seq1 = pF1KE5494.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE5494/gi568815584f_19875519.tfa (gi568815584f:19875519_20076562), 201044 bp

>pF1KE5494 1044
>gi568815584f:19875519_20076562 (Chr14)

1-1044  (100001-101044)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCACTTCATTAACTGATCTCTGTTTCTCTCCTATTCAGGTAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCACTTCATTAACTGATCTCTGTTTCTCTCCTATTCAGGTAGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATTAAGTCCCTTCCAAAATCGATGAATGAGACAAATCATTCTCGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATTAAGTCCCTTCCAAAATCGATGAATGAGACAAATCATTCTCGGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAATTTGTGTTGCTGGGACTGTCTAGTTCAAGGGAGCTCCAACCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGAATTTGTGTTGCTGGGACTGTCTAGTTCAAGGGAGCTCCAACCTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGTTTCTTACATTTTCACTACTTTATCTAGCAATTCTGTTGGGGAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100151 TTGTTTCTTACATTTTCACTACTTTATCTAGCAATTCTGTTGGGCAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTCATCATCCTCACTGTGACCTCAGATTCCCGCCTTCACACCCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTCATCATCCTCACTGTGACCTCAGATTCCCGCCTTCACACCCCCATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTTTCTGCTTGCAAGCCTGTCATTTATAGACGTATGTGTTGCCTCTTTT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACTTTCTGCTTGCAAACCTGTCATTTATAGACGTATGTGTTGCCTCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTACCCCTAAAATGATTGCAGACTTTCTGGTTGTGCGCAAGACTATTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
 100301 GCTACCCCTAAAATGATTGCAGACTTTCTGGTTGAGCGCAAGACTATTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTGATGCCTGCCTGGCCCAGATTTTCTTTGTTCATCTCTTCACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTGATGCCTGCCTGGCCCAGATTTTCTTTGTTCATCTCTTCACTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGAAATGGTGCTCCTAGTTTCCATGGCCTATGACCGTTATGTTGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGAAATGGTGCTCCTAGTTTCCATGGCCTATGACCGTTATGTTGCTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCAAACCTCTCCACTACATGACAGTCATGAGCCGTCGTGTATGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCAAACCTCTCCACTACATGACAGTCATGAGCCGTCGTGTATGTGTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCGTCCTCATTTCCTGGTTTGTGGGCTTCATCCATACTACCAGCCAGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTCGTCCTCATTTCATGGTTTGTGGGCTTCATCCATACTACCAGCCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCATTCACTGTTAATCTGCCATTTTGTGGTCCTAATAAGGTAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCATTCACTGTTAATCTGCCATTTTGTGGTCCTAATAAGGTAGACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTTTCTGTGACCTTCCTCTAGTGACCAAGTTAGCCTGCATAGACACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTTTCTGTGACCTTCCTCTAGTGACCAAGTTAGCCTGCATAGACACTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTTGTCAGCTTACTAATAGTTGCAGATAGTGGCTTTCTTTCTCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTTGTCAGCTTACTAATAGTTGCAGATAGTGGCTTTCTTTCTCTGAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTTTCTCCTCTTGGTTGTCTCCTACACTGTAATACTTGTTACAGTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTTTCTCCTCTTGGTTGTCTCCTACACTGTAATACTTGTTACAGTTAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATCGCTCCTCTGAAAGCATGGCGAAGGCCCGCTCCACATTGACTGCTCA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AATCGCTCCTCTGCAAGCATGGCGAAGGCCCGCTCCACATTGACTGCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCACTGTGGTCACTTTATTCTTTGGACCATGCATTTTCATCTATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATCACTGTGGTCACTTTATTCTTTGGACCATGCATTTTCATCTATGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGCCCTTCAGCAGTTACTCAGTTGACAAAGTCCTTGCTGTATTCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGCCCTTCAGCAGTTACTCAGTTGACAAAGTCCTTGCTGTATTCTACACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCTTCACGCCTATTTTAAACCCTGTAATGTACACGCTAAGAAACAAAGA
        |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100901 ATCTTCACGCTTATTTTAAACCCTGTAATCTACACGCTAAGAAACAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGTGAAGGCAGCTATGTCAAAACTGAAGAGTCGGTATCTGAAGCCTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGTGAAGGCAGCTATGTCAAAACTGAAGAGTCGGTATCTGAAGCCTAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGTTTCTGTAGTCATAAGAAATGTTCTTTTCCTAGAAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGTTTCTGTAGTCATAAGAAATGTTCTTTTCCTAGAAACAAAG