seq1 = pF1KE5496.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE5496/gi568815587f_4486813.tfa (gi568815587f:4486813_4687862), 201050 bp

>pF1KE5496 1050
>gi568815587f:4486813_4687862 (Chr11)

1-1050  (100001-101050)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTCAACAAATCTTACGGGATTGCATTCTTCTCATACATCATTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTCAACAAATCTTACGGGATTGCATTCTTCTCATACATCATTTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTAACAGGAAAAAAGTCTCACTTGTGATGCTGGGTCCAGCTTATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTAACAGGAAAAAAGTCTCACTTGTGATGCTGGGTCCAGCTTATAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACAATGGAAACCCCTGCCTCCTTCCTCCTTGTGGGTATCCCAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACAATGGAAACCCCTGCCTCCTTCCTCCTTGTGGGTATCCCAGGACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAATCTTCACATCTTTGGCTGGCTATCTCACTGAGTGCCATGTACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAATCTTCACATCTTTGGCTGGCTATCTCACTGAGTGCCATGTACATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCCTGTTAGGAAACACCCTCATCGTGACTGCAATCTGGATGGATTCCA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCCTGTTAGGAAACACCATCATCGTGACTGCAATCTGGATGGATTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCGGCATGAGCCCATGTATTGCTTTCTGTGTGTTCTGGCTGCTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCGGCATGAGCCCATGTATTGCTTTCTGTGTGTTCTGGCTGCTGTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTGTTATGGCCTCCTCGGTGGTACCCAAGATGGTGAGCATCTTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTGTTATGGCCTCCTCGGTGGTACCCAAGATGGTGAGCATCTTCTGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGAGACAGCTCAATCAGCTTTAGTGCTTGTTTCACTCAGATGTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGAGACAGCTCAATCAGCTTTAGTGCTTGTTTCACTCAGATGTTTTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCACTTAGCCACAGCTGTGGAGACGGGGCTGCTGCTGACCATGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCACTTAGCCACAGCTGTGGAGACGGGGCTGCTGCTGACCATGGCTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACCGCTATGTAGCCATCTGCAAGCCTCTACACTACAAGAGAATTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACCGCTATGTAGCCATCTGCAAGCCTCTACACTACAAGAGAATTCTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCTCAAGTGATGCTGGGAATGAGTATGGCCATCACCATCAGAGCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCTCAAGTGATGCTGGGAATGAGTATGGCCATCACCATCAGAGCTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAGCCATAACTCCACTGAGTTGGATGGTGAGTCATCTACCTTTCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAGCCATAACTCCACTGAGTTGGATGGTGAGTCATCTACCTTTCTGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCAATGTGGTTGTCCACTCCTACTGTGAGCACATAGCTTTGGCCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCAATGTGGTTGTCCACTCCTACTGTGAGCACATAGCTTTGGCCAGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCATGTGCTGACCCCGTGCCCAGCAGTCTCTACAGTCTGATTGGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCATGTGCTGACCCCGTGCCCAGCAGTCTCTACAGTCTGATTGGTTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCTTATGGTGGGCTCTGATGTGGCCTTCATTGCTGCCTCCTATATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCTTATGGTGGGCTCTGATGTGGCCTTCATTGCTGCCTCCTATATCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTCTCAAGGCAGTATTTGGTCTCTCCTCAAAGACTGCTCAGTTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTCTCAAGGCAGTATTTGGTCTCTCCTCAAAGACTGCTCAGTTGAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTAAGCACATGTGGCTCCCATGTGGGGGTTATGGCTTTGTACTATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATTAAGCACATGTGGCTCCCATGTGGGGGTTATGGCTTTGTACTATCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGGGATGGCATCCATCTATGCGGCCTGGTTGGGGCAGGATGTAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGGGATGGCATCCATCTATGCGGCCTGGTTGGGGCAGGATGTAGTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGCACACCCAAGTCCTGCTAGCTGACCTGTACGTGATCATCCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGCACACCCAAGTCCTGCTAGCTGACCTGTACGTGATCATCCCAGCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTAAATCCCATCATCTATGGCATGAGGACCAAACAACTGCGGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTAAATCCCATCATCTATGGCATGAGGACCAAACAACTGCGGGAGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TATGGAGTTATCTGATGCATGTCCTCTTTGACCATTCCAACCTGGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TATGGAGTTATCTGATGCATGTCCTCTTTGACCATTCCAACCTGGGTTCA