seq1 = pF1KE5505.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KE5505/gi568815592r_25745385.tfa (gi568815592r:25745385_25968387), 223003 bp

>pF1KE5505 1260
>gi568815592r:25745385_25968387 (Chr6)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-303  (105944-106155)   99% ->
304-391  (106677-106764)   100% ->
392-478  (113158-113244)   100% ->
479-597  (117511-117629)   100% ->
598-759  (117768-117929)   100% ->
760-889  (118211-118340)   100% ->
890-1037  (118436-118583)   100% ->
1038-1128  (118924-119014)   98% ->
1129-1260  (122872-123003)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCAAGACAGAGTTGAGTCCCACAGCAAGGGAGAGCAAGAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCAAGACAGAGTTGAGTCCCACAGCAAGGGAGAGCAAGAACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAAGATATGCAAGTGGATGAGACACTGATCCCCAGGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 ACAAGATATGCAAGTGGATGAGACACTGATCCCCAGGAAAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCCAAGTTTATGTTCTGCTCGCTATGGAATAGCCCTCGTCTTACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105944 TTCCAAGTTTATGTTCTGCTCGCTATGGAATAGCCCTCGTCTTACATTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCAATTTCACAACGATAGCACAAAATGTCATCATGAACATCACCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105994 TGCAATTTCACAACGATAGCACAAAATGTCATCATGAACATCACCATGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCATGGTCAACAGCACAAGCCCTCAATCCCAGCTCAATGATTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106044 AGCCATGGTCAACAGCACAAGCCCTCAATCCCAGCTCAATGATTCCTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTGCTGCCTGTTGACTCGTTTGGTGGCCTAAGTAAAGCCCCAAAGAGT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 106094 AGGTGCTGCCTGTTGACTCATTTGGTGGCCTAAGTAAAGCCCCAAAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTCCTACAAAG         TCCTCAATACTTGGGGGTCAGTTTGCAAT
        |||||| |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106144 CTTCCTGCAAAGGTA...CAGTCCTCAATACTTGGGGGTCAGTTTGCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGGGAAAAGTGGGGCCCTCCACAAGAACGAAGCAGACTCTGCAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106706 TTGGGAAAAGTGGGGCCCTCCACAAGAACGAAGCAGACTCTGCAGCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTTATCAG         GAATGTTACTGGGATGCTTTACTGCCATCCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106756 CTTTATCAGGTA...CAGGAATGTTACTGGGATGCTTTACTGCCATCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAGGTGGCTTCATTAGTGAAACCCTTGGGTGGCCCTTTGTCTTCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113190 ATAGGTGGCTTCATTAGTGAAACCCTTGGGTGGCCCTTTGTCTTCTATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTTG         GAGGTGTTGGCTGTGTCTGCTGCCTTCTCTGGTTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113240 CTTTGGTA...CAGGAGGTGTTGGCTGTGTCTGCTGCCTTCTCTGGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTGATTTATGATGACCCCGTTTCCTATCCATGGATAAGCACCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117547 TTGTGATTTATGATGACCCCGTTTCCTATCCATGGATAAGCACCTCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAGAATACATCATATCCTCCTTGAAACAACAG         GTCGGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117597 AAAGAATACATCATATCCTCCTTGAAACAACAGGTA...CAGGTCGGGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCTAAGCAGCCTCTTCCCATCAAAGCTATGCTCAGATCTCTACCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117776 TTCTAAGCAGCCTCTTCCCATCAAAGCTATGCTCAGATCTCTACCCATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGTCCATATGTTTAGGCTGTTTCAGCCATCAATGGTTAGTTAGCACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117826 GGTCCATATGTTTAGGCTGTTTCAGCCATCAATGGTTAGTTAGCACAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTGTATACATACCAACTTACATCAGCTCTGTGTACCATGTTAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117876 GTTGTATACATACCAACTTACATCAGCTCTGTGTACCATGTTAACATCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAC         AATGGACTTCTATCTGCCCTTCCTTTTATTGTTGCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117926 AGACGTG...TAGAATGGACTTCTATCTGCCCTTCCTTTTATTGTTGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGTCATAGGCATGGTGGGAGGCTATCTGGCAGATTTCCTTCTAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118248 GGGTCATAGGCATGGTGGGAGGCTATCTGGCAGATTTCCTTCTAACCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGTTTAGACTCATCACTGTGAGGAAAATTGCCACAATTTTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118298 AAGTTTAGACTCATCACTGTGAGGAAAATTGCCACAATTTTAGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   GAAGTCTCCCCTCTTCAGCACTCATTGTGTCTCTGCCTTACCTCAATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118434 AGGAAGTCTCCCCTCTTCAGCACTCATTGTGTCTCTGCCTTACCTCAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGGCTATATCACAGCAACTGCCTTGCTGACGCTCTCTTGCGGATTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118484 CCGGCTATATCACAGCAACTGCCTTGCTGACGCTCTCTTGCGGATTAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACATTGTGTCAGTCAGGGATTTATATCAATGTCTTAGATATTGCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118534 ACATTGTGTCAGTCAGGGATTTATATCAATGTCTTAGATATTGCTCCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038          GTATTCCAGTTTTCTCATGGGAGCATCAAGAGGATTTTCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118584 GTA...CAGGTATTCCAGTTTTCTCATGGGAGCATCAAGAGGATTTTCGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCATAGCACCTGTCATTGTACCCACTGTCAGCGGATTTCTTCTTAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 118965 GCATAGCACCTGTCATTGTACCCACTGTCAGTGGATTTCTTCTTAGTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129          GACCCTGAGTTTGGGTGGAGGAATGTCTTCTTCTTGCTGTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119015 GTA...CAGGACCCTGAGTTTGGGTGGAGGAATGTCTTCTTCTTGCTGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCCGTTAACCTGTTAGGACTACTCTTCTACCTCATATTTGGAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122913 TGCCGTTAACCTGTTAGGACTACTCTTCTACCTCATATTTGGAGAAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATGTCCAAGAATGGGCTAAAGAGAGAAAACTCACTCGTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122963 ATGTCCAAGAATGGGCTAAAGAGAGAAAACTCACTCGTTTA