seq1 = pF1KE5480.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE5480/gi568815584r_20540699.tfa (gi568815584r:20540699_20741691), 200993 bp

>pF1KE5480 993
>gi568815584r:20540699_20741691 (Chr14)

(complement)

1-993  (100001-100993)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCCTGATGGGAACCACAGTAGTGATCCAACAGAGTTCGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCCTGATGGGAACCACAGTAGTGATCCAACAGAGTTCGTCCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGCTCCCAAATCTCAACAGCGCAAGAGTGGAATTATTTTCTGTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGCTCCCAAATCTCAACAGCGCAAGAGTGGAATTATTTTCTGTGTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTTGTCTATCTCCTGAATCTGACAGGCAATGTGTTGATTGTGGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTTGTCTATCTCCTGAATCTGACAGGCAATGTGTTGATTGTGGGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAAGGGCTGATACTCGACTACAGACCCCTATGTACTTCTTTCTGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAAGGGCTGATACTCGACTACAGACCCCTATGTACTTCTTTCTGGGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGTCCTGCCTAGAGATACTGCTCACTTCTGTCATCATTCCAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGTCCTGCCTAGAGATACTGCTCACTTCTGTCATCATTCCAAAGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAGCAATTTCCTCTCAAGGCAACACACTATTTCCTTTGCTGCATGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAGCAATTTCCTCTCAAGGCAACACACTATTTCCTTTGCTGCATGTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCAATTCTATTTCTACTTCTTTCTCGGGGCCTCCGAGTTCTTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCAATTCTATTTCTACTTCTTTCTCGGGGCCTCCGAGTTCTTACTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTGTCATGTCTGCGGATCGCTACCTGGCCATCTGTCATCCTCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCTGTCATGTCTGCGGATCGCTACCTGGCCATCTGTCATCCTCTGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCCCTTGCTCATGAGTGGGGCTGTGTGCTTTCGTGTGGCCTTGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCCCTTGCTCATGAGTGGGGCTGTGTGCTTTCGTGTGGCCTTGGCCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGGTGGGGGGACTCGTCCCTGTGCTTGGTCCCACAGTGGCTGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGGTGGGGGGACTCGTCCCTGTGCTTGGTCCCACAGTGGCTGTGGCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTTCCTTTCTGTAAGCAGGGTGCTGTGGTACAGCACTTCTTCTGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTTCCTTTCTGTAAGCAGGGTGCTGTGGTACAGCACTTCTTCTGCGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGGCCCACTGCTCCGCCTGGCTTGCACCAACACCAAGAAGCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGGCCCACTGCTCCGCCTGGCTTGCACCAACACCAAGAAGCTGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTGACTTTGTCCTGGCCTCCCTCGTCATTGTATCTTCCTTGCTGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTGACTTTGTCCTGGCCTCCCTCGTCATTGTATCTTCCTTGCTGATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCTGTGTCCTACGGCCTCATTGTGCTGGCTGTCCTGAGCATCCCCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100651 TGCTGTGTCCTACGGCCTCATTGTGCTGGCAGTCCTGAGCATCCCCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTCAGGCCATCAGAAGGCCTTCTCTACCTGTACCTCCCACTTGATAGTG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTCAGGCCGTCAGAAGGCCTTCTCTACCTGTACCTCCCACTTGATAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGACCCTCTTCTATGGAAGTGCCATTTTTCTCTATGTGCGGCCATCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGACCCTCTTCTATGGAAGTGCCATTTTTCTCTATGTGCGGCCATCGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGTGGTTCTGTGGACACTAACTGGGCAGTGACAGTAATAACGACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAGTGGTTCTGTGGACACTAACTGGGCAGTGACAGTAATAACGACATTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGACACCACTGTTGAATCCATTCATCTATGCCTTACGTAATGAGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGACACCACTGTTGAATCCATTCATCTATGCCTTACGTAATGAGCAAGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGGAAGCTTTGAAGGACATGTTTAGGAAGGTAGTGGCAGGCGTTTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGGAAGCTTTGAAGGACATGTTTAGGAAGGTAGTGGCAGGCGTTTTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAATCTTTTACTTGATAAATGTCTCAGTGAGAAAGCAGTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAATCTTTTACTTGATAAATGTCTCAGTGAGAAAGCAGTAAAG