seq1 = pF1KE5490.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KE5490/gi568815597f_158654816.tfa (gi568815597f:158654816_158855844), 201029 bp

>pF1KE5490 1029
>gi568815597f:158654816_158855844 (Chr1)

1-1029  (100001-101029)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCAATATTCAGTGGGTAATCAACATTCCAATTATAGGAGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCAATATTCAGTGGGTAATCAACATTCCAATTATAGGAGTCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTCCTTTTCTGTGTTCACAGATGACACAGTTGACGGCCAGTGGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTCCTTTTCTGTGTTCACAGATGACACAGTTGACGGCCAGTGGGAATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACAATGGTGACTGAGTTCCTCTTCTCTATGTTCCCGCATGCGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACAATGGTGACTGAGTTCCTCTTCTCTATGTTCCCGCATGCGCACAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTGGCCTCTTATTCTTTATTCCCTTGCTTCTCATCTACGGATTTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTGGCCTCTTATTCTTTATTCCCTTGCTTCTCATCTACGGATTTATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACTGGAAACCTAATAATGTTCATTGTCATCCAGGTGGGCATGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACTGGAAACCTAATAATGTTCATTGTCATCCAGGTGGGCATGGCCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACCCCTTTGTATTTCTTTATCAGTGTCCTCTCCTTCCTGGAGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACACCCCTTTGTATTTCTTTATCAGTGTCCTCTCCTTCCTGGAGATCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATACCACAACCACCATCCCCAAGATGCTGTCCTGCCTAATCAGTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATACCACAACCACCATCCCCAAGATGCTGTCCTGCCTAATCAGTGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGAGCATTTCCGTGGCTGGCTGCCTCCTGCAGATGTACTTTTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGAGCATTTCCGTGGCTGGCTGCCTCCTGCAGATGTACTTTTTCCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACTTGGTATCACAGAAAGCTGTGTCCTGACAGCAATGGCCATTGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACTTGGTATCACAGAAAGCTGTGTCCTGACAGCAATGGCCATTGACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACATAGCTATCTGCAATCCACTCCGTTACCCAACCATCATGATTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACATAGCTATCTGCAATCCACTCCGTTACCCAACCATCATGATTCCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTTTGTATCCAGCTGACAGTTGGATCCTGCTTTTGTGGCTTCCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTTTGTATCCAGCTGACAGTTGGATCCTGCTTTTGTGGCTTCCTCCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTTCCTGAGATTGCATGGATTTCCACCTTGCCTTTCTGTGGCTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTTCCTGAGATTGCATGGATTTCCACCTTGCCTTTCTGTGGCTCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGATCCACCAGATATTCTGTGATTTCACACCTGTGCTGAGCTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGATCCACCAGATATTCTGTGATTTCACACCTGTGCTGAGCTTGGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACAGATACATTCCTAGTGGTCATTGTGGATGCCATCCATGCAGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACAGATACATTCCTAGTGGTCATTGTGGATGCCATCCATGCAGCGGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTGTAGCCTCCTTCCTGGTCATTGCTCTATCCTACATCCGGATTATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGTAGCCTCCTTCCTGGTCATTGCTCTATCCTACATCCGGATTATTATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGATTCTGGGAATGCACTCAGCTGAAGGTCATCACAAGGCCTTTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGATTCTGGGAATGCACTCAGCTGAAGGTCATCACAAGGCCTTTTCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTGTGCTGCTCACCTTGCTGTGTTCTTGCTATTTTTTGGCAGTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTGTGCTGCTCACCTTGCTGTGTTCTTGCTATTTTTTGGCAGTGTGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCATGTATTTGAGATTCTCAGCCACCTACTCAGTGTTTTGGGACACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCATGTATTTGAGATTCTCAGCCACCTACTCAGTGTTTTGGGACACAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTGCTGTCACTTTTGTTATCCTTGCTCCCTTTTTCAACCCCATCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTGCTGTCACTTTTGTTATCCTTGCTCCCTTTTTCAACCCCATCATCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TAGCCTGAAAAACAAGGACATGAAAGAGGCTATTGGAAGGCTTTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TAGCCTGAAAAACAAGGACATGAAAGAGGCTATTGGAAGGCTTTTCCACT

   1000     .    :    .    :    .
   1001 ATCAGAAGAGGGCTGGTTGGGCTGGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATCAGAAGAGGGCTGGTTGGGCTGGGAAA