seq1 = pF1KE5456.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE5456/gi568815587f_55711467.tfa (gi568815587f:55711467_55912399), 200933 bp

>pF1KE5456 933
>gi568815587f:55711467_55912399 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAGGAAAACTGCACCACTGTGGCTGAGTTCATTCTCCTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAGGAAAACTGCACCACTGTGGCTGAGTTCATTCTCCTTGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAGATGTCCCTGAGTTGAGAGTCTGCCTCTTCCTGCTGTTCCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAGATGTCCCTGAGTTGAGAGTCTGCCTCTTCCTGCTGTTCCTTCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATGGAGTCACGTTGTTAGCCAACCTGGGCATGATTGCACTGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATGGAGTCACGTTGTTAGCCAACCTGGGCATGATTGCACTGATTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGCTCTCGGCTCCACACCCCCATGTACTTTTTCCTCAGCCACTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGCTCTCGGCTCCACACCCCCATGTACTTTTTCCTCAGCCACTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCTGTAGATTTCTGCTACTCCTCAATAATTGTGCCAAAAATGTTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCTGTAGATTTCTGCTACTCCTCAATAATTGTGCCAAAAATGTTGGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATCTTTAACAAGGACAAAGCCATCTCCTTCCTAGGGTGCATGGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATATCTTTAACAAGGACAAAGCCATCTCCTTCCTAGGGTGCATGGTGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTACTTGTTTTGCACTTGTGTGGTCACTGAGGTCTTCCTGCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTACTTGTTTTGCACTTGTGTGGTCACTGAGGTCTTCCTGCTGGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCTTTGTGGCCATCTGTAACCCTTTGCTATACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCTTTGTGGCCATCTGTAACCCTTTGCTATACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACCATGTCTTGGAAGGTGCGTGTGGAGCTGGCTTCTTGCTGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCACCATGTCTTGGAAGGTGCGTGTGGAGCTGGCTTCTTGCTGCTACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTGGGACGGTGTGTTCTCTGATTCATTTGTGCTTAGCTCTTAGGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTGGGACGGTGTGTTCTCTGATTCATTTGTGCTTAGCTCTTAGGATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTATAGATCTAATGTGATTAACCACTTTTTCTGTGATCTACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTATAGATCTAATGTGATTAACCACTTTTTCTGTGATCTACCTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTAAGTCTTGCTTGCTCTGATATCACTGTGAATGAGACACTGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTAAGTCTTGCTTGCTCTGATATCACTGTGAATGAGACACTGCTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGTGGCCACTTTGAATGAGAGTGTTACCATCATGATCATCCTCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGGTGGCCACTTTGAATGAGAGTGTTACCATCATGATCATCCTCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACCTGCTAATTCTCACCACCATCCTGAAGATGGGCTCTGCAGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACCTGCTAATTCTCACCACCATCCTGAAGATGGGCTCTGCAGAGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGCACAAAGCCTTCTCCACCTGTGCTTCCCACCTCACAGCTATCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGCACAAAGCCTTCTCCACCTGTGCTTCCCACCTCACAGCTATCACTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCCATGGAACAGTCCTTTCCATTTATTGCAGGCCCAGTTCAGGCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCCATGGAACAGTCCTTTCCATTTATTGCAGGCCCAGTTCAGGCAATAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGGAGATGCTGACAAAGTGGCCACCGTGTTCTACACAGTCGTGATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGGAGATGCTGACAAAGTGGCCACCGTGTTCTACACAGTCGTGATTCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGAACTCTGTGATCTACAGCCTGAGAAATAAAGATGTGAAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGAACTCTGTGATCTACAGCCTGAGAAATAAAGATGTGAAAGAAGCT

    900     .    :    .    :    .    :
    901 CTCAGAAAAGTGATGGGCTCCAAAATTCACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCAGAAAAGTGATGGGCTCCAAAATTCACTCC