seq1 = pF1KE5452.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KE5452/gi568815593f_177775595.tfa (gi568815593f:177775595_177983827), 208233 bp

>pF1KE5452 1053
>gi568815593f:177775595_177983827 (Chr5)

1-267  (100001-100266)   99% ->
268-424  (100938-101094)   99% ->
425-629  (103050-103254)   100% ->
630-791  (106775-106936)   100% ->
792-892  (107058-107158)   100% ->
893-1053  (108073-108233)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTCCCCGCTGCAGCCATGGGGCCCTCGGCGTTGGGCCAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTCCCCGCTGCAGCCATGGGGCCCTCGGCGTTGGGCCAGAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGCTCGATGGCCCCGTGGTGCTCAGTGAGCAGCGGCCCGTCGCGCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCGGCTCGATGGCCCCGTGGTGCTCAGTGAGCAGCGGCCCGTCGCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGTGCTTGGGATGCAGGAGCTGTTCCGGGGCCACAGCAAGACGCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGTGCTTGGGATGCAGGAGCTGTTCCGGGGCCACAGCAAGACGCGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCTGGCGCACAGCGCCAAGGTGCACTCGGTGGCCTGGAGTTGCGACGG
        |||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTC TGGCGCACAGCGCCAAGGTGCACTCGGTGGCCTGGAGTTGCGACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGTCGCCTAGCCTCGGGGTCCTTCGACAAGACGGCCAGCGTCTTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 GCGTCGCCTAGCCTCGGGGTCCTTCGACAAGACGGCCAGCGTCTTCTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGAAGGACCGGTTG         GTCAAAGAAAACAATTATCGGGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100250 TGGAGAAGGACCGGTTGGTG...CAGGTCAAAGAAAACAATTATCGGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATGGGGATAGTGTGGACCAGCTTTGTTGGCATCCAAGTAATCCTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100962 CATGGGGATAGTGTGGACCAGCTTTGTTGGCATCCAAGTAATCCTGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTTGTTACGGCGTCTGGAGATAAAACCATTCGCATCTGGGATGTGAGGA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101012 ATTTGTTACGGCGTCCGGAGATAAAACCATTCGCATCTGGGATGTGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTACAAAATGCATTGCCACTGTGAACACTAAAG         GGGAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101062 CTACAAAATGCATTGCCACTGTGAACACTAAAGGTG...CAGGGGAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTAATATCTGCTGGAGTCCTGATGGGCAGACCATTGCTGTAGGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103058 ATTAATATCTGCTGGAGTCCTGATGGGCAGACCATTGCTGTAGGCAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGATGATGTGGTGACCTTTATTGATGCCAAGACACACCGTTCCAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 GGATGATGTGGTGACCTTTATTGATGCCAAGACACACCGTTCCAAAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGAGCAGTTCAAGTTCGAGGTCAACGAAATCTCCTGGAACAATGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 AAGAGCAGTTCAAGTTCGAGGTCAACGAAATCTCCTGGAACAATGACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATATGTTCTTCCTGACAAATGGCAATGGTTGTATCAACATCCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103208 AATATGTTCTTCCTGACAAATGGCAATGGTTGTATCAACATCCTCAGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630       CTACCCAGAACTGAAGCCTGTGCAGTCCATCAACGCCCATCCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103258 ...CAGCTACCCAGAACTGAAGCCTGTGCAGTCCATCAACGCCCATCCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAACTGCATCTGTATCAAGTTTGACCCCATGGGGAAGTACTTTGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106819 CCAACTGCATCTGTATCAAGTTTGACCCCATGGGGAAGTACTTTGCCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAAGTGCAGATGCTTTGGTCAGCCTCTGGGATGTGGATGAGTTAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106869 GGAAGTGCAGATGCTTTGGTCAGCCTCTGGGATGTGGATGAGTTAGTGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTTCGGTGCTTTTCCAG         GCTGGATTGGCCTGTAAGAACCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106919 TGTTCGGTGCTTTTCCAGGTA...TAGGCTGGATTGGCCTGTAAGAACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCAGTTTCAGCCATGATGGGAAAATGCTGGCGTCAGCATCGGAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107081 TCAGTTTCAGCCATGATGGGAAAATGCTGGCGTCAGCATCGGAAGATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTATTGACATTGCTGAAGTGGAGACAG         GGGACAAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107131 TTTATTGACATTGCTGAAGTGGAGACAGGTA...TAGGGGACAAACTATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAGGTACAGTGTGAGTCTCCGACCTTCACAGTGGCGTGGCACCCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 108086 GGAGGTACAGTGTGAGTCTCCGACCTTCACAGTGGCATGGCACCCCAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGCCTCTGCTGGCATTTGCCTGTGATGACAAAGACGGCAAATATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108136 GGCCTCTGCTGGCATTTGCCTGTGATGACAAAGACGGCAAATATGACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1006 AGCCGGGAAGCCGGAACTGTGAAGCTGTTTGGGCTTCCTAATGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108186 AGCCGGGAAGCCGGAACTGTGAAGCTGTTTGGGCTTCCTAATGATTCT