seq1 = pF1KE5359.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KE5359/gi568815594r_140459899.tfa (gi568815594r:140459899_140668729), 208831 bp

>pF1KE5359 921
>gi568815594r:140459899_140668729 (Chr4)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-325  (100753-100951)   100% ->
326-526  (105212-105412)   100% ->
527-628  (105519-105620)   100% ->
629-809  (106357-106537)   100% ->
810-921  (108720-108831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGGCCTGACAGCCTCGGACGTACACCCGACCCTGGGGGTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGGCCTGACAGCCTCGGACGTACACCCGACCCTGGGGGTCCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTCAGCTGGAATAGCGGCGTGCTTGGCGGACGTGATCACCTTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTCAGCTGGAATAGCGGCGTGCTTGGCGGACGTGATCACCTTCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACACGGCCAAAGTCCGGCTCCAG         GTCCAAGGTGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 TGGACACGGCCAAAGTCCGGCTCCAGGTA...CAGGTCCAAGGTGAATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGACGTCCAGTGTTATTAGGTATAAAGGTGTCCTGGGAACAATCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 CCGACGTCCAGTGTTATTAGGTATAAAGGTGTCCTGGGAACAATCACCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGTAAAAACAGAAGGGCGGATGAAACTCTACAGCGGGCTGCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 TGTGGTAAAAACAGAAGGGCGGATGAAACTCTACAGCGGGCTGCCTGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTTCAGCGGCAAATCAGCTCCGCCTCTCTCAGGATCGGCCTCTACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 GGCTTCAGCGGCAAATCAGCTCCGCCTCTCTCAGGATCGGCCTCTACGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACGGTCCAGGAGTTCCTCACCGCAGGGAAAGAAA         CAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100918 ACGGTCCAGGAGTTCCTCACCGCAGGGAAAGAAAGTA...TAGCAGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGTTTAGGAAGCAAGATTTTAGCTGGTCTAACGACTGGAGGAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105219 TAGTTTAGGAAGCAAGATTTTAGCTGGTCTAACGACTGGAGGAGTGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TATTCATTGGGCAACCCACAGAGGTCGTGAAAGTCAGACTTCAAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105269 TATTCATTGGGCAACCCACAGAGGTCGTGAAAGTCAGACTTCAAGCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCCATCTCCACGGAATCAAACCTCGCTACACGGGGACTTATAATGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105319 AGCCATCTCCACGGAATCAAACCTCGCTACACGGGGACTTATAATGCGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGAATAATAGCAACAACCGAAGGCTTGACGGGTCTTTGGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105369 CAGAATAATAGCAACAACCGAAGGCTTGACGGGTCTTTGGAAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527    GGACTACTCCCAATCTGATGAGAAGTGTCATCATCAATTGTACAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105516 CAGGGACTACTCCCAATCTGATGAGAAGTGTCATCATCAATTGTACAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGTAACATATGATCTAATGAAGGAGGCCTTTGTGAAAAACAACATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105566 CTAGTAACATATGATCTAATGAAGGAGGCCTTTGTGAAAAACAACATATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCAG         ATGACGTCCCCTGCCACTTGGTGTCGGCTCTTATCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105616 AGCAGGTA...TAGATGACGTCCCCTGCCACTTGGTGTCGGCTCTTATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGGATTTTGCGCAACAGCTATGTCCTCCCCGGTGGATGTAGTAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106393 CTGGATTTTGCGCAACAGCTATGTCCTCCCCGGTGGATGTAGTAAAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGATTTATTAATTCTCCACCAGGACAGTACAAAAGTGTGCCCAACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106443 AGATTTATTAATTCTCCACCAGGACAGTACAAAAGTGTGCCCAACTGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATGAAAGTGTTCACTAACGAAGGACCAACGGCTTTCTTCAAGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106493 AATGAAAGTGTTCACTAACGAAGGACCAACGGCTTTCTTCAAGGGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    810     GTTGGTACCTTCCTTCTTGCGACTTGGATCCTGGAACGTCATTATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106543 .TAGGTTGGTACCTTCCTTCTTGCGACTTGGATCCTGGAACGTCATTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTGTGTGCTTTGAACAACTGAAACGAGAACTGTCAAAGTCAAGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108766 TTTGTGTGCTTTGAACAACTGAAACGAGAACTGTCAAAGTCAAGGCAGAC

    950     .    :    .
    906 TATGGACTGTGCCACA
        ||||||||||||||||
 108816 TATGGACTGTGCCACA