seq1 = pF1KE5268.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KE5268/gi568815597f_154963824.tfa (gi568815597f:154963824_155168986), 205163 bp

>pF1KE5268 603
>gi568815597f:154963824_155168986 (Chr1)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-400  (102907-103193)   100% ->
401-469  (103549-103617)   100% ->
470-603  (105030-105163)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTGCTGCCCCTGCTGCGGACTGTCCTCTGGGCCGCGTTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTGCTGCCCCTGCTGCGGACTGTCCTCTGGGCCGCGTTCCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCCTCTGCGCGGGGGCTCCAGCCTCCGCCACGTAGTCTACTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCCTCTGCGCGGGGGCTCCAGCCTCCGCCACGTAGTCTACTGGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGTAACCCCAG         GTTGCTTCGAGGAGACGCCGTGGTGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGTAACCCCAGGTA...CAGGTTGCTTCGAGGAGACGCCGTGGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGCCTCAACGATTACCTAGACATTGTCTGCCCCCACTACGAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102935 CTGGGCCTCAACGATTACCTAGACATTGTCTGCCCCCACTACGAAGGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGCCCCCTGAGGGCCCCGAGACGTTTGCTTTGTACATGGTGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102985 AGGGCCCCCTGAGGGCCCCGAGACGTTTGCTTTGTACATGGTGGACTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGGCTATGAGTCCTGCCAGGCAGAGGGCCCCCGGGCCTACAAGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103035 CAGGCTATGAGTCCTGCCAGGCAGAGGGCCCCCGGGCCTACAAGCGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTGCTCCCTGCCCTTTGGCCATGTTCAATTCTCAGAGAAGATTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103085 GTGTGCTCCCTGCCCTTTGGCCATGTTCAATTCTCAGAGAAGATTCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCACACCCTTCTCCCTCGGCTTTGAGTTCTTACCTGGAGAGACTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103135 CTTCACACCCTTCTCCCTCGGCTTTGAGTTCTTACCTGGAGAGACTTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACTACATCT         CGGTGCCCACTCCAGAGAGTTCTGGCCAGTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103185 ACTACATCTGTG...CAGCGGTGCCCACTCCAGAGAGTTCTGGCCAGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGAGGCTCCAGGTGTCTGTCTGCTGCAAGGAGAGGA         AGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103581 TTGAGGCTCCAGGTGTCTGTCTGCTGCAAGGAGAGGAGTA...CAGAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGTCAGCCCATCCTGTTGGGAGCCCTGGAGAGAGTGGCACATCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 TGAGTCAGCCCATCCTGTTGGGAGCCCTGGAGAGAGTGGCACATCAGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCGAGGGGGGGACACTCCCAGCCCCCTCTGTCTCTTGCTATTACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105084 GGCGAGGGGGGGACACTCCCAGCCCCCTCTGTCTCTTGCTATTACTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :
    574 CTTCTGATTCTTCGTCTTCTGCGAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 CTTCTGATTCTTCGTCTTCTGCGAATTCTG