seq1 = pF1KE5292.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KE5292/gi568815595f_9928658.tfa (gi568815595f:9928658_10139873), 211216 bp

>pF1KE5292 723
>gi568815595f:9928658_10139873 (Chr3)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-205  (104175-104315)   100% ->
206-273  (105812-105879)   100% ->
274-377  (106038-106141)   100% ->
378-438  (106516-106576)   100% ->
439-491  (107630-107682)   100% ->
492-570  (110622-110700)   100% ->
571-723  (111064-111216)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTCCAAAAGAAGACTGTCAAAATCTGAGGATAAAGAGAGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTTCCAAAAGAAGACTGTCAAAATCTGAGGATAAAGAGAGCCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGATGCCTCCA         AAACCAGGAAGCAACCACTTTCCAAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGATGCCTCCAGTA...CAGAAACCAGGAAGCAACCACTTTCCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGACAAAGAAATCTCATATTGCTAATGAAGTTGAAGAAAATGACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 AGACAAAGAAATCTCATATTGCTAATGAAGTTGAAGAAAATGACAGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTAAAGCTTCTTAAGATATCAGGAATTATTCTTAAAACGGGAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104252 TTTGTAAAGCTTCTTAAGATATCAGGAATTATTCTTAAAACGGGAGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGAATCAACTAG         CTGTGGATCAAATAGCTTTCCAAAAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104302 TCAGAATCAACTAGGTA...TAGCTGTGGATCAAATAGCTTTCCAAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTCTTTCAGACCCTGAGGAGACACCCTTCCTATCCCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105839 AGCTCTTTCAGACCCTGAGGAGACACCCTTCCTATCCCAAAGTA...AAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATAATAGAAGAATTTGTTAGTGGCCTGGAGTCTTACATTGAGGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106038 ATAATAGAAGAATTTGTTAGTGGCCTGGAGTCTTACATTGAGGATGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTTTCAGGAACTGCCTTTTGTCTTGTGAGCGTCTGCAGGATGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106088 CAGTTTCAGGAACTGCCTTTTGTCTTGTGAGCGTCTGCAGGATGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAG         TATGGGTGCATCTTATTCTAAGAGTCTCATCAAACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106138 CCAGGTG...CAGTATGGGTGCATCTTATTCTAAGAGTCTCATCAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTCTGGGGATTGACATACTGCAG         CCTGCCATTATCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106553 CTTCTGGGGATTGACATACTGCAGGTA...TAGCCTGCCATTATCAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTATTTGAGAAGTTGCCAGAATATTTTTTTGAAAA         CAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107647 CTTATTTGAGAAGTTGCCAGAATATTTTTTTGAAAAGTA...TAGCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACAGTGATGAAATCAACATACCTCGACTCATTGTCAGTCAACTAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110627 ACAGTGATGAAATCAACATACCTCGACTCATTGTCAGTCAACTAAAATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTGACAGAGTTGTGGATGGCAAG         GACCTCACCACCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110677 CTTGACAGAGTTGTGGATGGCAAGGTA...CAGGACCTCACCACCAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATGCAGCTGATCAGTATTGCTCCAGAGAACCTGCAGCATGACATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111081 CATGCAGCTGATCAGTATTGCTCCAGAGAACCTGCAGCATGACATCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCAGCCTACCTGAGATCCTAGGGGATTCCCAGCACGCTGATGTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111131 CCAGCCTACCTGAGATCCTAGGGGATTCCCAGCACGCTGATGTGGGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .
    688 GAACTCAGGTGGATAAACCCTCTGTCATCATCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111181 GAACTCAGGTGGATAAACCCTCTGTCATCATCTAAG