seq1 = pF1KE5476.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE5476/gi568815587f_48224941.tfa (gi568815587f:48224941_48425927), 200987 bp

>pF1KE5476 987
>gi568815587f:48224941_48425927 (Chr11)

1-987  (100001-100987)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAATTAGTTCTATTACTTATGTTTCTCCTTGTCTTTATAGGCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAATTAGTTCTATTACTTATGTTTCTCCTTGTCTTTATAGGCAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCACCTGCATTCTCAGTGACCTTGGAATCTATGGACATACCACAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCACCTGCATTCTCAGTGACCTTGGAATCTATGGACATACCACAAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACAGAATTTTTCATGCTGGGGCTCTCACAGAACTCAGAGGTACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACAGAATTTTTCATGCTGGGGCTCTCACAGAACTCAGAGGTACAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTCTCTTTGTGGTCTTTTTGCTGATCTATGTGGTCACGGTTTGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTCTCTTTGTGGTCTTTTTGCTGATCTATGTGGTCACGGTTTGTGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGCTCATTGTGGTCACTATCACCTCCAGCCCCACGCTGGCTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGCTCATTGTGGTCACTATCACCTCCAGCCCCACGCTGGCTTCCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTATTTTTTCCTGGCCAACCTATCCTTTATTGACACCTTTTATTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTATTTTTTCCTGGCCAACCTATCCTTTATTGACACCTTTTATTCTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTATGGCTCCTAAACTCATTGCTGACTCATTGTATGAGGGGAGAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTATGGCTCCTAAACTCATTGCTGACTCATTGTATGAGGGGAGAACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCTTATGAGTGCTGCATGGCTCAGCTCTTTGGAGCTCATTTTTTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCTTATGAGTGCTGCATGGCTCAGCTCTTTGGAGCTCATTTTTTGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGTTGAGATCATTCTGCTCACAGTGATGGCTTATGACCGCTATGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGTTGAGATCATTCTGCTCACAGTGATGGCTTATGACCGCTATGTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCTGTAAGCCCCTGCACAATACTACCATCATGACCAGGCATCTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCTGTAAGCCCCTGCACAATACTACCATCATGACCAGGCATCTCTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGCTTGTAGGGGTGGCTTGGCTTGGGGGCTTCCTGCATTCATTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGCTTGTAGGGGTGGCTTGGCTTGGGGGCTTCCTGCATTCATTGGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTCCTCCTGGTCCTTTGGTTGCCCTTCTGTGGGCCCAATGTGATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTCCTCCTGGTCCTTTGGTTGCCCTTCTGTGGGCCCAATGTGATCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACTTTGCCTGTGACTTGTACCCTTTGCTGGAAGTTGCCTGCACCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100601 CACTTTGCCTGTGACTTGTACCCTTTGCTGGAAGTTGCCTGCACCAATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTATGTCATTGGTCTGCTGGTGGTTGCCAACAGTGGTTTAATCTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTATGTCATTGGTCTGCTGGTGGTTGCCAACAGTGGTTTAATCTGCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGAACTTCCTCATGCTGGCTGCCTCCTACATTGTCATCCTGTACTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGAACTTCCTCATGCTGGCTGCCTCCTACATTGTCATCCTGTACTCCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGGTCCCACAGTGCAGATGGGAGATGCAAAGCCCTCTCCACCTGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGGTCCCACAGTGCAGATGGGAGATGCAAAGCCCTCTCCACCTGTGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCACTTCATTGTTGTTGCCTTGTTCTTTGTGCCCTGTATATTTACTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCACTTCATTGTTGTTGCCTTGTTCTTTGTGCCCTGTATATTTACTTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCATCCATTTTCTACTTTACCTATAGACAAAAATATGGCATTATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCATCCATTTTCTACTTTACCTATAGACAAAAATATGGCATTATTTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGTATTCTGACACCTATGTTGAATCCACTCATTTATACCCTGAGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGTATTCTGACACCTATGTTGAATCCACTCATTTATACCCTGAGAAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .
    951 AGAGGTAAAAAATGCCATGAGAAAGCTCTTTACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGAGGTAAAAAATGCCATGAGAAAGCTCTTTACATGG