seq1 = pF1KE5251.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE5251/gi568815594f_176220077.tfa (gi568815594f:176220077_176428327), 208251 bp

>pF1KE5251 540
>gi568815594f:176220077_176428327 (Chr4)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-219  (102094-102169)   100% ->
220-294  (104107-104181)   100% ->
295-410  (107086-107201)   100% ->
411-540  (108122-108251)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACACGGTGCTGTCGCGGGCGAACTCACTGTTCGCCTTCTCGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACACGGTGCTGTCGCGGGCGAACTCACTGTTCGCCTTCTCGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGATGGCGGCGCTCACCTTCGGCTGCTTCATCACCACCGCCTTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGATGGCGGCGCTCACCTTCGGCTGCTTCATCACCACCGCCTTCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGGAGCGTCCCGGTGCGGCTGCACGTCTCGCGGATCATGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 ACAGGAGCGTCCCGGTGCGGCTGCACGTCTCGCGGATCATGCTGTG...T

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   AAAAAATGTAGAAGATTTCACTGGACCTAGAGAAAGAAGTGATCTGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102092 AGAAAAAATGTAGAAGATTTCACTGGACCTAGAGAAAGAAGTGATCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTATCACATTTGATATAACTGCTGAT         CTAGAGAATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102142 ATTTATCACATTTGATATAACTGCTGATATC...CATCTAGAGAATATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGATTGGAATGTTAAGCAGTTGTTTCTTTATTTATCAGCAGAATATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104120 TTGATTGGAATGTTAAGCAGTTGTTTCTTTATTTATCAGCAGAATATTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAAAAAATAAT         GCTCTGAACCAAGTTGTCCTATGGGACAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104170 ACAAAAAATAATGTA...TAGGCTCTGAACCAAGTTGTCCTATGGGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATTGTTTTGAGAGGTGATAATCCGAAGCTGCTGCTGAAAGATATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 GATTGTTTTGAGAGGTGATAATCCGAAGCTGCTGCTGAAAGATATGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAAAATATTTTTTCTTTGACGATGGAAATGGTCTCAA         GGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107165 CAAAATATTTTTTCTTTGACGATGGAAATGGTCTCAAGTG...TAGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACAGGAATGTCACTTTGACCCTGTCTTGGAACGTCGTACCAAATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108126 AACAGGAATGTCACTTTGACCCTGTCTTGGAACGTCGTACCAAATGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATTCTACCTCTTGTGACAGGATCAGGACACGTATCTGTCCCATTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108176 AATTCTACCTCTTGTGACAGGATCAGGACACGTATCTGTCCCATTTCCAG

    550     .    :    .    :    .
    515 ATACATATGAAATAACGAAGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 108226 ATACATATGAAATAACGAAGAGTTAT