seq1 = pF1KE5478.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KE5478/gi568815587f_6821002.tfa (gi568815587f:6821002_7021991), 200990 bp

>pF1KE5478 990
>gi568815587f:6821002_7021991 (Chr11)

1-990  (100001-100990)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTTCTTTTTTCTTGTGCCAAACAGGTAAACAGGCAAAAATATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTTCTTTTTTCTTGTGCCAAACAGGTAAACAGGCAAAAATATCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGAAGAAAACCAAACCTTTGTGTCCAAGTTTATCTTCCTGGGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGAAGAAAACCAAACCTTTGTGTCCAAGTTTATCTTCCTGGGTCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACAGGACTTGCAGACCCAGATCCTGCTATTTATCCTTTTCCTCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACAGGACTTGCAGACCCAGATCCTGCTATTTATCCTTTTCCTCATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATCTGCTGACCGTGCTTGGAAACCAGCTCATCATCATTCTCATCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATCTGCTGACCGTGCTTGGAAACCAGCTCATCATCATTCTCATCTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATTCTCGCCTTCACACTCCCATGTATTTTTTTCTTAGAAATATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100201 GGATTCTCGCCTTCACACTCCCATGTATTTTTTTCTTAGAAATCTCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGCAGATCTCTGTTTCTCTACTAGCATTGTCCCTCAAGTGTTGGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGCAGATCTCTGTTTCTCTACTAGCATTGTCCCTCAAGTGTTGGTTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTTGGTAAAGAGGAAAACCATTTCTTTTTATGGGTGTATGACACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTTGGTAAAGAGGAAAACCATTTCTTTTTATGGGTGTATGACACAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATTGTCTTTCTTCTGGTTGGGTGTACAGAGTGTGCGCTGCTGGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATTGTCTTTCTTCTGGTTGGGTGTACAGAGTGTGCGCTGCTGGCAGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGTCCTATGACCGGTATGTGGCTGTCTGCAAGCCCCTGTACTACTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGTCCTATGACCGGTATGTGGCTGTCTGCAAGCCCCTGTACTACTCTACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCATGACACAACGGGTGTGTCTCTGGCTGTCCTTCAGGTCCTCGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100451 ATCATGACACAACGGGTGTGTCTCTGGCTGTCCTTCAGGTCCTGGGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGGGCACTAGTGTCTTTAGTAGATACCAGCTTTACTTTCCATCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGGGCACTAGTGTCTTTAGTAGATACCAGCTTTACTTTCCATCTTCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACTGGGGACAGAATATAATCAATCACTACTTTTGTGAACCTCCTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACTGGGGACAGAATATAATCAATCACTACTTTTGTGAACCTCCTGCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGAAGCTGGCTTCCATAGACACTTACAGCACAGAAATGGCCATCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGAAGCTGGCTTCCATAGACACTTACAGCACAGAAATGGCCATCTTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATGGGCGTGGTAATCCTCCTGGCCCCTGTCTCCCTGATTCTTGGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATGGGCGTGGTAATCCTCCTGGCCCCTGTCTCCCTGATTCTTGGTTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATTGGAATATTATCTCCACTGTTATCCAGATGCAGTCTGGGGAAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATTGGAATATTATCTCCACTGTTATCCAGATGCAGTCTGGGGAAGGGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCAAGGCTTTTTCCACCTGTGGCTCCCATCTTATTGTTGTTGTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCAAGGCTTTTTCCACCTGTGGCTCCCATCTTATTGTTGTTGTCCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTATGGGTCAGGAATATTCACCTACATGCGACCAAACTCCAAGACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTATGGGTCAGGAATATTCACCTACATGCGACCAAACTCCAAGACTACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGAACTGGATAAAATGATATCTGTGTTCTATACAGCGGTGACTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGAACTGGATAAAATGATATCTGTGTTCTATACAGCGGTGACTCCAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGAACCCCATAATTTATAGCTTGAGGAACAAAGATGTCAAAGGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGAACCCCATAATTTATAGCTTGAGGAACAAAGATGTCAAAGGGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGGAAACTAGTTGGGAGAAAGTGCTTCTCTCATAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGGAAACTAGTTGGGAGAAAGTGCTTCTCTCATAGGCAG