seq1 = pF1KE5406.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE5406/gi568815597r_31160075.tfa (gi568815597r:31160075_31396751), 236677 bp

>pF1KE5406 1071
>gi568815597r:31160075_31396751 (Chr1)

(complement)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-271  (103404-103533)   100% ->
272-365  (104746-104839)   100% ->
366-531  (107333-107498)   100% ->
532-654  (115256-115378)   100% ->
655-775  (125253-125373)   100% ->
776-858  (127512-127594)   100% ->
859-920  (128820-128881)   100% ->
921-1024  (135120-135223)   100% ->
1025-1071  (136631-136677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAGAACAGCAGAAGCGTAAGGGCCCAGAGTTGCCGCTGGTTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATAGAACAGCAGAAGCGTAAGGGCCCAGAGTTGCCGCTGGTTCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCGGCAGCGGCATGAGTTGCTGTTGGGAGCGGGGTCTGGCCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCGGCAGCGGCATGAGTTGCTGTTGGGAGCGGGGTCTGGCCCAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGCAGCAGCAGGCGACGCCGGGAGCCTTGCTGCAAGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CCGGGCAGCAGCAGGCGACGCCGGGAGCCTTGCTGCAAGCGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACCTCCAAGATGTTCCTCCCTTCAAGCCCCAATCATGCTGCTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103404 GGACCTCCAAGATGTTCCTCCCTTCAAGCCCCAATCATGCTGCTCTCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACATGAAGGGGAAGTCTACTGCTGCAAGTTCCACCCCAACGGATCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103454 ACATGAAGGGGAAGTCTACTGCTGCAAGTTCCACCCCAACGGATCCACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGCATCTGCAGGATTTGACCGACTGATAT         TACTGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103504 TAGCATCTGCAGGATTTGACCGACTGATATGTG...CAGTACTGTGGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCTATGGTGACTGTGATAACTATGCCACACTGAAGGGACACAGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 GTCTATGGTGACTGTGATAACTATGCCACACTGAAGGGACACAGTGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGATGGAATTGCATTACAACACAGATGGCAG         TATGCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104807 AGTGATGGAATTGCATTACAACACAGATGGCAGGTG...TAGTATGCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCAGCATCCACAGATAAAACCGTGGCTGTGTGGGATAGTGAAACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107341 TCTCAGCATCCACAGATAAAACCGTGGCTGTGTGGGATAGTGAAACAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAGGGTTAAAAGGCTAAAGGGACATACTTCCTTTGTGAATTCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107391 GAGAGGGTTAAAAGGCTAAAGGGACATACTTCCTTTGTGAATTCCTGTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCAGCCAGGAGAGGCCCTCAGCTTGTCTGCACTGGCAGTGACGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107441 TCCAGCCAGGAGAGGCCCTCAGCTTGTCTGCACTGGCAGTGACGATGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGTTAAG         CTTTGGGACATCCGGAAGAAAGCAGCCATCCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107491 CAGTTAAGGTG...CAGCTTTGGGACATCCGGAAGAAAGCAGCCATCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACATTTCAGAACACGTACCAGGTGTTAGCTGTGACCTTCAATGACACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115289 ACATTTCAGAACACGTACCAGGTGTTAGCTGTGACCTTCAATGACACAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATCAGATTATTTCTGGTGGAATAGACAATGATATCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115339 TGATCAGATTATTTCTGGTGGAATAGACAATGATATCAAGGTA...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTGGGACCTGCGCCAGAACAAGCTAACCTACACCATGAGAGGCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125254 TCTGGGACCTGCGCCAGAACAAGCTAACCTACACCATGAGAGGCCATGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATTCAGTGACTGGCCTGAGTTTAAGTTCTGAAGGCTCTTATCTTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125304 GATTCAGTGACTGGCCTGAGTTTAAGTTCTGAAGGCTCTTATCTTTTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAATGCAATGGACAATACAG         TTCGTGTCTGGGATGTCCGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125354 CAATGCAATGGACAATACAGGTA...CAGTTCGTGTCTGGGATGTCCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CATTTGCCCCCAAAGAGAGATGTGTAAAGATATTTCAAGGAAATGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127533 CATTTGCCCCCAAAGAGAGATGTGTAAAGATATTTCAAGGAAATGTGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACTTTGAAAAG         AACCTTCTGAGATGTTCTTGGTCACCTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 127583 AACTTTGAAAAGGTG...TAGAACCTTCTGAGATGTTCTTGGTCACCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGAAGCAAAATAGCAGCTGGCTCAGCCGACAG         GTTTGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128849 TGGAAGCAAAATAGCAGCTGGCTCAGCCGACAGGTA...CAGGTTTGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGTGTGGGATACCACAAGCAGGAGAATATTGTATAAGCTGCCCGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135128 ATGTGTGGGATACCACAAGCAGGAGAATATTGTATAAGCTGCCCGGCCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTGGCTCCATCAATGAAGTGGCTTTCCACCCTGATGAGCCCATCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 135178 GCTGGCTCCATCAATGAAGTGGCTTTCCACCCTGATGAGCCCATCAGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025      TTATCTCAGCATCGAGTGACAAGAGACTGTATATGGGAGAGATTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135228 ..CAGTTATCTCAGCATCGAGTGACAAGAGACTGTATATGGGAGAGATTC

   1150 
   1070 AG
        ||
 136676 AG