seq1 = pF1KE5303.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KE5303/gi568815574f_2742164.tfa (gi568815574f:2742164_2966891), 224728 bp

>pF1KE5303 789
>gi568815574f:2742164_2966891 (ChrY)

1-81  (100000-100079)   98% ->
82-262  (101914-102094)   100% ->
263-360  (103483-103580)   100% ->
361-532  (112437-112608)   100% ->
533-690  (122925-123082)   100% ->
691-789  (124630-124728)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGGGCCCCAAGAAGCACTTAAAGCGTGTTGCAGCGCCGAAGCA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCCCGGGGCCCCAAGAAGCACTTAAAGCGTGTTGCAGCGCCGAAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGGATGCTTGACAAACTAACGGGTGTATTT         GCACCTCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100049 TTGGATGCTTGACAAACTAACGGGTGTATTTGTG...CAGGCACCTCGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATCGACAGGTCCCCACAAGCTGAGGGAATGTCTTCCTCTGATCGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101924 CATCGACAGGTCCCCACAAGCTGAGGGAATGTCTTCCTCTGATCGTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAGGAATAGACTCAAGTATGCGTTGACTGGAGATGAGGTAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101974 CTCAGGAATAGACTCAAGTATGCGTTGACTGGAGATGAGGTAAAGAAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGTATGCAACGTTTCATCAAAATTGATGGCAAGGTTCGAGTGGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 ATGTATGCAACGTTTCATCAAAATTGATGGCAAGGTTCGAGTGGATGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATACCCTGCTGGATTCATGG         ATGTCATCAGCATCGAGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102074 CATACCCTGCTGGATTCATGGGTA...CAGATGTCATCAGCATCGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGGTGAACATTTCCGCCTGGTCTATGACACCAAGGGCCGTTTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103503 ACAGGTGAACATTTCCGCCTGGTCTATGACACCAAGGGCCGTTTTGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCACCGCATCACAGTGGAAGAGGCAAAG         TACAAGTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103553 TCACCGCATCACAGTGGAAGAGGCAAAGGTA...TAGTACAAGTTGTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGTGAGGAAGATTACTGTGGGAGTGAAGGGAATCCCTCACCTGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112450 AAGTGAGGAAGATTACTGTGGGAGTGAAGGGAATCCCTCACCTGGTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGATGCTCGAACCATCCGCTACCCAGATCCTGTCATCAAGGTGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112500 CATGATGCTCGAACCATCCGCTACCCAGATCCTGTCATCAAGGTGAACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTGTGCAGATTGATTTAGGGACTGGCAAGATAATCAACTTTATCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112550 TACTGTGCAGATTGATTTAGGGACTGGCAAGATAATCAACTTTATCAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGATACAG         GCAATTTGTGTATGGTGATTGGTGGAGCCAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112600 TTGATACAGGTA...TAGGCAATTTGTGTATGGTGATTGGTGGAGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCGGTCGTGTTGGTGTGATCACCAACAGGGAAAGACATCCTGGTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122957 CTCGGTCGTGTTGGTGTGATCACCAACAGGGAAAGACATCCTGGTTCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATGTGGTGCATGTGAAGGATGCCAATGGCAACAGCTTTGCCACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123007 TGATGTGGTGCATGTGAAGGATGCCAATGGCAACAGCTTTGCCACGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTCCAACATTTTTGTCATTGGCAAT         GGCAATAAACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123057 TTTCCAACATTTTTGTCATTGGCAATGTA...CAGGGCAATAAACCTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTTCCCTGCCCAGGGGAAAGGGCATTCGACTTACTGTTGCTGAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124645 ATTTCCCTGCCCAGGGGAAAGGGCATTCGACTTACTGTTGCTGAAGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :
    756 AGATAAGAGGCTGGCCACCAAACAGAGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124695 AGATAAGAGGCTGGCCACCAAACAGAGCAGTGGC