seq1 = pF1KE5461.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE5461/gi568815586f_55451227.tfa (gi568815586f:55451227_55652153), 200927 bp

>pF1KE5461 927
>gi568815586f:55451227_55652153 (Chr12)

1-927  (100001-100927)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAACAGAACCATGTTTGGTGAGTTTATTCTACTGGGCCTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAAACAGAACCATGTTTGGTGAGTTTATTCTACTGGGCCTTACAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAACCTGAACTCCAAGTGATGATATTCATCTTTCTGTTCCTCACCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAACCTGAACTCCAAGTGATGATATTCATCTTTCTGTTCCTCACCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTAAGTGTCCTAGGAAATCTGACTATTATCACCCTCACCTTACTAGAC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTAAGTATCCTAGGAAATCTGACTATTATCACCCTCACCTTACTAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCACCTCCAGACCCCCATGTATTTCTTCCTCCGGAATTTCTCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCACCTCCAGACCCCCATGTATTTCTTCCTCCGGAATTTCTCCTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAAATTTCCTTCACATCCATTTTTATTCCCAGATTTCTGACCAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAAATTTCCTTCACATCCATTTTTATTCCCAGATTTCTGACCAGCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAACAGGAAATAAAGTTATCAGCTTTGCTGGCTGCTTGACTCAGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAACAGGAAATAAAGTTATCAGCTTTGCTGGCTGCTTGACTCAGTATTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGCTATATTTCTTGGAGCTACCGAGTTTTACCTCCTGGCCTCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGCTATATTTCTTGGAGCTACCGAGTTTTACCTCCTGGCCTCCATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTATGATCGTTATGTGGCCATCTGCAAACCCTTGCATTACCTGACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTATGATCGTTATGTGGCCATCTGCAAACCCTTGCATTACCTGACTATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCAGCAGAGTCTGCATACAACTAGTGTTCTGCTCCTGGTTGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAGCAGCAGAGTCTGCATACAACTAGTGTTCTGCTCCTGGTTGGGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTAGCAATCTTACCACCAATCATCCTGATGACCCAGGTAGATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTAGCAATCTTACCACCAATCATCCTGATGACCCAGGTAGATTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTCTCCAACATTCTGAATCACTATTACTGTGACTATGGGCCTCTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTCTCCAACATTCTGAATCACTATTACTGTGACTATGGGCCTCTCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTTGCCTGCTCAGACACAAGCCTCTTAGAACTGATGGTCATCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTTGCCTGCTCAGACACAAGCCTCTTAGAACTGATGGTCATCCTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCGTTGTGACTCTCATGGTTACTCTGGTGCTGGTGACACTTTCTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCGTTGTGACTCTCATGGTTACTCTGGTGCTGGTGACACTTTCTTACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATACATTATCAGGACTATTCTGAGGATCCCTTCTGCCCAGCAAAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATACATTATCAGGACTATTCTGAGGATCCCTTCTGCCCAGCAAAGGACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCTTTTCCACTTGTTCCTCCCACATGATTGTCATCTCCCTCTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCTTTTCCACTTGTTCCTCCCACATGATTGTCATCTCCCTCTCTTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAGCTGCATGTTTATGTACATTAATCCTTCTGCAAAAGAAGGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGCAGCTGCATGTTTATGTACATTAATCCTTCTGCAAAAGAAGGAGGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTTCAACAAAGGAATAGCTGTACTCATTACTTCGGTTACTCCCTTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTTCAACAAAGGAATAGCTGTACTCATTACTTCGGTTACTCCCTTACTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCCTTCATATATACTTTAAGAAATCAGCAAGTGAAACAAGCTTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCCTTCATATATACTTTAAGAAATCAGCAAGTGAAACAAGCTTTCAAG

    900     .    :    .    :    .
    901 GACTCAGTCAAAAAGATTGTGAAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACTCAGTCAAAAAGATTGTGAAACTT