seq1 = pF1KE5295.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KE5295/gi568815586r_55801875.tfa (gi568815586r:55801875_56027761), 225887 bp

>pF1KE5295 612
>gi568815586r:55801875_56027761 (Chr12)

(complement)

1-37  (100001-100037)   100% ->
38-131  (124282-124375)   100% ->
132-612  (125407-125887)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCTGCCGGCAGCCCTGCGGCTACGGAGACAG         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100001 ATGGAAGCTGCCGGCAGCCCTGCGGCTACGGAGACAGGTG...TAGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTATATCGCGTCAACACAGCGACCTGACGGGACCTGGCGCAAGCAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124286 GTATATCGCGTCAACACAGCGACCTGACGGGACCTGGCGCAAGCAGCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGTGAAAGAAGGATATGTGCCCCAGGAGGAGGTCCCAGT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124336 GGGTGAAAGAAGGATATGTGCCCCAGGAGGAGGTCCCAGTGTA...CAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TATGAAAACAAGTATGTGAAGTTTTTCAAGAGTAAACCAGAGTTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125408 TATGAAAACAAGTATGTGAAGTTTTTCAAGAGTAAACCAGAGTTGCCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGGCTAAGCCCTGAGGCCACTGCTCCTGTCACCCCATCCAGGCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125458 AGGGCTAAGCCCTGAGGCCACTGCTCCTGTCACCCCATCCAGGCCTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGTGAACCAGGCCTCTCCAAGACAGCCAAACGTAACCTGAAGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125508 GTGGTGAACCAGGCCTCTCCAAGACAGCCAAACGTAACCTGAAGCGAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAAGAGGCGGCAGCAGCAAGAGAAAGGAGAGGCAGAGGCCTTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125558 GAGAAGAGGCGGCAGCAGCAAGAGAAAGGAGAGGCAGAGGCCTTGAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACTCTTGATAAGGTGTCCCTGGAAGAGACAGCCCAACTCCCCAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125608 GACTCTTGATAAGGTGTCCCTGGAAGAGACAGCCCAACTCCCCAGTGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACAGGGCTCTCGGGCAGCCCCCACAGCTGCATCTGACCAGCCTGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125658 CACAGGGCTCTCGGGCAGCCCCCACAGCTGCATCTGACCAGCCTGACTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGCCACCACTGAGAAAGCCAAGAAGATAAAGAACCTAAAGAAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125708 GCTGCCACCACTGAGAAAGCCAAGAAGATAAAGAACCTAAAGAAGAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGCAGGTGGAAGAGCTGCAGCAGCGGATCCAGGCTGGGGAAGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125758 CCGGCAGGTGGAAGAGCTGCAGCAGCGGATCCAGGCTGGGGAAGTCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCCCAGCAAAGAGCAGCTAGAAAAGCTAGCAAGGAGGAGGGCGCTAGAA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125808 AGCCTAGCAAAGAGCAGCTAGAAAAGCTAGCAAGGAGGAGGGCGCTAGAA

    600     .    :    .    :    .    :
    583 GAGGAGTTAGAGGACTTGGAGTTAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 125858 GAGGAGTTAGAGGACTTGGAGTTAGGCCTC