seq1 = pF1KE5379.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KE5379/gi568815587f_48163861.tfa (gi568815587f:48163861_48364775), 200915 bp

>pF1KE5379 915
>gi568815587f:48163861_48364775 (Chr11)

1-915  (100001-100915)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGCTACAAACAATGTGACTGAAATAATTTTCGTGGGATTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGCTACAAACAATGTGACTGAAATAATTTTCGTGGGATTTTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATTGGAGTGAGCAGAGGGTCATTTCTGTGATGTTTCTCCTCATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATTGGAGTGAGCAGAGGGTCATTTCTGTGATGTTTCTCCTCATGTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCTGTTGTGCTGGGCAATGGCCTCATTGTGGTGACCATCCTGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCTGTTGTGCTGGGCAATGGCCTCATTGTGGTGACCATCCTGGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGTGCTCACCTCCCCCATGTATTTCTTTCTCAGCTACTTATCCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGTGCTCACCTCCCCCATGTATTTCTTTCTCAGCTACTTATCCTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGATCTGCTACTGTTCTGTCATGGCCCCCAAGCTTATCTTTGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGATCTGCTACTGTTCTGTCATGGCCCCCAAGCTTATCTTTGACTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTATCAAGAGGAAAGTCATTTCTCTCAAGGGCTGCCTCACACAGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTATCAAGAGGAAAGTCATTTCTCTCAAGGGCTGCCTCACACAGATGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCCTCCATTTCTTTGGTGGCACTGAGGCCTTTCTCCTGATGGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCCTCCATTTCTTTGGTGGCACTGAGGCCTTTCTCCTGATGGTGATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAAGCCCTTGCACTACATGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAAGCCCTTGCACTACATGGCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAACCAGCGAATGTGTGGTCTCCTCGTGGGGATAGCATGGGGCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100401 TGAACCAGCGAATGTGTGGTCTCCTCGTGAGGATAGCATGGGGCGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCTGCATTCTGTTGGGCAAACCTTCCTGATTTTCCAGCTCCCGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCTGCATTCTGTTGGGCAAACCTTCCTGATTTTCCAGCTCCCGTTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCCCCAACATCATGGACCACTACTTCTGTGATGTCCACCCAGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCCCCAACATCATGGACCACTACTTCTGTGATGTCCACCCAGTGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTGGCCTGCGCAGACACCTTCTTCATTAGCCTGCTGATCATCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTGGCCTGCGCAGACACCTTCTTCATTAGCCTGCTGATCATCACCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCGGCTCCATCTCCGTAGTCAGTTTCTTCGTGCTGATGGCTTCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCGGCTCCATCTCCGTAGTCAGTTTCTTCGTGCTGATGGCTTCCTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATCATCCTGCACTTCCTGAGAAGCCACAACTTGGAGGGGCAGCACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATCATCCTGCACTTCCTGAGAAGCCACAACTTGGAGGGGCAGCACAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTCTCCACCTGTGCCTCTCATGTCACAGTTGTCGACCTGTTCTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTCTCCACCTGTGCCTCTCATGTCACAGTTGTCGACCTGTTCTTCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTTGCTCCTTGGTCTATATTAGGCCCTGTGTCACCCTCCCTGCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCTTGCTCCTTGGTCTATATTAGGCCCTGTGTCACCCTCCCTGCAGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATAGTTGCTGTATTTTATACAGTGGTCACACCTCTCTTAAACCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATAGTTGCTGTATTTTATACAGTGGTCACACCTCTCTTAAACCCTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTTACTCCTTCAGGAATGCTGAAGTGAAAAATGCCATGAGGAGATTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTTACTCCTTCAGGAATGCTGAAGTGAAAAATGCCATGAGGAGATTTATT

    900     .    :    .
    901 GGGGGAAAAGTAATT
        |||||||||||||||
 100901 GGGGGAAAAGTAATT