seq1 = pF1KE5417.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE5417/gi568815578f_45692005.tfa (gi568815578f:45692005_45911192), 219188 bp

>pF1KE5417 987
>gi568815578f:45692005_45911192 (Chr20)

1-105  (100001-100105)   99% ->
106-176  (100673-100743)   100% ->
177-273  (101917-102013)   100% ->
274-372  (103341-103439)   100% ->
373-441  (109070-109138)   100% ->
442-498  (109398-109454)   100% ->
499-557  (109995-110053)   100% ->
558-603  (111329-111374)   100% ->
604-662  (113142-113200)   100% ->
663-723  (113302-113362)   100% ->
724-795  (117110-117181)   100% ->
796-851  (118881-118936)   100% ->
852-987  (119053-119188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCCACTGGCGACGCCGAGCAGCCGCGGGGACCCAGCGGGGCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100001 ATGGGAGCCACTGGCGACGCCGAGCAGCCGCGGGGACCTAGCGGGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGGCGGCTTGGAGCTGGGGGATGCGGGCGCAGCGGGGCAGCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGGGCGGCTTGGAGCTGGGGGATGCGGGCGCAGCGGGGCAGCTGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTACG         AACCCTTGGAACATAATGATAAAGCACCGGCAGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTACGGTG...CAGAACCCTTGGAACATAATGATAAAGCACCGGCAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCGGAGGGGCCGCCGCTCACAGATGACAACAAG         TTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100709 CAGCGGAGGGGCCGCCGCTCACAGATGACAACAAGGTA...CAGTTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATCCTGCCATCTCCATGGATCTCCTCCGAGCTGTCCTGCAGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101923 AGATCCTGCCATCTCCATGGATCTCCTCCGAGCTGTCCTGCAGCCCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAACGAGGAGATCCAGACTGTCTTCAACAAGTACATGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101973 TCAACGAGGAGATCCAGACTGTCTTCAACAAGTACATGAAGGTG...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCTTCCAGAAGGCAGCACTGAACGTGCGAGACAATGTTGGGGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103341 TTCTTCCAGAAGGCAGCACTGAACGTGCGAGACAATGTTGGGGAGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACGCAGAGCAGCTGATCCAGGAAGCCTGTCGGAGCTGCCTGGAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103391 GGACGCAGAGCAGCTGATCCAGGAAGCCTGTCGGAGCTGCCTGGAGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GCTAAACTGCTCTTTTCAGATGGAGAAAAAGTAATACCCAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103441 TG...CAGGCTAAACTGCTCTTTTCAGATGGAGAAAAAGTAATACCCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGACCCATGAGCTTCCAGGAATAAAG         CGTGGCCGTCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109112 TTGACCCATGAGCTTCCAGGAATAAAGGTC...TAGCGTGGCCGTCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGAAGAAGAATGTGCCCATCGAGGAAGCCCCCTTCCTAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109412 AGAAGAAGAATGTGCCCATCGAGGAAGCCCCCTTCCTAAAAAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499   AGGAAAGGACGGCCTCCTGGACACATCCTGTCAAGCGACCGGGCAGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109993 AGAGGAAAGGACGGCCTCCTGGACACATCCTGTCAAGCGACCGGGCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCGGCATGGT         ATGGAAACCAAAATCCTGTGAACCAATTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110043 GCCGGCATGGTGTG...CAGATGGAAACCAAAATCCTGTGAACCAATTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCGGGAAGGCCCCAAG         TGGGACCCAGCTCGCCTGAATGAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111359 CCGGGAAGGCCCCAAGGTA...CAGTGGGACCCAGCTCGCCTGAATGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CTACCACCTTTGTGTTGGGATCTCGAGCCAACAA         AGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113167 CTACCACCTTTGTGTTGGGATCTCGAGCCAACAAGTA...CAGAGCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GGGATGGGGGGCACCAGAGGAAGAATCTACATCAAGCACCCACACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113309 GGGATGGGGGGCACCAGAGGAAGAATCTACATCAAGCACCCACACCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TAAG         TATGCAGCTGACCCCCAGGATAAGCACTGGCTGGCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113359 TAAGGTA...CAGTATGCAGCTGACCCCCAGGATAAGCACTGGCTGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AGCAGCATCACATGCGGGCAACAGGGGGCAAGATG         GCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117147 AGCAGCATCACATGCGGGCAACAGGGGGCAAGATGGTA...CAGGCCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CTCCTCATCGAGGAGGACATCCGGGACCTTGCGGCCAGTGATGATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118887 CTCCTCATCGAGGAGGACATCCGGGACCTTGCGGCCAGTGATGATTACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852          AGGATGCCTGGATCTGAAGCTAGAGGAATTGAAATCCTTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118937 GTA...CAGAGGATGCCTGGATCTGAAGCTAGAGGAATTGAAATCCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TCCTACCCTCCTGGATGGTGGAGAAGATGAGAAAGTATATGGAGACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119094 TCCTACCCTCCTGGATGGTGGAGAAGATGAGAAAGTATATGGAGACACTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    943 CGGACAGAGAATGAGCATCGTGCTGTTGAAGCACCTCCACAGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119144 CGGACAGAGAATGAGCATCGTGCTGTTGAAGCACCTCCACAGACC