTGCATATCTTCGAGATGCTTGGGGAATCCTAATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCAAAGAGGTCTTGCATATCTTCGAGATGCTTGGGGAATCCTAATGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGCGCTGGCGTTGGATGATGTTGGTCTTTTCTGCTTCTTTTGTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGCGCTGGCGTTGGATGATGTTGGTCTTTTCTGCTTCTTTTGTTGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGCTTGTCTTTGCAGTGCTCTGGTATGTTCTGGCTGAGATGAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGCTTGTCTTTGCAGTGCTCTGGTATGTTCTGGCTGAGATGAATGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCTGGAACTAGATCATGATGCCCCACCTGAAAACCACACTATCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCTGGAACTAGATCATGATGCCCCACCTGAAAACCACACTATCTGTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGTATATCACCAGTTTCACAGCTGCATTCTCCTTCTCCCTGGAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGTATATCACCAGTTTCACAGCTGCATTCTCCTTCTCCCTGGAGACACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTCACAATTGGTTATGGTACCATGTTCCCCAGTGGTGACTGTCCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTCACAATTGGTTATGGTACCATGTTCCCCAGTGGTGACTGTCCAAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAATCGCCTTACTTGCCATACAAATGCTCCTAGGCCTCATGCTAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAATCGCCTTACTTGCCATACAAATGCTCCTAGGCCTCATGCTAGAGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTATCACAG         GTGCTTTTGTGGCGAAGATTGCCCGGCCAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTATCACAGGTA...TAGGTGCTTTTGTGGCGAAGATTGCCCGGCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAATCGAGCTTTTTCAATTCGCTTTACTGACATAGCAGTAGTAGCTCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 102581 AAATCGAGCTTTTTCAATTCGCTTTACTGACACAGCAGTAGTAGCTCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGATGGCAAACCTAATCTTATCTTCCAAGTGGCCAACACCCGACCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 TGGATGGCAAACCTAATCTTATCTTCCAAGTGGCCAACACCCGACCTAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCTCTAACCAGTGTCCGGGTCTCAGCTGTACTCTATCAGGAAAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102681 CCTCTAACCAGTGTCCGGGTCTCAGCTGTACTCTATCAGGAAAGAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGCAAACTCTACCAGACCAGTGTGGATTTCCACCTTGATGGCATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102731 TGGCAAACTCTACCAGACCAGTGTGGATTTCCACCTTGATGGCATCAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGACGAATGTCCATTCTTCATCTTTCCACTAACGTACTATCACTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102781 CTGACGAATGTCCATTCTTCATCTTTCCACTAACGTACTATCACTCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACACCATCAAGTCCTCTGGCTACTCTGCTCCAGCATGAAAATCCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102831 ACACCATCAAGTCCTCTGGCTACTCTGCTCCAGCATGAAAATCCTTCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTTGAATTAGTTGTATTCCTTTCAGCAATGCAGGAGGGCACTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102881 CTTTGAATTAGTTGTATTCCTTTCAGCAATGCAGGAGGGCACTGGAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TATGCCAAAGGAGGACATCCTACCTACAGTCTGAAATCATGTTACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 102931 TATGCCAAAGGAGGACATCCTACCTACCGTCTGAAATCATGTTACATCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGTTTTGCATCTCTGTTGACCCGAGGTTCCAAATGTGAATATCAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 102981 TGTTTTGCATCTCTGTTGACCCGAGGTTCCAAAGGTGAATATCAAATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GATGGAGAATTTTGACAAGACTGTCCCTGAATTTCCAACTCCTCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103031 GATGGAGAATTTTGACAAGACTGTCCCTGAATTTCCAACTCCTCTGGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTAAAAGCCCAAACAGGACTGACCTGGATATCCACATCAATGGACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 CTAAAAGCCCAAACAGGACTGACCTGGATATCCACATCAATGGACAAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1042 ATTGACAATTTTCAGATCTCTGAAACAGGACTGACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 ATTGACAATTTTCAGATCTCTGAAACAGGACTGACAGAA