seq1 = pF1KE5333.tfa, 825 bp
seq2 = pF1KE5333/gi568815579f_53812832.tfa (gi568815579f:53812832_54042290), 229459 bp

>pF1KE5333 825
>gi568815579f:53812832_54042290 (Chr19)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-283  (101669-101755)   100% ->
284-424  (102534-102674)   100% ->
425-570  (128639-128784)   100% ->
571-825  (129205-129459)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCACTGCAGCAGCCGCGCCCTGACCCTGCTGAGCAGCGTGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCACTGCAGCAGCCGCGCCCTGACCCTGCTGAGCAGCGTGTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGTGTGGCCTGCTCCTGGTAGGCATCGCGGTCAGCACTGACTACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGTGTGGCCTGCTCCTGGTAGGCATCGCGGTCAGCACTGACTACTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTACATGGAAGAAGGCACAGTGCTACCGCAGAACCAGACCACCGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTACATGGAAGAAGGCACAGTGCTACCGCAGAACCAGACCACCGAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGATGGCCCTGCACGCCGGCCTCTGGCGAGTCTGCTTCTTTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 AAGATGGCCCTGCACGCCGGCCTCTGGCGAGTCTGCTTCTTTGCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      GTCGGGAGAAAGGTCGCTGTGTGGCCTCAGAATATTTTCTTGAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGGTCGGGAGAAAGGTCGCTGTGTGGCCTCAGAATATTTTCTTGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGAGATCAATTTGGTGACGGAAAACACGGAGAATATTCTGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101714 CGGAGATCAATTTGGTGACGGAAAACACGGAGAATATTCTGAGTG...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  AGACAGTGCGCACGGCCACCCCCTTCCCCATGGTCAGCCTCTTCCTCGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 GAGACAGTGCGCACGGCCACCCCCTTCCCCATGGTCAGCCTCTTCCTCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTCACGGCCTTCGTCATCAGCAACATCGGCCACATCCGCCCGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 GTTCACGGCCTTCGTCATCAGCAACATCGGCCACATCCGCCCGCAGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATTCTGGCTTTTGTCTCTGGCATCTTCTTCATACTATCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102633 CCATTCTGGCTTTTGTCTCTGGCATCTTCTTCATACTATCGGGTG...TA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  GCCTCTCCTTGGTGGTGGGCTTGGTTCTTTACATCTCCAGCATCAACGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128638 GGCCTCTCCTTGGTGGTGGGCTTGGTTCTTTACATCTCCAGCATCAACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAGGTCATGAACAGGCCCAGCAGCTCTGAGCAGTATTTTCATTATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128688 CGAGGTCATGAACAGGCCCAGCAGCTCTGAGCAGTATTTTCATTATCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGGGTGGTCTTTTGCCTTCGCCGCTTCCTCCTTCCTACTCAAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128738 ACGGGTGGTCTTTTGCCTTCGCCGCTTCCTCCTTCCTACTCAAAGAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571       GGGGCCGGCGTGATGTCCGTGTACCTGTTCACCAAGCGCTACGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128788 ...CAGGGGGCCGGCGTGATGTCCGTGTACCTGTTCACCAAGCGCTACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGGAGGAGATGTACCGTCCACACCCGGCCTTCTACCGCCCGCGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129249 GGAGGAGGAGATGTACCGTCCACACCCGGCCTTCTACCGCCCGCGTCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCGACTGCTCCGACTACTCGGGTCAGTTCCTGCAGCCCGAGGCGTGGCGC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 129299 GCGACTGCTCCGACTACTCGGGCCAGTTCCTGCAGCCCGAGGCGTGGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCGGCCGGAGCCCCTCCGACATCTCCAGCGACGTGTCCATCCAAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129349 CGCGGCCGGAGCCCCTCCGACATCTCCAGCGACGTGTCCATCCAAATGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCAGAACTACCCTCCCGCCATCAAGTACCCGGACCACCTGCACATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129399 GCAGAACTACCCTCCCGCCATCAAGTACCCGGACCACCTGCACATCTCCA

    850     .    :
    815 CCTCGCCCTGC
        |||||||||||
 129449 CCTCGCCCTGC