seq1 = pF1KE5408.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KE5408/gi568815597f_233514172.tfa (gi568815597f:233514172_233771527), 257356 bp

>pF1KE5408 1008
>gi568815597f:233514172_233771527 (Chr1)

1-355  (100001-100355)   100% ->
356-751  (152424-152819)   100% ->
752-1008  (157100-157356)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCAGTCCCTGGCCGGCAGCTCGTGCGTGCGCCTGGTGGAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCAGTCCCTGGCCGGCAGCTCGTGCGTGCGCCTGGTGGAGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTCGGCCTGGTGCTTCGGCTTCCTGGTGCTGGGCTACTTGCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCTCGGCCTGGTGCTTCGGCTTCCTGGTGCTGGGCTACTTGCTCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTCTTCGGCGCAGTGGTCTTCTCCTCGGTGGAGCTGCCCTATGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTCTTCGGCGCAGTGGTCTTCTCCTCGGTGGAGCTGCCCTATGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTGCGCCAGGAGCTGCGCAAGCTGAAGCGACGCTTCTTGGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTGCGCCAGGAGCTGCGCAAGCTGAAGCGACGCTTCTTGGAGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGTGCCTGTCTGAGCAGCAGCTGGAGCAGTTCCTGGGCCGGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGTGCCTGTCTGAGCAGCAGCTGGAGCAGTTCCTGGGCCGGGTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGCCAGCAACTACGGCGTGTCGGTGCTCAGCAACGCCTCGGGCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGCCAGCAACTACGGCGTGTCGGTGCTCAGCAACGCCTCGGGCAACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACTGGGACTTCACCTCCGCGCTCTTCTTCGCCAGCACCGTGCTCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACTGGGACTTCACCTCCGCGCTCTTCTTCGCCAGCACCGTGCTCTCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACAG         GTTATGGCCACACCGTGCCCTTGTCAGATGGAGGTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACAGGTA...CAGGTTATGGCCACACCGTGCCCTTGTCAGATGGAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGCCTTCTGCATCATCTACTCCGTCATTGGCATTCCCTTCACCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152460 AGGCCTTCTGCATCATCTACTCCGTCATTGGCATTCCCTTCACCCTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCTGACGGCTGTGGTCCAGCGCATCACCGTGCACGTCACCCGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152510 TTCCTGACGGCTGTGGTCCAGCGCATCACCGTGCACGTCACCCGCAGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGTCCTCTACTTCCACATCCGCTGGGGCTTCTCCAAGCAGGTGGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152560 GGTCCTCTACTTCCACATCCGCTGGGGCTTCTCCAAGCAGGTGGTGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCGTCCATGCCGTGCTCCTTGGGTTTGTCACTGTGTCCTGCTTCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152610 TCGTCCATGCCGTGCTCCTTGGGTTTGTCACTGTGTCCTGCTTCTTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCCCGGCCGCTGTCTTCTCAGTCCTGGAGGATGACTGGAACTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152660 ATCCCGGCCGCTGTCTTCTCAGTCCTGGAGGATGACTGGAACTTCCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ATCCTTTTATTTTTGTTTTATTTCCCTGAGCACCATTGGCCTGGGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152710 ATCCTTTTATTTTTGTTTTATTTCCCTGAGCACCATTGGCCTGGGGGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGTGCCTGGGGAAGGCTACAATCAAAAATTCAGAGAGCTCTATAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152760 ATGTGCCTGGGGAAGGCTACAATCAAAAATTCAGAGAGCTCTATAAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGATCACGT         GTTACCTGCTACTTGGCCTTATTGCCATGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 152810 GGGATCACGTGTG...CAGGTTACCTGCTACTTGGCCTTATTGCCATGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGTAGTTCTGGAAACCTTCTGTGAACTCCATGAGCTGAAAAAATTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157131 GGTAGTTCTGGAAACCTTCTGTGAACTCCATGAGCTGAAAAAATTCAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAATGTTCTATGTGAAGAAGGACAAGGACGAGGATCAGGTGCACATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157181 AAATGTTCTATGTGAAGAAGGACAAGGACGAGGATCAGGTGCACATCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAGCATGACCAACTGTCATTCTCCTCGATCACAGACCAGGCAGCTGGCAT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 157231 GAGCATGACCAACTGTCCTTCTCCTCGATCACAGACCAGGCAGCTGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAAAGAGGACCAGAAGCAAAATGAGCCTTTTGTGGCCACCCAGTCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157281 GAAAGAGGACCAGAAGCAAAATGAGCCTTTTGTGGCCACCCAGTCATCTG

   1000     .    :    .    :    .
    983 CCTGCGTGGATGGCCCTGCAAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 157331 CCTGCGTGGATGGCCCTGCAAACCAT